ゲノム複製プログラム制御におけるゲノムアダプテーションの分子機構

2013 年度 実績報告書

• 研究領域: ゲノムアダプテーションのシステム的理解
• 研究課題/領域番号: 25125724
• 研究機関: 公益財団法人東京都医学総合研究所
• 研究代表者: 正井 久雄 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医科学研究分野, 基盤技術研究センター長 (40229349)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 複製プログラム / 複製起点 / 複製タイミング / Cdc7キナーゼ / 染色体ドメイン / グルコース

研究実績の概要

Rif1の染色体結合部位をChIP-Seqで解析するために免疫沈降可能な新規抗体を作製した。この抗体はChIPに使用可能であることが明らかになったので、マウスES細胞を用いて、まずRif1欠損により遺伝子発現が大きく変動する遺伝子領域の近傍にRif1が結合するかどうかをChIP-qPCRにより検討した。Rif1の染色体結合部位をChIP-Seqで解析するために免疫沈降可能な新規抗体を作製した。この抗体はChIPに使用可能であることが明らかになったので、マウスES細胞を用いて、まずRif1欠損により遺伝子発現が大きく変動する遺伝子領域の近傍にRif1が結合するかどうかをChIP-qPCRにより検討した。さらに、ChIP-Seqも行った。ゲノム全域にわたり、結合部位が観察されたが、これらが真の結合部位をrepresentしているかどうかのvalidationを現在行っている。

現在までの達成度 (区分)

3: やや遅れている

理由

ChIP seq による　Rif結合部位の解析は、抗体や、シグナルに問題がありやや予定よりおくれてしまった。

今後の研究の推進方策

ようやくよい抗体も得られたので、ヒト細胞およびマウスES細胞でゲノムワイドのRif1結合部位を決定し、その配列の特異性を明らかにする。

備考

研究成果の一部については　東京都医学総合研究所　ゲノム医科学研究分野　ゲノム動態プロジェクトのホームページ（http://www.igakuken.or.jp/genome/） において紹介しております。

