「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果取りまとめを目指した組織活動

2019 年度 実績報告書

• 研究領域: 動的構造生命科学を拓く新発想測定技術－タンパク質が動作する姿を活写する－
• 研究課題/領域番号: 19H05452
• 研究機関: 九州大学
• 研究代表者: 神田 大輔 九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80186618)
• 研究分担者: 安藤 敏夫 金沢大学, ナノ生命科学研究所, 特任教授 (50184320) ; 白川 昌宏 京都大学, 工学研究科, 教授 (00202119) ; 西田 紀貴 千葉大学, 大学院薬学研究院, 教授 (50456183) ; 杉田 有治 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (80311190) ; 塚崎 智也 奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (80436716)
• 研究期間 (年度): 2019-04-01 – 2020-03-31
• キーワード: 動的構造 / 構造生命科学 / 新測定技術 / 蛋白質

研究実績の概要

新学術領域研究（平成26年度-30年度）「動的構造生命科学を拓く新発想測定技術」の成果のとりまとめ活動を行った。目的は「本新学術研究により開発・改良された新測定技術を実際の研究現場に取り入れてもらう」ことである。
この実現のために、領域全体の活動の記録を英文誌の特集号として英語で発表した。BBA General Subject誌は生化学・生物物理学分野の総説と一般研究論文を掲載する科学ジャーナルである。5年間の活動の研究成果を特集号”Novel measurement techniques for visualizing 'live' protein molecules” と題して公表した(BBAGS 1864, issue 2, February 2020)。ゲスト編集者として計画班員の3名が企画と編集（査読管理業務を含む）を担当した。執筆者は計画班員と第1期と第2期の公募班員の中から27人を選んだ。内訳は17編の総説と10編のオリジナル研究論文である。27編の内、計画班員が関与した6編の論文と特集号の序文1編を研究発表（雑誌論文）に記載した。
新学術領域研究「動的構造生命」では高速AFM、セミインタクト細胞リシール法、MD 計算プログラムGENESIS、動的解析のための新Ｘ線結晶解析技術、in cell NMR、Rheo-NMR、クライオ電子顕微鏡操作と解析プログラムについて技術講習会を開催してきた。今年度は金沢大学ナノ生命科学研究所（WPI-NanoLSI）において「第8回バイオAFM夏の学校」（2019年8月19日-24日）を共催し、Bio-AFM技術を一般に広めることに貢献した。12カ国から24名の若手研究者や学生が参加した。

現在までの達成度 (段落)

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

令和元年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Preface to the special issue on novel measurement techniques for visualizing ‘live’ protein molecules at work (2020)
  • 著者名/発表者名: Nishida Noritaka、Tsukazaki Tomoya、Kohda Daisuke
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129421～129421
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.129421
• [雑誌論文] Crystal contact-free conformation of an intrinsically flexible loop in protein crystal: Tim21 as the case study (2020)
  • 著者名/発表者名: Bala Siqin、Shinya Shoko、Srivastava Arpita、Ishikawa Marie、Shimada Atsushi、Kobayashi Naohiro、Kojima Chojiro、Tama Florence、Miyashita Osamu、Kohda Daisuke
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129418～129418
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.129418
  • 査読あり
• [雑誌論文] Conformational ensemble of an intrinsically flexible loop in mitochondrial import protein Tim21 studied by modeling and molecular dynamics simulations (2020)
  • 著者名/発表者名: Srivastava Arpita、Bala Siqin、Motomura Hajime、Kohda Daisuke、Tama Florence、Miyashita Osamu
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129417～129417
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.129417
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nanodiamonds for bioapplications - specific targeting strategies (2020)
  • 著者名/発表者名: Terada Daiki、Genjo Takuya、Segawa Takuya F.、Igarashi Ryuji、Shirakawa Masahiro
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129354～129354
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.04.019
  • 査読あり
• [雑誌論文] In situ structural biology using in-cell NMR (2020)
  • 著者名/発表者名: Nishida Noritaka、Ito Yutaka、Shimada Ichio
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129364～129364
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.05.007
  • 査読あり
• [雑誌論文] High-speed near-field fluorescence microscopy combined with high-speed atomic force microscopy for biological studies (2020)
  • 著者名/発表者名: Umakoshi Takayuki、Fukuda Shingo、Iino Ryota、Uchihashi Takayuki、Ando Toshio
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129325～129325
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.03.011
  • 査読あり
• [雑誌論文] Direct visualization of avian influenza H5N1 hemagglutinin precursor and its conformational change by high-speed atomic force microscopy (2020)
  • 著者名/発表者名: Lim Kee Siang、Mohamed Mahmoud Shaaban、Wang Hanbo、Hartono、Hazawa Masaharu、Kobayashi Akiko、Voon Dominic Chih-Cheng、Kodera Noriyuki、Ando Toshio、Wong Richard W.
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129313～129313
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.02.015
  • 査読あり
• [雑誌論文] Visualizing protein motion in Couette flow by all-atom molecular dynamics (2020)
  • 著者名/発表者名: Walinda Erik、Morimoto Daichi、Shirakawa Masahiro、Scheler Ulrich、Sugase Kenji
  • 雑誌名: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 巻: 1864 ページ: 129383～129383
  • DOI: https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2019.06.006
  • 査読あり
• [学会発表] The lantibiotic nukacin ISK-1 exists in an equilibrium between active and inactive lipid-II binding states (2019)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Kohda
  • 学会等名: 8th Asia-Pacific NMR Symposium 2019, Singapore
  • 国際学会 / 招待講演
• [学会発表] Integrative Analysis Combining AFM, NMR, and EM Revealed Two-State Conformational Exchange of a Single-subunit Oligosaccharyltransferase from Archaeoglobus fulgidus (2019)
  • 著者名/発表者名: Yuki Kawasaki, Hirotaka Ariyama, Daisuke Fujinami, Hajime Motomura, Ashutosh Srivastava, Florence Tama, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Kouta Mayanagi, Daisuke Kohda
  • 学会等名: Thermophiles 2019, Fukuoka
  • 国際学会
• [学会発表] Multiple partial recognitions in dynamic equilibrium in the binding sites of proteins form the molecular basis of promiscuous recognition of structurally diverse ligands (2019)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Kohda
  • 学会等名: 第42回日本分子生物学会年会，福岡
• [学会発表] The lantibiotic nukacin ISK-1 exists in an equilibrium between active and inactive lipid-II binding states: Thermodynamic analysis using the NMR signals as residue-specific probes (2019)
  • 著者名/発表者名: Daisuke Kohda
  • 学会等名: Annual Taiwan Magnetic Resonance Society Meeting, Taipei
  • 国際学会 / 招待講演
• [備考] 動的構造生命 ホーム
  • URL: http://vsb.bmr.kyushu-u.ac.jp/Shingakujutsu/index.html