• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2013 Fiscal Year Annual Research Report

生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現の研究に関する総括

Administrative Group

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 25102001
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Research InstitutionOkazaki Research Facilities, National Institutes of Natural Sciences

Principal Investigator

加藤 晃一  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (20211849)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐藤 啓文  京都大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (70290905)
平岡 秀一  東京大学, 総合文化研究科, 教授 (10322538)
上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 物質創成科学研究科, 准教授 (20311128)
寺嶋 正秀  京都大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (00188674)
芳坂 貴弘  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 教授 (30263619)
佐藤 宗太  東北大学, 原子分子材料科学高等研究機構, 准教授 (40401129)
岡本 祐幸  名古屋大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (70185487)
稲垣 直之  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 准教授 (20223216)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywords生命分子 / 超分子 / 動的秩序 / 高次機能 / 集合離散
Research Abstract

本領域は、生命分子システムを構成する多数の素子がダイナミックな集合離散を通じて秩序構造を形成し、それが時間発展して高次機能を発現する仕組みを分子科学の観点から解き明かすことを目指す。これを実現するために、生命分子システムにおける「動的秩序の探査(A01班)」、「動的秩序の創生( A02班)」、「動的秩序の展開(A03班)」の3つの項目を研究の柱として設定し、物理・化学・生物の分野横断的な連携研究と新規方法論の開発を含めた実験と理論の融合研究を実施する。本領域の目的を達成するため、総括班メンバーは、全研究期間を通して領域の全体的な研究方針の統合的策定と各研究項目の企画調整等を行う。平成25年度では、主に以下の活動を通じて、異分野融合の推進と研究領域の発展に努めた。
広報活動:広く国内外の研究者に領域の認知と啓蒙を行うための領域ホームページを立ち上げ、その周知を図った。また、研究成果や各種会議の成果を掲載したニュースレターを毎月発行し、領域活動と研究進捗状況に関する情報発信を行うことができた。
公開シンポジウム・総括班会議の開催:第1回(2013年10月2日、岡崎)および第2回国際シンポジウム(2014年1月11-12日、京都)を開催した。シンポジウムには5名の外国人研究者を招聘し、関連分野の世界的な発展の状況を含めて議論することができた。これらのシンポジウムを通して、分野融合的な協力研究の打合せの場を提供し、新たな共同研究の萌芽を育てることができた。さらに、シンポジウム参加者を対象にしたアンケートを実施し、領域の活動に対する意見を集めた。また、総括班会議を開催し、相互情報交換を通して研究の進捗状況の確認や研究項目間の連携の推進、ならびに領域全体の活動方針の策定を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

Summer School 2013 “Bioorganizaton” (2013年8月22-24日、岡崎。岡崎統合バイオサイエンスセンターならびに総合研究大学院大学との共催)を開催し、若手研究者の育成に努めた。学際的な生命科学研究に対応できる研究者の育成を目指した本行事には29名の外国人学生・研究者を含む70名の参加者があり、アジア諸国との相互交流を成功裡に実施することができた。また、Sixth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Science: Experiments and Simulation(2013年11月25-27日、岡崎。分子科学研究所との共催)を通して、日本-韓国間の研究連携を深めるともに、実験分野とシミュレーション分野の融合を推進した。さらに、分野横断的な研究の発展に貢献するためにIGER International Symposium on Science of Molecular Assembly and Biomolecular Systems 2014 (名古屋)、機能超分子化学ミニシンポジウムなどの関連シンポジウムを共催したほか、Pure and Applied Chemistry International Conference (PACCON) 2014(タイ)などの国際会議において、領域の成果発信と啓蒙活動を行うことができた。

Strategy for Future Research Activity

本領域の目的を達成するために、総括班は、これまで異なるフィールドで活躍してきた科学者の学際的な議論と連携を可能とする“知の梁山泊”としての本領域の機能を重視し、各班が研究項目の垣根を越えて緊密に連携する環境を構築する。引き続き、以下の活動を通じて異分野の融合を推進し、研究領域の発展に努める。
1.総括班会議の開催:計画研究、公募研究を通した全体的な研究の発展と分野融合に気を配り、活動のバランスと発展に対して提言を行い、領域形成の達成に向けて必要な行動を行う。異分野融合や若手研究者を基軸とする班内・班間の共同研究を重視し、必要に応じた特別プロジェクト用の援助を、全総括班員の意見交換を通じて決定する。
2.全体会議、若手の会、学術集会におけるシンポジウムの開催:全体会議の実施に加え、若手研究者の視野を広げ、共同研究活動と成果発表の舞台を与えるための機会を積極的に設ける。その際には、特定の共通課題に焦点をあてて、理論と実験の立場からの見解をぶつけあい、化学、物理、生物学の専門分野の垣根を越えたディスカッションが進展することを重視する。また、議論を領域外にも拡張することを意図し、いくつかの学会において問題意識を共有するためのシンポジウム等の企画を促す。
3.公開ワークショップの開催:広く国内外の研究者に開かれたワークショップを開催し、研究領域の発展に努めるとともに異分野の融合を図る。
4.研究成果の発表:研究成果や各種会議の成果を領域ホームページやニュースレターに掲載し、情報提供と研究進捗状況の発信を行う。あるいは学術雑誌記事として広報していく。

