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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Systems Science of Bio-Navigation

Administrative Group

Project AreaSystems Science of Bio-navigation
Project/Area Number 16H06535
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

橋本 浩一  東北大学, 情報科学研究科, 教授 (80228410)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 木村 幸太郎  大阪大学, 理学研究科, 招へい教授 (20370116)
妻木 勇一  山形大学, 大学院理工学研究科, 教授 (50270814)
竹内 一郎  名古屋工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (40335146)
前川 卓也  大阪大学, 情報科学研究科, 准教授 (50447025)
玉木 徹  広島大学, 工学研究科, 准教授 (10333494)
依田 憲  名古屋大学, 環境学研究科, 教授 (10378606)
高橋 晋  同志社大学, 脳科学研究科, 教授 (20510960)
飛龍 志津子  同志社大学, 生命医科学部, 教授 (70449510)
小川 宏人  北海道大学, 理学研究院, 教授 (70301463)
Project Period (FY) 2016-06-30 – 2021-03-31
Keywords制御工学 / データ科学 / 生態学 / 神経科学 / ログボット
Outline of Annual Research Achievements

(1) 領域運営協議:計画研究代表者による領域運営会議を開催し、領域全体としての計画や実施方法などに関して議論した。
(2) 技術的支援: A01制御工学:橋本G、前川G、依田Gの共同研究を支援し、イベント駆動型防水ログボットデータ収集を行った。A02データ科学:データ科学班(竹内 G、前川G)と生態学班(依田G、飛龍G、公募第一期高橋G、宮竹G、公募第一期小池G)および神経科学班(高橋G、小川G、木村G、北西G、上川内G、岩楯G)の共同研究を支援し、海鳥、線虫、コオロギなどの動物ナビゲーション解析機械学習プログラムを開発し、成果は論文として発表済み、あるいは投稿中である。
(3)融合的若手研究者育成支援:若手横断合宿(9月25, 26日、63名参加)の企画・運営を行った。また、融合研究促進のために、研究相談会(12月7日、30名参加)を行った(3月開催(3月14日)のものは中止)。
(4) 各分野の学会への組織的な展開:融合研究体制を領域外研究者に広げるため、下記の企画を実施した。国際会議(1件: ACML2019 workshop)および国内学会(5件:ROBOMEC2019 OS「生物移動情報学」、Neuro2019「データ駆動型/モデル駆動型神経科学の幕開け」、RSJ2019 OS「生物移動情報学」、RSJ2019OF「ロボットテクノロジーが迫る生物ナビゲーションの謎」、SI2019 OS「生物移動情報学」)における企画セッションの運営、学会誌における連載 (1件:生物の科学遺伝、シリーズ24編)。Neuro2019ではジャネリア研究所からAlice Robie博士を招待し、講演と情報交換を行った。
(5) 広報活動::分野融合的な取り組みの成果アウトリーチのため、領域ウェブ、フェイスブック、ツイッター、サイエンスカフェ、高校での出張講義、テレビ報道などを行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

計画班としての統合的な取り組みの成果として、イベント駆動型ログボットの稼働、さまざまなデータ分析手法の確立が実現し、多様な動物に対するナビゲーションの数理モデルが作成され、「共通化された技術による動物ナビゲーションの測定と分析」が大型融合プロジェクトとして実現してきている。特に2019年度はこれまでの成果を論文としてまとめて投稿し、受理・発表に向けて努力することに注力した。

Strategy for Future Research Activity

(1) 領域運営協議:計画研究代表者による領域運営会議を開き、領域全体としての計画や実施方法などに関して議論する。なお、領域運営会議は、領域会議や若手合宿と併せて適宜開催する。現時点では新型コロナウイルス感染拡大防止のため大人数での集会が困難であるが、必要に応じてオンラインの会合を積極的に開催する。また、計画班を中心として、本領域におけるこれまでの研究活動を最大限に可視化するために、論文投稿や改訂を可能な限り支援する。
(2) 技術支援班:より高度かつ幅広い融合研究を実施するため、これまでに提供してきた技術を下記の通りさらに進展させる。A01橋本:刺激によるフィード バック介入装置を備えるロガー開発・提供。A01妻木: マイクロ発電システム及び各種無線システムの信頼性・耐久性向上を主眼とした開発・提供。A02竹内: 動物,ヒト,自動車の経路データからのイベント検出とその統計的信頼性保証。A02前川:イベント駆動型ロガーのためのイベント駆動ロジック生成プログラムの提供および深層学習を用いた軌跡分析のプラットフォーム提供。A02玉木:ロガー映像解析による生物・環境情報抽出。パターン認識技術による多次元データ解析。
(3)融合的若手研究者育成支援班:可能であれば、これまでと同様に若手合宿(9月@札幌)や若手弟子入り、基礎知識勉強会を開催することを目指すが、コロナウイルス感染拡大防止を考慮して柔軟に判断する。
(4) 学術企画班:年次領域会議・国際シンポジウム・ワークショップ・各学会におけるシンポジウムを開催する予定である。幾つかは既にキャンセルやオンライン開催が決定しているが、可能な範囲でこれらの機会を利用して領域における研究成果の発信および更なる発展に向けて努力を続ける。
(5) 広報活動班:これまでと同様に広報活動(ウェブ、マガジン、ニュース、アウトリーチ講演など)を積極的に進める。

