研究実績の概要 |
1. コシオガマゲノム解読 コシオガマのゲノム解読を進めた。ゲノムシーケンスには、短いインサートサイズ(180 bp)によるフラグメントライブラリーと様々な長さ(500 bp, 3 kbp, 5kbp, 10kbp, 20kbp)のインサートサイズによるジャンプライブラリーをを作成し、それぞれ100倍以上の深度でillumina HiSeq2000による解析をおこなった。また、領域が所有するPacBioシーケンサーにより8倍深度程度のロングリードシーケンスを解析し、アセンブリに加えることで、スカッフォールドギャップの穴埋めを試み、アセンブリおよびアノテーションを終了した。 2.条件的寄生植物コシオガマと独立栄養植物および絶対寄生植物とのゲノム比較解析 上記1で得られたコシオガマ寄生特異的遺伝子について、他の植物の遺伝子情報と比較し、系統解析をおこなった。近縁の独立栄養植物としてシソ目ゴマノハグサ科ミゾホオズキ(Mimulus guttatus)のドラフトゲノム(http://www.mimulusevolution.org/)を、絶対寄生植物としてストライガ(Striga asiatica)のドラフトゲノム(申請者らが解析済み、論文未発表)を用いた。寄生特異的遺伝子について、これらの種のゲノム上に含まれるホモログ遺伝子配列をデータベースから抽出し、系統解析をおこなった。
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