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2012 年度 実績報告書

真の全エキソン解読を達成するための改良エキソーム解析法の開発

公募研究

研究領域パーソナルゲノム情報に基づく脳疾患メカニズムの解明
研究課題/領域番号 23129505
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

工藤 純  慶應義塾大学, 医学部, 教授 (80178003)

研究期間 (年度) 2011-04-01 – 2013-03-31
キーワードゲノム / 遺伝子 / エキソーム
研究実績の概要

本研究ではエキソーム解析における難読領域を対象として、その解読技術の開発を目指した。SureSelectを用いて得られたエキソーム解析データを解析した結果、7検体で共通して厚みが×10未満の難読領域計1.8Mbのうちの1.1Mbは、そもそもベイトが作成されていなかった重複遺伝子配列であったが、コピー数が多い遺伝子は疾患の原因とはなり難いと考えられ、またインフォマティクスに依る解決が必要であることから、今回は対象外とした。それ以外の724kbからなる難読領域に注目したところ、最も多いのはGC含量が60~80%のGCリッチな配列であった。この難読領域を解読するために従来のエキソーム解析法の改良ではなくて、まったく異なる下記の2つの方法を用いた。
(1)HaloPlexターゲットエンリッチメントシステムによる難読領域の増幅と解読
57nt以上の長さの難読領域3,845カ所計497kbを標的としてHaloPlexのプローブライブラリーを作成し、全ゲノムDNAから標的領域のみを増幅し、回収したDNA断片をパーソナル次世代シーケンサーMiSeqを用いて解読したところ、GCリッチの標的領域のうち60%以上について、×10以上の厚みで解読に成功した。
(2)MultiPlex-PCRによる難読領域の増幅と解読
GC含量65%以上の300bpの96領域について特異的PCRプライマーを作成し、個別にPCRを行ったところ、92/96組のプライマーで増幅に成功した。この内、16種類のプライマーで個別にシーケンシングを行ったところ、13/16個で解読できた。一方16組のプライマーを混ぜて同時にPCRを行った後に、16種類のプライマーで個別にシーケンシングを行っても、9/16個で解読でき、MultiPlex-PCRによる解読も有望であると思われた。

現在までの達成度 (段落)

24年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2012

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (3件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Identification of mutations in the prostaglandin transporter gene SLCO2A1 and its phenotype-genotype correlation in Japanese patients with pachydermoperiostosis.2012

    • 著者名/発表者名
      Sasaki T
    • 雑誌名

      J. Dermatol. Sci.

      巻: 68 ページ: 36~44

    • DOI

      10.1016/j.jdermsci.2012.07.008.

    • 査読あり
  • [学会発表] ゲノム解析による遺伝性疾患の原因解明2012

    • 著者名/発表者名
      工藤 純
    • 学会等名
      第16回九州基礎皮膚科研究会
    • 発表場所
      ホテルセントラーザ博多(福岡)
    • 年月日
      2012-11-17
    • 招待講演
  • [学会発表] Identification of mutations in the prostaglandin transporter gene SLCO2A1 in Japanese patients with pachydermoperiostosis2012

    • 著者名/発表者名
      Jun Kudoh
    • 学会等名
      American Society of Human Genetics 2012 Annual Meeting
    • 発表場所
      San Francisco, United States of America
    • 年月日
      2012-11-07
  • [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたエキソーム解析による肥厚性皮膚骨膜症原因遺伝子SLCO2A1の同定2012

    • 著者名/発表者名
      佐々木貴史
    • 学会等名
      日本人類遺伝学会第57回大会
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京)
    • 年月日
      2012-10-27

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公開日: 2018-02-02  

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