公募研究
本研究では、すでに開発している人工代謝経路の設計基盤をもとに、より広範な代謝パスウェイを探索していくために、設計基盤の高度化を実施した。利用データの拡張では、設計基盤に利用する化学・反応データをアップデートした。化合物データについては、PubChemデータベースのアップデートに対応し、47百万化合物のデータを抽出し、化合物データベースを構築した。反応データはKEGGデータに加えて、BRENDAデータベースよりデータ抽出を行うことで、基質・生成物ペアとして合計1万余の反応データベースを構築した。また、上記のデータアップデートならびに設計基盤利用を受けて、反応データの取捨選択の必要が出てきたことから、反応データキュレーションを行い、特徴的な反応について取捨選択を実施した。さらに、設計基盤の実用化に向け、設計プログラムの一部改良ならびにユーザインターフェイスの高度化を実施した。結果画面では、以前より化学構造変化を可視化したビューアを開発していたが、特に酵素情報の効率的選択に向けた独自の酵素反応データベースを構築するとともに、共同研究推進に向け、入出力インターフェイスをウェブサーバ上に実装した。
25年度が最終年度であるため、記入しない。
すべて 2013 その他
すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (7件) (うち招待講演 4件) 備考 (1件)
BMC Systems Biology
巻: 7 (Suppl 6) ページ: 54
10.1186/1752-0509-7-S6-S4
bp.scitec.kobe-u.ac.jp/m-path/aa/