  • Research Products

    (29 results)

All 2020 2019

All Journal Article (29 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 29 results,  Open Access: 12 results)

  • [Journal Article] Neuron ID dataset facilitates neuronal annotation for whole-brain activity imaging of C. elegans2020

    • Author(s)
      Toyoshima Yu、Wu Stephen、Kanamori Manami、Sato Hirofumi、Jang Moon Sun、Oe Suzu、Murakami Yuko、Teramoto Takayuki、Park Chanhyun、Iwasaki Yuishi、Ishihara Takeshi、Yoshida Ryo、Iino Yuichi
    • Journal Title

      BMC Biology

      Volume: 18 Pages: 30

    • DOI

      10.1186/s12915-020-0745-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Reconfigurable Maze Provides Flexible, Scalable, Reproducible, and Repeatable Tests2020

    • Author(s)
      Hoshino Satoshi、Takahashi Riku、Mieno Kana、Tamatsu Yuta、Azechi Hirotsugu、Ide Kaoru、Takahashi Susumu
    • Journal Title

      iScience

      Volume: 23 Pages: 100787~100787

    • DOI

      10.1016/j.isci.2019.100787

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reinforcement schedules differentially affect learning in neuronal operant conditioning in rats2020

    • Author(s)
      Song Kichan、Takahashi Susumu、Sakurai Yoshio
    • Journal Title

      Neuroscience Research

      Volume: 153 Pages: 62~67

    • DOI

      10.1016/j.neures.2019.04.003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Meaning Guided Video Captioning2020

    • Author(s)
      Babariya Rushi J.、Tamaki Toru
    • Journal Title

      Lecture Notes in Computer Science

      Volume: - Pages: 478~488

    • DOI

      10.1007/978-3-030-41299-9_37

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Role of somite patterning in the formation of Weberian apparatus and pleural rib in zebrafish2020

    • Author(s)
      Akama Kagari、Ebata Kanami、Maeno Akiteru、Taminato Tomohito、Otosaka Shiori、Gengyo‐Ando Keiko、Nakai Junichi、Yamasu Kyo、Kawamura Akinori
    • Journal Title

      Journal of Anatomy

      Volume: 236 Pages: 622~629

    • DOI

      10.1111/joa.13135

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] STEFTR: A Hybrid Versatile Method for State Estimation and Feature Extraction From the Trajectory of Animal Behavior2019

    • Author(s)
      Yamazaki Shuhei J.、Ohara Kazuya、Ito Kentaro、Kokubun Nobuo、Kitanishi Takuma、Takaichi Daisuke、Yamada Yasufumi、Ikejiri Yosuke、Hiramatsu Fumie、Fujita Kosuke、Tanimoto Yuki、Yamazoe-Umemoto Akiko、Hashimoto Koichi、Sato Katsufumi、Yoda Ken、Takahashi Akinori、Ishikawa Yuki、Kamikouchi Azusa、Hiryu Shizuko
    • Journal Title

      Frontiers in Neuroscience

      Volume: 13 Pages: 970

    • DOI

      10.3389/fnins.2019.00626

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Real-time volumetric microscopy of in vivo dynamics and large-scale samples with SCAPE 2.02019

    • Author(s)
      Voleti Venkatakaushik、Patel Kripa B.、Li Wenze、Perez Campos Citlali、Bharadwaj Srinidhi、Yu Hang、Ford Caitlin、Casper Malte J.、Yan Richard Wenwei、Liang Wenxuan、Wen Chentao、Kimura Koutarou D.、Targoff Kimara L.、Hillman Elizabeth M. C.
    • Journal Title

