2017 Fiscal Year Annual Research Report
ネオウイルス学:生命の源流から超個体、そしてエコ・スフィアーへ
Project Area | Neo-virology: the raison d'etre of viruses |
Project/Area Number |
16H06429
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
河岡 義裕 東京大学, 医科学研究所, 教授 (70135838)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
朝長 啓造 京都大学, ウイルス・再生医科学研究所, 教授 (10301920)
澤 洋文 北海道大学, 人獣共通感染症リサーチセンター, 教授 (30292006)
松浦 善治 大阪大学, 微生物病研究所, 教授 (50157252)
鈴木 信弘 岡山大学, 資源植物科学研究所, 教授 (70206514)
川口 寧 東京大学, 医科学研究所, 教授 (60292984)
高橋 英樹 東北大学, 農学研究科, 教授 (20197164)
長崎 慶三 高知大学, 教育研究部総合科学系黒潮圏科学部門, 教授 (00222175)
渡辺 登喜子 東京大学, 医科学研究所, 特任准教授 (60557479)
川野 秀一 電気通信大学, 大学院情報理工学研究科, 准教授 (50611448)
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Project Period (FY) |
2016-06-30 – 2021-03-31
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Keywords | ウイルス / 宿主との共生 / 生態 |
Outline of Annual Research Achievements |
(1)計画・公募研究の推進:計画・公募研究を、研究活動支援システム、領域班会議などを通じて積極的にサポートし、計画研究とともにネオウイルス学創成に目がけた研究を推進している。高度情報処理支援として、昨年度に引き続き計画研究班、そして公募研究班に対し、次世代型スーパーコンピュータシステム・シロカネの利用による ビックデータの高速処理体制を構築した。 また各計画研究班においてトレーニングコースを通じて、特殊な実験方法などの技術講習会を行い、領域内研究の連携や推進に務めた。 (2)領域班会議の開催:平成29年度は、5月17日に東京において第2回領域班会議、また 10月29~31日に静岡県修善寺において、第3回領域班会議を行い、 各計画・公募研究班による未発表データを含めた進捗報告を行った。会議では、活発な議論が展開され、共同研究や技術提供が活性化されるとともに、領域内の研究者間の有機的な連携が強化された。また今年度は、 テレビ会議システムを用いて、月に一度の定例会を行い、各計画・公募研究班の研究進捗の報告などを行なうことによって、領域全体の研究の推進を図った。 (3)広報活動:本領域の研究活動を国民に広く発信するため、ホームページ/フェイスブックページ/ツイッターにおいて、平成29年度は各々100件超の記事を掲載した。フォロワー数は平成28年度と比較して、フェイスブックページは80から160名、ツイッターは46から152名に増加した。また平成29年度は、領域の研究内容の概説を掲載したニュースレターを2回発行した。さらに活発なアウトリーチ活動を行なった。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
全体として概ね順調に進展していると評価できる。「(1)計画・公募研究の推進」については、計画・公募研究を、研究活動支援システム、領域班会議などを通じて積極的にサポートした。 次世代型スーパーコンピュータシステム・シロカネを利用したビックデータの高速処理体制を整備した。シロカネの利用は、各々の班に捉われることなくドライ研究者、ウェット研究者間の連携を促進しており、論文・学会発表といった成果にも現れ始めている。国際活動支援班との連携によって、海外試料提供体制が整備され、共同研究を進めている。また各計画研究班において、トレーニングコースを通じて、特殊な実験方法などの技術講習会を行ったところ、領域内研究の連携や推進に大きく貢献したと自己評価できる。「(2)領域班会議の開催」については、領域班会議を2回実施した。またテレビ会議システムを利用して、月に一度の定例会を開催している。これらの会議では、活発な議論が展開され、共同研究や技術提供が活性化されるとともに、領域内の研究者間の有機的な連携が強化されていると評価できる。「(3)広報活動」については、領域HPの内容の充実化を図っている。ホームページ/フェイスブックページ/ツイッターにおいて、平成29年度は各々100件超の記事を掲載した。フォロワー数は平成28年度と比較して、フェイスブックページは80から160名、ツイッターは46から152名に増加した。また平成29年度は、領域の研究内容の概説を掲載したニュースレターを2回発行した。さらに活発なアウトリーチ活動を行なっており、中高生や一般の方に向けた講義などを13回行なった。また女性研究者や若手研究者の活動への参画も活発である。平成29年度は、発表論文数や学会発表数が大幅に増えており、領域全体の研究が概ね順調に進展していると評価できる。
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Strategy for Future Research Activity |
