| 研究領域 | ゲノム・遺伝子相関：新しい遺伝学分野の創成 |
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| 研究課題/領域番号 |
24113518
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| 研究機関 | 明治大学 |
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研究代表者 |
矢野 健太郎 明治大学, 農学部, 准教授 (00446543)
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| 研究期間 (年度) |
2012-04-01 – 2014-03-31
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| キーワード | ゲノム / トランスクリプトーム / ゲノム遺伝子相関 |
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| 研究実績の概要 |
本研究課題は、ゲノム・遺伝子相関における共通機構・原理の解明を目的としている。そのために、本研究課題では、バイオインフォマティクス手法、特に、植物をモデルとした多面的なシステムズ・バイオロジー研究手法に基づく解析を実施している。
本研究課題では、まず、モデル植物（イネ、シロイヌナズナ、ソルガム、トマト、コムギなど）のオミックス情報（ゲノム、トランスクリプトーム、代謝パスウェイなど）を収集した。そして、収集した大規模オミックス情報の統合解析を実施し、種や時空間（器官や生育ステージ、生育環境など）において特異的に発現する遺伝子（産物）の同定を試みた。ここでは、高速シーケンサーから得られる大規模な遺伝子発現情報を活用することで、新たな遺伝子の探索も目指している。
次に、発現パターンが類似する遺伝子群を抽出するために、遺伝子発現ネットワーク解析を実施した。発現パターンが類似する遺伝子群は、様々な生物学的プロセスに関わる遺伝子を同定するための有力な手がかりとなる。また、遺伝子機能をより高い精度で推定するために、学術論文情報から得られる知識情報の抽出・活用を試みている。これらの知識情報には、遺伝子発現制御や細胞内局在性が含まれる。
以上の得られた大規模な「ゲノム・遺伝子相関」情報を効率的に抽出・閲覧するために、Webデータベースの構築を進めている。本Webデータベースは、ゲノム・遺伝子相関に関連する因子（遺伝子・環境、発現制御因子、分子間相互作用など）などの情報を格納する。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
1: 当初の計画以上に進展している
理由
平成24年度に予定していた研究計画については、一部の検討課題を残しほぼ終了し、かつ、平成25年度に実施予定であった遺伝子発現ネットワークと文献情報解析にすでに着手しているため。
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| 今後の研究の推進方策 |
遺伝子発現ネットワーク（モジュール）の種間比較を効率化するために、オーソログを推定するとともに、遺伝子発現ネットワークを視覚化する。また、自然言語処理による文献情報解析について、より効果的な方法がないかを検討する。
今後、植物種を追加し、種間比較解析を拡張することによって、Webデータベースの機能強化を推進し、「ゲノム・遺伝子相関」に関わる遺伝子の抽出を進める。
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