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2013 年度 実績報告書

大腸菌グリコーゲン機構をモデルとした転写・酵素・代謝物相互作用ネットワークの理解

公募研究

研究領域動的・多要素な生体分子ネットワークを理解するための合成生物学の基盤構築
研究課題/領域番号 24119509
研究機関山口大学

研究代表者

松野 浩嗣  山口大学, 理工学研究科, 教授 (10181744)

研究期間 (年度) 2012-04-01 – 2014-03-31
キーワードシステム生物学 / 大腸菌 / 遺伝子制御 / グリコーゲン / タンパク質局在
研究概要

これまで比較的軽視されてきた、代謝物制御に関わるタンパク質局在の影響を積極的に考慮し、新しい知見を得た。すなわち、HPrタンパク質の局在がグリコーゲン分解の決定要因として強く働いていることを、この機構を組み込んだシミュレーションの実行結果が生物学的事実と無矛盾に対応することを示すことによって主張した。
PTSタンパク質のHPrとEIIAGlcの作用がグリコーゲン代謝の制御に重要な働きをしていることを示した。具体的には、大腸菌の生活環におけるグリコーゲン利用の仮説、すなわち、誘導期初期では補助的エネルギーとて使われるが、誘導期後期から対数期の間で大腸菌内に蓄積され、定常期においてゆるやかな生存のために少量ずつ消費される、という一連のグリコーゲン利用は、HPrとEIIAGlcを中心とする因子群によって制御されることをシミュレーションによって検証した。

現在までの達成度 (区分)
理由

25年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Identification of key regulators in glycogen utilization in E.coli based on the simulations from a hybrid functional Petri net model2013

    • 著者名/発表者名
      Zhongyuan Tian, Adrien Faure, Hirotada Mori, Hiroshi Matsuno
    • 雑誌名

      BMC Systems Biology

      巻: 7 ページ: 1-10

    • DOI

      10.1186/1752-0509-56-51

    • 査読あり
  • [学会発表] Intelligent mechanisms in E.coli in processing carbon sources2014

    • 著者名/発表者名
      Zhongyuan Tian, Hiroshi Matsuno
    • 学会等名
      International Conference on Artificial Life and Robotics 2014
    • 発表場所
      コンパルホール(大分市)
    • 年月日
      20140111-20140113
  • [学会発表] Regulation of glycogen utilization in E.coli identified from the computational model with hybrid functional Petri net2013

    • 著者名/発表者名
      Zhonguan Tian, Adrien Faure, Hirotada Mori
    • 学会等名
      14th International Conference on Systems Biology
    • 発表場所
      チボリコングレスセンター(コペンハーゲン、デンマーク)
    • 年月日
      20130831-20130903

URL: 

公開日: 2015-05-28  

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