(1)計画・公募研究の推進:公募研究を、研究活動支援システム、領域会議などを通じて積極的にサポートし、計画研究とともにネオウイルス学創成に目がけた研究を推進する。公募研究の研究期間は2年とし、平成30年度には第2期の公募班員を募集する。(2)領域会議等の開催:毎年、領域会議、公開シンポジウムを開催し、計画・公募班員間すべてにおいて積極的な情報交換・研究支援を行って連携を深めていく。また、複数の領域研究者が関連する学術集会(例:ウイルス学会、菌類遺伝学会、微生物生態学会、植物生理学会等)の際、小会議を開催し、各学会での新情報をもとに、本領域の方向性等を頻繁に検討し、その内容をフィードバックすることで、本領域の推進に反映させる。また、3年目および5年目に、国際シンポジウムを開催し、海外研究者を招聘し、交流を図るとともに、研究成果を国際的に発信する。(3)広報活動:ホームページを通じて、研究成果を積極的に社会に発信する。定期的に、班員の研究成果や研究者間の連携実績をまとめたニュースレターを発刊する。その際、内容を噛み砕き小・中・高校生等の次世代の担い手にも、インパクトを与えられるよう配慮する。
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Research Products
(349 results)
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[Journal Article] Characterization of a Feline Influenza A(H7N2) Virus.2018
Author(s)
Hatta M, Zhong G, Gao Y, Nakajima N, Fan S, Chiba S, Deering KM, Ito M, Imai M, Kiso M, Nakatsu S, Lopes TJ, Thompson AJ, McBride R, Suarez DL, Macken CA, Sugita S, Neumann G, Hasegawa H, Paulson JC, Toohey-Kurth KL, Kawaoka Y.
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Journal Title
Emerg Infect Dis
Volume: 24
Pages: 75-86
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] New World feline APOBEC3 potently controls inter-genus lentiviral transmission2018
Author(s)
Yoriyuki Konno, Shumpei Nagaoka, Izumi Kimura, Keisuke Yamamoto, Yumiko Kagawa, Ryuichi Kumata, Hirofumi Aso, Mahoko Takahashi Ueda, So Nakagawa, Tomoko Kobayashi, Yoshio Koyanagi & Kei Sato
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Journal Title
Rerovirology
Volume: 15
Pages: 31
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Cryo-EM structure of a Marseilleviridae virus particle reveals a large internal microassembly2018
Author(s)
Okamoto K, Miyazaki N, Reddy HKN., Hantke MF, Maia FRNC., Larsson DSD, Abergel C, Claverie JM, Hajdu J, Murata K, Svenda M
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Journal Title
Virology
Volume: 516
Pages: 239-245
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Novel, diverse RNA viruses from Mediterranean isolates of the phytopathogenic fungus, Rosellinia necatrix: insights into evolutionary biology of fungal viruses.2018
Author(s)
Arjona-Lopez, J. M., Telengech, P., Jamal, A., Hisano, S., Kondo, H., Yelin, M. D., Arjona-Girona, I., Kanematsu, S., Lopez-Herrera, C., and Suzuki, N.
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Journal Title
Environ Microbiol
Volume: 20
Pages: 1464-1483
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Herpes Simplex Virus 1 VP22 Inhibits AIM2-dependent Inflammasome Activation to Enable Efficient Viral Replication.2018
Author(s)
Y. Maruzuru, T. Ichinohe, R. Sato, K. Miyake, T. Okano, T. Suzuki, T. Koshiba, N. Koyanagi, S. Tsuda, M. Watanabe, J. Arii, A. Kato, and Y. Kawaguchi.