      Nature Methods

      Volume: 16 Pages: 1054~1062

    • DOI

      10.1038/s41592-019-0579-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Unsupervised Factory Activity Recognition with Wearable Sensors Using Process Instruction Information2019

    • Author(s)
      Qingxin Xia、Wada Atsushi、Korpela Joseph、Maekawa Takuya、Namioka Yasuo
    • Journal Title

      Proceedings of the ACM on Interactive, Mobile, Wearable and Ubiquitous Technologies

      Volume: 3 Pages: 1~23

    • DOI

      10.1145/3328931

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular evidence of bird-eating behavior in Nyctalus aviator2019

    • Author(s)
      Heim Olga、Puisto Anna I. E.、Fukui Dai、Vesterinen Eero J.
    • Journal Title

      acta ethologica

      Volume: 22 Pages: 223~226

    • DOI

      10.1007/s10211-019-00319-5

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Bat-inspired signal design for target discrimination in human echolocation2019

    • Author(s)
      Sumiya Miwa、Ashihara Kaoru、Yoshino Kazuki、Gogami Masaki、Nagatani Yoshiki、Kobayasi Kohta I.、Watanabe Yoshiaki、Hiryu Shizuko
    • Journal Title

      The Journal of the Acoustical Society of America

      Volume: 145 Pages: 2221~2236

    • DOI

      10.1121/1.5097166

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Computing Full Conformal Prediction Set with Approximate Homotopy2019

    • Author(s)
      Ndiaye E., Takeuchi I.
    • Journal Title

      Proceedings of 33rd Conference on Neural Information Processing Systems (NeurIPS2019)

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Safe Triplet Screening for Distance Metric Learning2019

    • Author(s)
      Yoshida Tomoki、Takeuchi Ichiro、Karasuyama Masayuki
    • Journal Title

      Neural Computation

      Volume: 31 Pages: 2432~2491

    • DOI

      10.1162/neco_a_01240

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Statistically Discriminative Sub-trajectory Mining with Multiple Testing Correction2019

    • Author(s)
      Le Duy Vo Nguyen、Sakuma Takuto、Ishiyama Taiju、Toda Hiroki、Arai Kazuya、Karasuyama Masayuki、Okubo Yuta、Sunaga Masayuki、Tabei Yasuo、Takeuchi Ichiro
    • Journal Title

      Proceedings of International Conference on Advances in Geographic Information Systems (ACM SIGSPATIAL 2019)

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1145/3347146.3359379

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Motor cortex can directly drive the globus pallidus neurons in a projection neuron type-dependent manner in the rat2019

    • Author(s)
      Karube Fuyuki、Takahashi Susumu、Kobayashi Kenta、Fujiyama Fumino
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 8 Pages: e49511

    • DOI

      10.7554/eLife.49511

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enhanced Theta and High-Gamma Coupling during Late Stage of Rule Switching Task in Rat Hippocampus2019

    • Author(s)
      Nakazono Tomoaki、Takahashi Susumu、Sakurai Yoshio
    • Journal Title

      Neuroscience

      Volume: 412 Pages: 216~232

    • DOI

      10.1016/j.neuroscience.2019.05.053

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Female-biased stranding in Magellanic penguins2019

    • Author(s)
      Yamamoto Takashi、Yoda Ken、Blanco Gabriela S.、Quintana Flavio
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 29 Pages: R12~R13

    • DOI

      10.1016/j.cub.2018.11.023

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Differences in breeding success among neighbouring subcolonies correlate with egg size and quality of parental care2019

    • Author(s)
      A. L. Fayet, M. Shirai, S. Matsumoto, A. V. Tatenhove, K. Yoda, A. Shoji
    • Journal Title

      Ornithological Science

      Volume: 18 Pages: 189~195

    • DOI

      10.2326/osj.18.189

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Trade-off between motor performance and behavioural flexibility in the action selection of cricket escape behaviour2019

    • Author(s)
      Sato Nodoka、Shidara Hisashi、Ogawa Hiroto
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 18112

    • DOI

      10.1038/s41598-019-54555-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Auditory-Visual Virtual Reality for the Study of Multisensory Integration in Insect Navigation2019

    • Author(s)
      Makino Koki、Ando Noriyasu、Shidara Hisashi、Hommaru Naoto、Kanzaki Ryohei、Ogawa Hiroto
    • Journal Title

