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2011 年度 実績報告書

生体イメージングによる反応速度論的パラメーターの高感度計測

公募研究

研究領域統合的多階層生体機能学領域の確立とその応用
研究課題/領域番号 23136504
研究機関京都大学

研究代表者

青木 一洋  京都大学, 生命科学研究科, 講師 (80511427)

キーワードFRET / シミュレーション / FCCS / 解離定数 / パラメーター
研究概要

23年度は、多階層生体システムモデルの構築に必要な反応パラメーターの取得を促進する方法論の開発を行った。
①高感度FRETバイオセンサーを用いた、生細胞内における酵素反応パラメーターの定量的測定法の開発:生きた細胞において分子の活性を可視化するために、FRETバイオセンサーが開発されてきた。本研究では、高感度の分子内FRETバイオセンサーをハイスループットに構築する方法を開発した。改善点は、(1)ドナーとアクセプター蛍光タンパク質の最適化、(2)100アミノ酸以上のリンカーを用いること、の二点であった。この手法により、これまでにPKA, ERK, PKC, Akt, S6K, RSK, EGFR, Src等のリン酸化酵素のFRETバイオセンサーを構築した。本研究成果は論文として報告し、特許を申請、受理された(Komatsu N et al., Mol Biol Cell, 2011)。これらのFRETバイオセンサーを用いて、生細胞におけるリン酸化反応の速度定数を取得している。
②蛍光相互相関分光法FCCSを用いた生細胞内分子間相互作用の定量的測定法の開発:
分子間相互作用を定量化するために、蛍光相関分光法FCS、蛍光相互相関分光法FCCSを用いて、生細胞内で解離定数を測定する手法を開発した。FCS, FCCS測定に適した蛍光タンパク質のペアを検討したところ、GFPとHalo-TAMRAタンパク質のペアが最も適していることが分かった。さらに、解離定数測定のための条件検討を行い、EGFR-Ras-ERKシグナル伝達系を構成する分子間相互作用の解離定数を十数種類測定することに成功している。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

研究実績①については、国際特許を取得し、論文として発表している。また世界中からプラスミドのリクエストが来ており、当初の計画以上に研究が進展した。
研究実績②に関しては、蛍光相互相関分光法を用いた細胞内解離定数の測定という方法を位置から検討し、実際に細胞内で解離定数を測定するところまで立ち上げることができた。こちらの研究テーマに関しても十分進展したと考えられる。

今後の研究の推進方策

開発した方法で反応パラメーターの取得をさらに進めるとともに、定量パラメーターを用いた細胞内シグナル伝達システムのシミュレーションモデルの構築を行う。
・定量パラメーターを用いたシグナル伝達システムのシミュレーションモデルの構築: Ras-ERK MAPキナーゼシグナル伝達系、PKAシグナル伝達系、イノシトールシグナル伝達系の反応モデルをCell Designerにより構築し、反応式と上記の実験により得られたパラメーター用いて数値シミュレーションを行う。申請者はすでにEGF-Ras-ERK MAPキナーゼ系のシグナル伝達反応モデルを構築している。分子の濃度、核内核外移行速度に関しては、すでに取得済みである。CellDesignerでモデル構築後、MATLABによる数値解の取得、シス
テム特性の解析、及び新規のフィードバックシステムなどの同定を行う。さらに、当該領域の高次生体システム、特に心臓システムのへのモデルの展開の可能性を検討し、必要とあらば、心筋細胞における反応パラメーターの計測を行う。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2011 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Development of an optimized backbone of FRET biosensors for kinases and GTPases.2011

    • 著者名/発表者名
      Naoki Komatsu
    • 雑誌名

      Molecular Biology of the Cell

      巻: 22 ページ: 4647-4656

    • DOI

      10.1091/mbc.E11-01-0072

    • 査読あり
  • [備考] 高感度FRETプローブの効率的な作製技術の開発

    • URL

      https://sites.google.com/site/qsimulationproject/project-definition/eevee_project

URL: 

公開日: 2015-05-28  

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