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2011 年度 実績報告書

分化遺伝子選択における時空間制御機構の解明

公募研究

研究領域遺伝情報収納・発現・継承の時空間場
研究課題/領域番号 23114718
研究機関九州大学

研究代表者

大川 恭行  九州大学, 医学研究院, 准教授 (80448430)

キーワード高次クロマチン構造 / 次世代シークエンサー / 骨格筋分化 / クロマチン
研究概要

遺伝子群全体の制御の引き金となる"遺伝子座近接現象(ジーンクラスタリング)"に特化して、骨格筋分化の各段階での遺伝子座近接現象の解明を試みた。まず、3C-seq法を改変し更に広範なゲノム領域の解析なロングリード型の変法を開発した。本法を用いて遺伝子座の空間的近接の時間軸、空間軸の両面から解析を行った。その結果、前駆細胞が、細胞分裂を繰り返す未分化段階で、既に骨格筋遺伝子座が集積していること、また集積した遺伝子座の発現が一過的に抑制されることを明らかにした。この集積領域にはBrg1をはじめとする従来、遺伝子の発現転写活性化に関わるクロマチンリモデリング因子と共に、ヒストン脱アセチル酵素をはじめとする遺伝子発現に抑制的に機能する分子群が同時にリクルートされていることを見出した。抑制型と活性型分子が同時に遺伝子の制御領域にリクルートされる現象は、未分化状態で一過的に起こっており分化後期ではこれら抑制性複合体のリクルートメントの消失と共に遺伝子集積も検出されない。一方で、この集積現象では、MyoDを線維芽細胞に強制発現さぜる分化誘導では、骨格筋組織形成同様に観察されるのに対して、分化が急激に起こる惹起されるMyogenin/Mef2D1bの強制発現による分化誘導系では、遺伝子集積現象の蓄積は確認されなかった。従って、遺伝子集積現象は、一過的な遺伝子発現抑制効果に伴い形成されることが明らかとなった。以上より、細胞分化での一過的な遺伝子発現抑制は、空間的な遺伝子座の再配置により抑制的な制御を受けており、細胞分化時に秩序だった遺伝子発現の誘導を行う上で重要な役割を果たしていることが示唆された。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

分化遺伝子選択にかかわる制御機構としてジーンクラスタリングを明らかにし、さらにその制御メカニズムまでの解析に到達し、さらに関与因子としてBrg1をはじめとする分子の同定を達成した。当初予定を大幅に上回る解析を進めている。

今後の研究の推進方策

マウス胚のような微量解析を可能では、解析が今後遅れる可能性があるため、さらなる技術開発を同時に進めている。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2012 2011 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (6件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Age-related differences in cellular and molecular profiles of inflammatory responses after spinal cord injury2012

    • 著者名/発表者名
      Kumamaru H, Saiwai H, Ohkawa Y, et al
    • 雑誌名

      J Cell Physiol

      巻: 4 ページ: 1335-46

    • DOI

      10.1002/jcp.22845

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isolation of nuclei from skeletal muscle satellite cells and myofibers for use in chromatin immunoprecipitation assays2012

    • 著者名/発表者名
      Ohkawa Y, Mallappa C, et al
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 798 ページ: 517-30

  • [雑誌論文] An improved restriction enzyme accessibility assay for analyzing changes in chromatin structure in samples of limited cell number2012

    • 著者名/発表者名
      Ohkawa Y, Mallappa C, et al
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 798 ページ: 531-42

  • [雑誌論文] Myeloperoxidase Exacerbates Secondary Injury by Generating Highly Reactive Oxygen Species and Mediating Neutrophil Recruitment in Experimental Spinal Cord Injury2012

    • 著者名/発表者名
      Kubota K, Saiwai H, Kumamaru H, Maeda T, Ohkawa Y, et al
    • 雑誌名

      Spine

      巻: (In press)

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Chromatin accessibility and transcription factor binding at the PPARγ2 promoter during adipogenesis is protein kinase A-dependent2011

    • 著者名/発表者名
      Xiao H, Leblanc SE, et al., Ohkawa Y, Imbalzano AN
    • 雑誌名

      J Cell Physiol

      巻: 1 ページ: 86-93

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Flow cytometric sorting of neuronal and glial nuclei from central nervous system tissue2011

    • 著者名/発表者名
      Okada S, Saiwai H, et al., Ohkawa Y
    • 雑誌名

      J Cell Physiol

      巻: 2 ページ: 552-8

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Generation of a rat monoclonal antibody specific for hsp722011

    • 著者名/発表者名
      Tanaka M, Shiota M, et al., Ohkawa Y
    • 雑誌名

      Hybridoma

      巻: 4 ページ: 397-400

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The classification of mRNA expression levels by the phosphorylation state of RNAPII CTD based on a combined genome-wide approach2011

    • 著者名/発表者名
      Odawara J, Harada A, et al., Ohkawa Y
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 12(web)

    • 査読あり
  • [学会発表] Chd-2 dependent deposition of H3.3 is required for myogenic cell fate2012

    • 著者名/発表者名
      大川恭行
    • 学会等名
      KEYSTONE SYMPOSIA
    • 発表場所
      KEYSTONE RESORT, USA
    • 年月日
      2012-01-19
  • [学会発表] Control of gene expression through the phosphorylation of Ser2 and Ser5 of RNAP II : A combined analysis for ChIPseq and RNAseq2012

    • 著者名/発表者名
      原田哲仁, 大川恭行
    • 学会等名
      KEYSTONE SYMPOSIA
    • 発表場所
      KEYSTONE RESORT, USA
    • 年月日
      2012-01-19
  • [学会発表] The deposition of histone varients is the basis of chromatin structual changes in cell fate decision2011

    • 著者名/発表者名
      大川恭行
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2011-12-16
  • [学会発表] Chd-2 dependent deposition of H3.3 is crucial for Brg1 recruitment in myogenesis2011

    • 著者名/発表者名
      原田哲仁, 大川恭行
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2011-12-15
  • [学会発表] Visualization for nuclear distribution of PPARδ in myoblast2011

    • 著者名/発表者名
      澤野祥子, 大川恭行
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2011-12-15
  • [学会発表] Control of gene expression through the phosphorylation of Ser2 and Ser5 of RNAP II : A combined analysis for ChIPseq and RNAseq2011

    • 著者名/発表者名
      前原一満, 大川恭行
    • 学会等名
      第34回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      2011-12-14
  • [備考]

    • URL

      http://chromatin.med.kyushu-u.ac.jp/

URL: 

公開日: 2013-06-26  

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