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2013 Fiscal Year Annual Research Report

天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現

Administrative Group

Project AreaTarget recognition and expression mechanism of intrinsically disordered protein
Project/Area Number 21113001
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

佐藤 衛  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (60170784)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 明石 知子  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 准教授 (10280728)
石野 良純  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (30346837)
太田 元規  名古屋大学, 情報科学研究科, 教授 (40290895)
柴田 武彦  独立行政法人理化学研究所, 遺伝制御科学特別研究ユニット, ユニットリーダー (70087550)
西村 善文  横浜市立大学, 生命医科学研究科, 教授 (70107390)
肥後 順一  大阪大学, たんぱく質研究所, 特任研究員(客員教授) (80265719)
Project Period (FY) 2009-07-23 – 2014-03-31
Keywords天然変性タンパク質 / X線小角散乱 / 高速AFM / NMR / 核内タンパク質
Research Abstract

当該領域では、構造生物学、分子生物学、情報生物学の3分野の研究者が連携して、「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」について、その構造科学的・機能科学的基盤を理論的・実験的に解明することを目指している。この目的を達成するために、最終年度においても、年度当初の研究推進方針に基づいて、以下のような活動を行った。
1. 若手育成講習会(平成25年5月22-23日高エネルギー加速器研究機構)「X線溶液散乱法によるタンパク質の構造解析法の基礎的理解(講義と実習)」と題する講習会を開催した。学生および若手研究者が参加者の8割以上を占め、若手育成に相応しい講習会となった(参加者は61名)。
2. 領域全体会議(平成25年9月3-5日 ひだホテルプラザ)と平成25年度第1回総括班会議(平成25年9月4日 ひだホテルプラザ)計画班及び公募班の研究代表者・分担者が一同に集まり、これまでの研究の進捗状況を発表し、事後評価に向けた取り組みの確認および今年度の活動状況ついて議論した。また、総括班会議では、本年度の活動計画の実施状況の報告およびそれぞれの研究分担者の役割の進行状況を確認し、事後評価に向けた取り組みおよび今後の活動状況ついて議論した。
4. 第3回公開シンポジウムと(平成26年2月27-28日 九州大学医学部百年講堂)と平成23年度第2回総括班会議(平成26年2月28日 九州大学医学部百年講堂)研究代表者および本領域研究において顕著な成果を挙げている若手研究者による最新の研究成果の発表を行った。なお、参加者は100名を超え、たいへん盛況であった。また、総括班会議では本年度第1回総括班会議以後の活動計画の実施状況の報告およびそれぞれの研究分担者の役割の進行状況を確認するとともに、事後評価結果を踏まえた今後の領域運営および活動状況ついて議論した。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (22 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (10 results) (of which Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Functional analyses of the C terminal half of the Saccharomyces cerevisiae Rad52 protein2014

    • Author(s)
      Kagawa, W., Arai, N., Ichikawa, Y., Saito, K., Sugiyama, S., Saotome, M., Shibata, T. and Kurumizaka, H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res

      Volume: 42 Pages: 941-951

    • DOI

      10.1093/nar/gkt986

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners2014

    • Author(s)
      Fukuchi, S., Amemiya, T., Sakamoto, S., Nobe, Y., Hosoda, K., Kado, Y., Murakami, S.D., Koike, R., Hiroaki, H., and Ota, M.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res.

      Volume: 42 Pages: D320-D325

    • DOI

      10.1093/nar/gkt1010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hierarchical description and extensive classification of protein structural changes by Motion Tree2014

    • Author(s)
      Koike, R., Ota, M., and Kidera, A.
    • Journal Title

      J. Mol. Biol

      Volume: 426 Pages: 752-762

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2013.10.034

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Putative antirecombinase Srs2 DNA helicase promotes noncrossover homologous recombination avoiding loss of heterozygosity2013

    • Author(s)
      Miura, T., Shibata, T. and Kusano, K.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci USA

      Volume: 110 Pages: 16067-16072

    • DOI

      10.1073/pnas.1303111110

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Accidental interaction between PDZ domains and diclofenac revealed by NMR-assisted virtual screening2013

    • Author(s)
      Tenno, T., Goda, N., Umetsu, Y., Ota, M., Kinoshita, K., and Hiroaki, H.
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 18 Pages: 9567-9581

    • DOI

      10.3390/molecules18089567

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A virtual-system coupled multicanonical molecular dynamics simulation: principles and applications to free-energy landscape of protein-protein interaction with an all-atom model in explicit solvent.2013

    • Author(s)
      Junichi Higo, Koji Umezawa, Haruki Nakamura.
    • Journal Title

      J. Chem. Phys.

      Volume: 138 Pages: 184106

    • DOI

      10.1063/1.4803468.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conclusive evidence of the reconstituted hexasome proved by native mass spectrometry.2013

    • Author(s)
      Azegami, N., Saikusa K, Todokoro Y, Kurumizaka H, Nagadoi A, Nishimura Y, Akashi S
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 52 Pages: 5155-5157

    • DOI

      10.1021/bi4005655

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gas-phase structure of the histone multimers characterized by ion mobility mass spectrometry and molecular dynamics simulation.2013

    • Author(s)
      Saikusa, K., Fuchigami, S., Takahashi, K., Asano, Y., Nagadoi, A., Tachiwana, H., Kurumizaka, H., Ikeguchi, M., Nishimura, Y., Akashi, S.
    • Journal Title

      Anal. Chem.

