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2013 年度 実績報告書

細胞増殖に伴う集団秩序の維持

公募研究

研究領域動く細胞と場のクロストークによる秩序の生成
研究課題/領域番号 25111715
研究種目

新学術領域研究(研究領域提案型)

研究機関筑波大学

研究代表者

イン ベイウェン  筑波大学, 生命環境系, 准教授 (90422401)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
キーワード細胞分化 / ゆらぎ / 細胞間相互作用
研究概要

本研究課題は下記項目について、実験的構築と集団動態解析を行った。
①分化する大腸菌株の作製:LacIとTetRを導入した二重フィードバック制御を大腸菌のゲノム上に組み込んだ。この遺伝子回路により、過去に異なるシグナルを受けた細胞が同じ環境下に置かれたとしても異なる表現型を示せた。つまり、同一遺伝子型において、表現型の多様性を作り出し、個々の胞の確率な表現型の変化を模倣できた。また、集団形成させるために、アミノ酸栄養要求性を相互作用として用いた。大腸菌生存に必要な二種類の栄養素によって相互作用を作り出した。関連する遺伝子の発現量と相互作用の強さをリンクさせ、機能的に分化した二種類細胞の共存が可能であることを示した。
②集団構成の安定性の検討:確率的表現型の変化が認められたため、栄養漏れ出しによる細胞間相互作用の調整を行った。栄養の合成に直接に関わる大腸菌の遺伝子型を改良し、分化する大腸菌の遺伝子型の種類を増やした。複数大腸菌株に対し、フローサイトメトリーを用いて、液体培養下での確率的分化と集団形成を時間方向で評価した。大腸菌株の遺伝子型の違いによって、相互作用の種類と強さが変わることが確認できた。
③安定な集団形成を達成するための定量的解析:確率的な集団分布の形成と定常分布までの遷移過程(タイムスケール)を観測した。細胞表現型ごとの増殖速度、各栄養の漏れ出し率など各パラメータを見積るための条件検討を行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

各検討項目ついて、さまざまな問題があったものの、おおむねこなしている。

今後の研究の推進方策

最終項目である「安定な集団形成を達成するための定量的解析」に関しては、さらなる精密計測が必要で、最終年度は、各パラメータの定量化に集中する。集団ダイナミクスを捉えることにより、安定な集団割合を維持するためのパラメータ条件を算出する。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件)

  • [雑誌論文] Gene expression scaled by distance to the genome replication site.2014

    • 著者名/発表者名
      BW Ying, S Tsuru, S Seno, H Matsuda, T Yomo
    • 雑誌名

      Mol Biosyst

      巻: 10(3) ページ: 375-379

    • DOI

      10.1039/c3mb70254e

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Growth rate-coordinated transcriptome reorganization in bacteria.2013

    • 著者名/発表者名
      Y Matsumoto, Y Murakami, S Tsuru, BW Ying, T Yomo
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 14 ページ: -

    • DOI

      10.1186/1471-2164-14-808

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Construction of synthetic gene circuits in the Escherichia coli.2013

    • 著者名/発表者名
      BW Ying, Y Akeno, T Yomo
    • 雑誌名

      Methods Mol Biol

      巻: 1073 ページ: 157-168

    • DOI

      10.1007/978-1-62703-625-2_13

    • 査読あり

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公開日: 2015-05-28  

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