研究成果

• [雑誌論文] ATM in prevention of genomic instability. (2014)
  • 著者名/発表者名: Hisao Masai
  • 雑誌名: Cell Cycle 巻: 13 ページ: 882-883
  • DOI: 10.4161/cc.28216.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Temporal and spatial regulation of eukaryotic DNA replication: from regulated initiation to genome-scale timing program. (2014)
  • 著者名/発表者名: Renard-Guillet, C., Kanoh, Y., Shirahige, K., and Masai, H.
  • 雑誌名: Seminars in Cell & Developmental Biology, 巻: 30 ページ: 110-120
  • DOI: 10.1016/j.semcdb.2014.04.014.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Cell cycle synchronization and flow cytometry analysis of mammalian cell. (2014)
  • 著者名/発表者名: Yoshizawa-Sugata, N. and *Masai, H.
  • 雑誌名: Methods in Molecular Biology 巻: 1170 ページ: 279-293
  • DOI: 10.1007/978-1-4939-0888-2_13.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] ATR-Chk1-APC/CCdh1-dependent stabilization of Cdc7-ASK(Dbf4) kinase complex is required for DNA damage bypass under replication stress. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamada, M., Watanabe, K., Mistrik, M., Mailand, N., Lee, M-H., Masai, H., Lukas, J. and *Bartek, B.
  • 雑誌名: Genes and Development 巻: 288 ページ: 2459-72
  • DOI: 10.1101/gad.224568.113.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] The Human Tim/Tipin Complex Directly Interacts with DNA Polymerase {epsilon} and Stimulates its Synthetic Activity. (2013)
  • 著者名/発表者名: Aria, V., De Felice, M., Di Perna, R., Uno, S., Masai, H., Syvaoja, J.E., van Loon, B., Hubscher, U. and *Pisani, F.M.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 巻: 288 ページ: 12742-12752
  • DOI: 10.1074/jbc.M112.398073.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Analysis of epigenetic stability and conversions in Saccharomyces cerevisiae reveals a novel role of CAF-I in position-effect variegation (2013)
  • 著者名/発表者名: Jeffery, D.C., Wyse, B.A., Rehman, M.A., Brown, G.W., You, Z., Oshidari, R., Masai, H. and *Yankulov, K.Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 巻: 41 ページ: 8475-8488
  • DOI: 10.1093/nar/gkt623.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Role of multifunctional transcription factor TFII-I and putative tumour suppressor DBC1 in cell cycle and DNA double strand damage repair. (2013)
  • 著者名/発表者名: Tanikawa, M., Wada-Hiraike, O., Yoshizawa-Sugata, N., Shirane A, Hirano M, Hiraike H, Miyamoto, Y., Sone, K., Ikeda, Y., Kashiyama, T., Oda K, Kawana K, Katakura Y, Yano T, Masai, H., Roy AL, Osuga, Y. and *Fujii, T.
  • 雑誌名: Br. J. Cancer. 巻: 109 ページ: 3042-3048
  • DOI: 10.1038/bjc.2013.532.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Replication timing regulation of eukaryotic replicons: Rif1 as a global regulator of replication timing. (2013)
  • 著者名/発表者名: Yamazaki, Hayano, M. and *Masai, H.
  • 雑誌名: Trends in Genetics. 巻: 29 ページ: 449-460
  • DOI: 10.1016/j.tig.2013.05.001.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] A personal reflection on the Replicon Theory: from R1 plasmid to replication timing regulation in human cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Masai, H.
  • 雑誌名: J. Mol. Biol. 巻: 425 ページ: 4663-4672
  • DOI: 10.1016/j.jmb.2013.03.039.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Regulation of chromosome dynamics by Hsk1 kinase (2013)
  • 著者名/発表者名: Matsumoto, S. and *Masai, H.
  • 雑誌名: Biochemical Society Transactions 巻: 41 ページ: 1712-1719
  • DOI: 10.1042/BST20130217.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] 染色体DNA複製プログラムの制御機構と起源・進化 (2014)
  • 著者名/発表者名: 正井 久雄、田中 卓、加納 豊、山崎 聡志、松本 清治、吉沢 直子、松嶋 夢叶
  • 学会等名: 第２回 細胞周期制御と細胞運命 シンポジウム
  • 発表場所: 浜松（静岡）
  • 年月日: 2014-02-13 – 2014-02-14
  • 招待講演
• [学会発表] イントロダクション (2013)
  • 著者名/発表者名: 正井 久雄
  • 学会等名: 第36回（2013年）日本分子生物学会年会，ワークショップ 『レプリコン仮説50周年：染色体複製装置の形成とその活性の時空間制御』
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫）
  • 年月日: 2013-12-03 – 2013-12-06
  • 招待講演
• [学会発表] Rif1: a potential global regulator of DNA replication, DNA repair, and recombination (2013)
  • 著者名/発表者名: 正井 久雄、山崎 聡志、Lai Mongsing、Foiani Marco、吉沢 直子、加納 豊、松本 清治、森山賢治、覺正 直子、深津 理乃、松嶋 夢叶、河野 暢明、Renard-Guillet Claire
  • 学会等名: 第36回（2013年）日本分子生物学会年会，ワークショップ 『DNA二重鎖切断のend-resectionと修復機構の選択・制御』
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド（兵庫）
  • 年月日: 2013-12-03 – 2013-12-06
  • 招待講演
• [学会発表] Introduction" Symposium, (2013)
  • 著者名/発表者名: Hisao Masai
  • 学会等名: 86th Annual Meeting of the Japanese Biochemical Society
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川）
  • 年月日: 2013-09-11 – 2013-09-13
  • 招待講演
• [学会発表] Chromatin architecture that regulates replication timing of eukaryotic chromosomes (2013)
  • 著者名/発表者名: Hisao Masai, Yutaka Kanoh, Satoshi Yamazaki, Motoshi Hayano, Naoko Yoshizawa, Kenji Moriyama, Yumeka Matsushima, Naoko Kakusho, Rino Fukatsu
  • 学会等名: 第86回日本生化学会大会事務局 インターナショナルセッション『Assembly and architecture of protein complexes regulating inheritance and stable maintenance of genome』
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川）
  • 年月日: 2013-09-11 – 2013-09-13
  • 招待講演
• [学会発表] Control of origin firing timing in fission yeast cells (2013)
  • 著者名/発表者名: Hisao Masai
  • 学会等名: EMBO Conference "Pombe 2013: 7th International Fission Yeast Meeting
  • 発表場所: London UK
  • 年月日: 2013-06-24 – 2013-06-29
  • 招待講演