      Volume: 85 Pages: 4165-4171

    • DOI

      10.1021/ac400395j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structure of Cex1p reveals the mechanism of tRNA trafficking between nucleus and cytoplasm2013

    • Author(s)
      K. Nozawa, R. Ishitani, T. Yoshihisa, M. Sato, F. Arisaka, S. Kanamaru, N. Dohmae, D. Mangroo, B. Senger, H. D. Becker and O. Nureki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 41 Pages: 3901-3914

    • DOI

      10.1093/nar/gkt010. Epub 2013 Feb 8.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Report of the wwPDB Small-Angle Scattering Task Force: Data Requirements for Biomolecular Modeling and the PDB2013

    • Author(s)
      J. Trewhella, W. A. Hendrickson, G. J. Kleywegt, A. Sali, M. Sato, T. Schwede, D. I. Svergun, J. A. Tainer, J. Westbrook, and H. M. Berman
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 21 Pages: 875-881

    • DOI

      10.1016/j.str.2013.04.020.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] MS と SAXS を組み合わせたタンパク質の解析2014

    • Author(s)
      明石知子
    • Organizer
      SPRUC拡大研究会・SPring-8利用ワークショップ
    • Place of Presentation
      SPring-8
    • Year and Date
      20140201-20140202
    • Invited
  • [Presentation] RecAのL1 loop領域はDNA結合を制御する2013

    • Author(s)
      篠原 赳, 井川 粛子, 岩崎 わかな, 美川 務, 柴田 武彦
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      20131205-20131205
  • [Presentation] ゲノム不安定化防止に寄与するRecA組換え酵素のDNA結合順序決定機構2013

    • Author(s)
      柴田 武彦, 篠原 赳, 岩崎 わかな, 井川 粛子, 美川 務, 新井 直人
    • Organizer
      第31回染色体ワークショップ・第12回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      ホテルおかだ(箱根)
    • Year and Date
      20131125-20131125
  • [Presentation] 組換え修復における修復DNA合成なしの第2端捕捉モデル2013

    • Author(s)
      柴田 武彦, 篠原 赳, 草野 好司
    • Organizer
      第22回DNA複製・組換え・修復ワークショップ
    • Place of Presentation
      ホテルニュー水戸屋(仙台)
    • Year and Date
      20131120-20131120
  • [Presentation] 天然変性タンパク質(領域)をターゲットにした創薬2013

    • Author(s)
      佐藤 衛
    • Organizer
      静岡県立大学薬学部第238回月例薬学セミナー
    • Place of Presentation
      静岡県立大学小講堂
    • Year and Date
      20130930-20130930
    • Invited
  • [Presentation] Protein Dynamics Investigated by SAXS and MD Simulation2013

    • Author(s)
      Mamoru Sato
    • Organizer
      International Conference on Structural Genomics-Structural Life Science-(ICSG2013-SLS)
    • Place of Presentation
      Keio Plaza Hotel Sapporo in Sapporo
    • Year and Date
      20130729-20130801
    • Invited
  • [Presentation] Structural study on REV7, the adaptor protein coordinating REV1 and REV3 polymerase in ttanslesion DNA synthesis2013

    • Author(s)
      Sotaro Kikuchi, Kodai Hara, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Hiroshi Hashimoto
    • Organizer
      International Conference on Structural Genomics-Structural Life Science-(ICSG2013-SLS)
    • Place of Presentation
      Keio Plaza Hotel Sapporo in Sapporo
    • Year and Date
      20130729-20130801
  • [Presentation] REV7-REV3複合体構造から示唆されるREV7/Mad2L2と赤痢菌タンパク質IpaBとの相互作用2013

    • Author(s)
      菊池 壮太郎、原 幸大、清水 敏之、佐藤 衛、橋本 博
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館(鳥取)
    • Year and Date
      20130612-20130614
  • [Presentation] 天然変性領域をターゲットにした抗体医薬の創成を目指して2013

    • Author(s)
      佐藤 衛
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館
    • Year and Date
      20130612-14
  • [Presentation] 神経疾患における天然変性タンパク質の認識と創薬2013

    • Author(s)
      西村善文
    • Organizer
      第13回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館
    • Year and Date
      20130612-14
  • [Book] “Protein Conformational Dynamics” in “Advances in Experimental Medicine and Biology” Vol. 8052014

    • Author(s)
      Junichi Higo, Koji Umezawa
    • Total Pages
      21
    • Publisher
      Springer
  • [Remarks] 新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」ホームページ

    • URL

      http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/IDP/

URL: 

Published: 2015-05-28  

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