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Journal Title
Cell Host & Microbe
Volume: 23
Pages: 254-265
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Different effects of two mutations on the infectivity of Ebola virus glycoprotein in nine mammalian species2018
Author(s)
Kurosaki, Y., Ueda, M.T., Nakano, Y., Yasuda, J., Koyanagi, Y., Sato, K. and Nakagawa, S.
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Journal Title
Journal of General Virology
Volume: 99(2)
Pages: 181-186
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Detection of novel gammaherpesviruses from fruit bats in Indonesia.2018
Author(s)
Wada Y, Sasaki M, Setiyono A, Handharyani E, Rahmadani I, Taha S, Adiani S, Latief M, Kholilullah ZA, Subangkit M, Kobayashi S, Nakamura I, Kimura T, Orba Y, Sawa H
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Journal Title
Journal of Medical Microbiology
Volume: 67(3)
Pages: 415-422
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Quantitative viral community DNA analysis reveals the dominance of single-stranded DNA viruses in offshore upper bathyal sediment from Tohoku, Japan.2018
Author(s)
Yoshida M, Mochizuki T, Urayama S, Yoshida-Takashima Y, Nishi S, Hirai M, Nomaki H, Takaki Y, Nunoura T, Takai K.
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Journal Title
Frontiers in Microbiology
Volume: 9
Pages: 75
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Human-specific adaptations in Vpu conferring anti-tetherin activity are critical for efficient early HIV-1 replication in vivo2018
Author(s)
E. Yamada, S. Nakaoka, L. Klein, E. Reith, S. Langer, K. Hopfensperger, S. Iwami, G. Schreiber, F. Kirchhoff, Y. Koyanagi, D. Sauter and *K. Sato
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Journal Title
Cell Host & Microbe
Volume: 23
Pages: 110-120
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Characterization of recombinant Flaviviridae viruses possessing a small reporter-tag.2018
Author(s)
Tamura T, Fukuhara T, Uchida T, Ono C, Mori H, Sato A, Fauzyah Y, Okamoto T, Kurosu T, Setoh YX, Imamura M, Tautz N6 Sakoda Y, Khromykh AA, Chayama K, Matsuura Y.
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Journal Title
J Virol.
Volume: 92
Pages: 259-273
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Evidence for a novel negative-stranded RNA mycovirus in the plant pathogenic fungus Fusarium graminearumn.2018
Author(s)
Wang, L., He, H., Chen, X., Qiu, D., Kondo, H.* and Guo, L.*
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Journal Title
Virology
Volume: 528
Pages: 232-240
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] A fungal Argonaute interferes with RNA interference.2018
Author(s)
Nguyen, Q., Aritani, A., Ohkita, S.,1, Vu, B. V., Yokoya, K., Matsubara, A., Ikeda, K., Suzuki, N., and Nakayashiki, H.
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Journal Title
Nucleic Acid Research
Volume: 46
Pages: 2495-2508.
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Glycosylation of the HA protein of H5N1 virus increases its virulence in mice by exacerbating the host immune response.2017
Author(s)
Zhao D, Liang L, Wang S, Nakao T, Li Y, Liu L, Guan Y, Fukuyama S, Bu Z, Kawaoka Y, Chen H.
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Journal Title
J Virol
Volume: 91
Pages: e02215-02216
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Reactivity and sensitivity of commercially available influenza rapid diagnostic tests in Japan.2017
Author(s)
Sakai-Tagawa Y, Yamayoshi S, Kawakami C, Le MQ, Uchida Y, Saito T, Nidom CA, Humaira I, Toohey-Kurth K, Arafa AS, Liu MT, Shu Y, Kawaoka Y.
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Journal Title
Sci Rep
Volume: 7
Pages: 14483
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Diversity of antigenic mutants of influenza A(H1N1)pdm09 virus escaped from human monoclonal antibodies.2017
Author(s)
Yasuhara A, Yamayoshi S, Soni P, Takenaga T, Kawakami C, Takashita E, Sakai-Tagawa Y, Uraki R, Ito M, Iwatsuki-Horimoto K, Sasaki T, Ikuta K, Yamada S, Kawaoka Y.