      Biomimetic and Biohybrid Systems

      Volume: - Pages: 325~328

    • DOI

      10.1007/978-3-030-24741-6_30

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-Resolution Representation for Mobile Mapping Data in Curved Regular Grid Model2019

    • Author(s)
      Su Jingxin、Miyazaki Ryuji、Tamaki Toru、Kaneda Kazufumi
    • Journal Title

      Sensors

      Volume: 19 Pages: 5373~5373

    • DOI

      10.3390/s19245373

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Wide and Deep Imaging of Neuronal Activities by a Wearable NeuroImager Reveals Premotor Activity in the Whole Motor Cortex2019

    • Author(s)
      Kobayashi Takuma、Islam Tanvir、Sato Masaaki、Ohkura Masamichi、Nakai Junichi、Hayashi Yasunori、Okamoto Hitoshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: 8366

    • DOI

      10.1038/s41598-019-44146-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Orchestrated ensemble activities constitute a hippocampal memory engram2019

    • Author(s)
      Ghandour Khaled、Ohkawa Noriaki、Fung Chi Chung Alan、Asai Hirotaka、Saitoh Yoshito、Takekawa Takashi、Okubo-Suzuki Reiko、Soya Shingo、Nishizono Hirofumi、Matsuo Mina、Osanai Makoto、Sato Masaaki、Ohkura Masamichi、Nakai Junichi、Hayashi Yasunori、Sakurai Takeshi、Kitamura Takashi、Fukai Tomoki、Inokuchi Kaoru
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 10 Pages: 2637

    • DOI

      10.1038/s41467-019-10683-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Disease-associated mutations hyperactivate KIF1A motility and anterograde axonal transport of synaptic vesicle precursors2019

    • Author(s)
      Chiba Kyoko、Takahashi Hironori、Chen Min、Obinata Hiroyuki、Arai Shogo、Hashimoto Koichi、Oda Toshiyuki、McKenney Richard J.、Niwa Shinsuke
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 116 Pages: 18429~18434

    • DOI

      10.1073/pnas.1905690116

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Perception of Motion-Adaptive Color Images Displayed by a High-Speed DMD Projector2019

    • Author(s)
      Oshiro Wakana、Kagami Shingo、Hashimoto Koichi
    • Journal Title

      Proc. 2019 IEEE Conference on Virtual Reality and 3D User Interfaces (IEEE VR 2019 Workshop on Perception-driven Graphics and Displays)

      Volume: ー Pages: 1790-1793

    • DOI

      10.1109/VR.2019.8797850

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Puppeteered rain2019

    • Author(s)
      Kagami Shingo、Higuchi Kotone、Hashimoto Koichi
    • Journal Title

      Proc. ACM SIGGRAPH Conference on Computer Graphics and Interactive Techniques (SIGGARPH 2019 Posters)

      Volume: ー Pages: 48

    • DOI

      10.1145/3306214.3338603

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Animated Stickies: Fast Video Projection Mapping onto a Markerless Plane through a Direct Closed-Loop Alignment2019

    • Author(s)
      Kagami Shingo、Hashimoto Koichi
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics

      Volume: 25 Pages: 3094~3104

    • DOI

      10.1109/TVCG.2019.2932248

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Context-based semantical vector representations for animal trajectories2019

    • Author(s)
      Ardakani Ilya、Hashimoto Koichi、Yoda Ken
    • Journal Title

      Advanced Robotics

      Volume: 33 Pages: 118~133

    • DOI

      10.1080/01691864.2019.1573704

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Construction of A Route Choice Model for Application to A Pedestrian Flow Simulation2019

    • Author(s)
      Nishida Ryo、Onishi Masaki、Hashimoto Koichi
    • Journal Title

      Proc. 2019 IEEE International Conference on Pervasive Computing and Communications Workshops, PerCom Workshops

      Volume: ー Pages: 614-619

    • DOI

      10.1109/PERCOMW.2019.8730657

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantification of Aggregation and Associated Brain Areas in Drosophila Melanogaster2019

    • Author(s)
      Okuno Takuto、Hashimoto Koichi、Tanimoto Hiromu
    • Journal Title

      Proc. 2019 IEEE International Conference on Pervasive Computing and Communications Workshops, PerCom Workshops

      Volume: ー Pages: 759-764

    • DOI

      10.1109/PERCOMW.2019.8730594

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2021-01-27  

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