非コードRNAとがんゲノム解読との統合的解析による新たながんゲノム像の描出

2014 年度 実績報告書

• 研究領域: システム的統合理解に基づくがんの先端的診断、治療、予防法の開発
• 研究課題/領域番号: 25134720
• 研究機関: 独立行政法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 柴田 龍弘 独立行政法人国立がん研究センター, 研究所, 分野長 (90311414)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 第3世代シークエンサー / 非コードRNA / がんゲノム

研究実績の概要

第3並びに第2世代シークエンス技術融合について検討を進め、第２世代からのshort sequence dataを用いたエラー修正について情報解析パイプラインを確立した。またAgilent sureselectを母体としたlincRNA濃縮技術の開発を行なった。計画研究A02-4並びに公募研究A01-11-25と密接な連携の下で、全ゲノム変異情報からのlincRNAを含めたnon-coding領域変異検出のための解析パイプラインを構築し、recurrentな変異を同定し、検証できた。更に同一検体における全ゲノムバイサルファイトシークエンスデータとの比較によって、lincRNA発現状態、ゲノム変異頻度、染色体構造異常部位におけるメチル化状態を詳細に比較することができた。

現在までの達成度 (段落)

26年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

26年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Expression and clinical significance of genes frequently mutated in small cell lung cancers defined by whole exome/RNA sequencing. (2015)
  • 著者名/発表者名: Iwakawa R, Kohno T, Totoki Y, Shibata T, Tsuchihara K, Mimaki S, Tsuta K, Narita Y, Nishikawa R, Noguchi M, Harris CC, Robles AI, Yamaguchi R, Imoto S, Miyano S, Totsuka H, Yoshida T, Yokota J.
  • 雑誌名: Carcinogenesis 巻: 00 ページ: 00-00
  • DOI: :pii: bgv026.
  • 査読あり
• [雑誌論文] Whole-genome mutational landscape of liver cancers displaying biliary phenotype reveals hepatitis impact and molecular diversity. (2014)
  • 著者名/発表者名: Fujimoto A, Furuta M, Shiraishi Y, Gotoh K, Kawakami Y, Arihiro K, Nakamura T, Ueno M, Ariizumi S, Nguyen HH, Shigemizu D, Abe T, Boroevich KA, Nakano K, Sasaki A, Kitada R, Maejima K, Yamamoto Y, Tanaka H, Shibuya T, Shibata T, Ojima H, et al.
  • 雑誌名: Nat Commun. 巻: 00 ページ: 00-00
  • DOI: 10.1038/ncomms7120.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Trans-ancestry mutational landscape of hepatocellular carcinoma genomes. (2014)
  • 著者名/発表者名: Totoki Y, Tatsuno K, Covington KR, Ueda H, Gibbs RA, Wheeler DA, Aburatani H, Shibata T, et al
  • 雑誌名: Nat Genet. 巻: 46 ページ: 1267-1273
  • DOI: 10.1038/ng.3126.
  • 査読あり