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Journal Title
Sci Rep
Volume: 7
Pages: 17735
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Herpes simplex virus-1 evasion of CD8+ T cell accumulation contributes to viral encephalitis.2017
Author(s)
N. Koyanagi, T. Imai, K. Shindo, A. Sato, W. Fujii, T. Ichinohe, N. Takemura, S. Kakuta, S. Uematsu, H. Kiyono, Y. Maruzuru, J. Arii, A. Kato and Y. Kawaguchi.
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Journal Title
The Journal of Clinical Investigation
Volume: 127
Pages: 3784-3795
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] 2016 International meeting of the Global Virus Network.2017
Author(s)
R. Akkina, H. Ellerbrok, W. Hall, H. Hasegawa, Y. Kawaguchi, H. Kleanthous, E. McSweegan, N. Mercer, V. Romanowski, H. Sawa, A. Vahlne.
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Journal Title
Antiviral Research
Volume: 142
Pages: 21-29
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Identification of the same polyomavirus species in different African horseshoe bat species is indicative of short-range host-switching events2017
Author(s)
Carr M, Gonzalez G, Sasaki M, Dool SE, Ito K, Ishii A, Hang'ombe BM, Mweene AS, Teeling EC, Hall WW, Orba Y, Sawa H
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Journal Title
Journal of General Virology
Volume: 98
Pages: 2771-2785
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Characterization of miR-122-independent propagation of HCV2017
Author(s)
Ono C., Fukuhara T., Motooka D., Nakamura S., Okuzaki D., Yamamoto S., Tamura T., Mori H., Sato A., Uemura K., Fauzyah Y., Kurihara T.,
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Journal Title
PLoS Pathogens
Volume: 13
Pages: e1006374
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Environmental viral genomes shed new light on virus-host interactions in the ocean.2017
Author(s)
Nishimura Y, Watai H, Honda T, Mihara T, Omae K, Roux S, Blanc-Mathieu R, Yamamoto K, Hingamp P, Sako Y, Sullivan MB, Goto S, Ogata H, Yoshida T.
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Journal Title
mSphere
Volume: 2
Pages: e00359-16.
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Acquisition of functions on the outer capsid surface during evolution of double-stranded RNA fungal viruses.2017
Author(s)
Mata, C. P., Luque, D., Gomez-Blanco, J., Gonzalez-Camacho, F., Rodriguez, J. M., Gonzalez, J. M., Suzuki. N., Ghabrial, S. A., Carrascosa, J. L., and Caston J. R.
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Journal Title
PLoS Pathogens
Volume: 13
Pages: e1006755.
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Journal Article] Respiratory commensal bacteria Corynebacterium pseudodiphtheriticum improves resistance of infant mice to respiratory syncytial virus and Streptococcus pneumonia superinfection.2017
Author(s)
Kanmani, P., Clua, P., Vizoso-Pinto, M.G., Rodriguez, C., Alvarez, S., Melnikov, V., Takahashi, H., Kitazawa, H. and Villena, J.
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Journal Title
Frontiers in Microbiology
Volume: 8
Pages: 1613
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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[Presentation] Impact of aging on the pathogenesis of avian influenza A(H7N9) virus infection in non-human primates2017
Author(s)
Fukuyama S, Iwatsuki-Horimoto K, Shoemaker JE, Nakajima N, Kiso M, Tomita Y, Katsura H, Maemura T, Watanabe T, Sato Y, Suzuki T, Hasegawa H and Kawaoka Y.
Organizer
第65回日本ウイルス学会学術集会
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[Presentation] Two novel hyperthermophilic viruses, PLV1 and PSV2, infecting aerobic crenarchaeon Pyrobaculum aerophilum YKB312017
Author(s)
Mochizuki T, Nunoura T, Berliner A, Kasama K, Nakagawa M, Hongo Y, Yoshida-Takashima Y, Takaki T, Takai K.
Organizer
Gordon Research Conference: Archaea
Int'l Joint Research
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[Presentation] Host-specific RNA silencing (Dicer)-mediated virus interference revealed by characterizing a new fungal partitivirus.2017
Author(s)
Chiba, S., Aulia, A., Hisano, S., Lin, Y-H., Kondo, H., Kanematsu, S., Yaegashi, H., and Suzuki, N.
Organizer
4th International Mycovirus Symposium
Int'l Joint Research
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