  • Research Products

    (105 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (24 results) (of which Peer Reviewed: 24 results) Presentation (72 results) (of which Invited: 72 results) Book (5 results) Remarks (3 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for proteasome formation controlled by an assembly chaperone Nas22014

    • Author(s)
      T.Satoh, Y.Saeki, T.Hiromoto, Y.-H. Wang, Y.Uekusa, H.Yagi, H.Yoshihara, M.Yagi-Utsumi, T.Mizushima, K.Tanaka, and K.Kato
    • Journal Title

      Structure

      Volume: 22 Pages: 731-743

    • DOI

      10.1016/j.str.2014.02.014

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone 1H, 13C, and 15N assignments of yeast Ump1, an intrinsically disordered protein that functions as a proteasome assembly chaperone2014

    • Author(s)
      Y.Uekusa, K.Okawa, M.Yagi-Utsumi, O.Serve, Y. Nakagawa, T.Mizushima, H.Yagi, Y.Saeki, K.Tanaka, and K.Kato
    • Journal Title

      Biomol. NMR Assign.

      Volume: 8 Pages: 383-386

    • DOI

      10.1007/s12104-013-9523-1

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selective Alternate Derivatization of the Hexaphenylbenzene Framework through a Thermodynamically Controlled Halogen Dance2014

    • Author(s)
      T. Kojima and S. Hiraoka
    • Journal Title

      Org. Lett.

      Volume: 16 Pages: 1024-1027

    • DOI

      10.1021/ol500041j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Dynamics and Principal Components Analysis for a Self-assembled Nanocube in Aqueous Solution2014

    • Author(s)
      T. Mashiko, K. Yamada, T. Kojima, S. Hiraoka, U. Nagashima, and M. Tachikawa
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 43 Pages: 366-368

    • DOI

      10.1246/cl.130928

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Close Identity between Alternatively Folded State N2 of Ubiquitin and the Conformation of the Protein Bound to the Ubiquitin-Activating Enzyme2014

    • Author(s)
      Soichiro Kitazawa, Tomoshi Kameda, Ayumi Kumo, Maho Yagi-Utsumi, Nicola J. Baxter, Koichi Kato , Mike P. Williamson , and Ryo Kitahara
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 53 Pages: 447-449

    • DOI

      10.1021/bi401617n

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conformational characterization of a protein complex involving intrinsically disordered protein by small-angle neutron scattering using the inverse contrast matching method: a case study of interaction between α-synuclein and PbaB tetramer as a model chaperone2014

    • Author(s)
      Masaaki Sugiyama, Hirokazu Yagi, Takumi Yamaguchi, Kentaro Kumoi, M.Hirai, Y.Oba, N.Sato, L.Porcar, A.Martele, and Koichi Kat
    • Journal Title

      J. Appl. Cryst

      Volume: 47 Pages: 430-435

    • DOI

      10.1107/S1600576713033475

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for Disparate Sugar-Binding Specificities in the Homologous Cargo Receptors ERGIC-53 and VIP362014

    • Author(s)
      Tadashi Satoh, Kousuke Suzuki, Takumi Yamaguchi, and Koichi Kato
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 9 Pages: e87963

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0087963

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Total synthesis and characterization of thielocin B1 as a protein-protein interaction inhibitor of PAC3 homodimer2014

    • Author(s)
      Takayuki Doi, Masahito Yoshida, Kosuke Ohsawa, Kazuo Shin-ya, Motoki Takagi, Yoshinori Uekusa, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato, Takatsugu Hirokawa, and Tohru Natsume
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 5 Pages: 1860-1868

    • DOI

      10.1039/C3SC53237B

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coordination-Directed Self-Assembly of M12L24 Nanocage: Effects of Kinetic Trapping on the Assembly Process2014

    • Author(s)
      Makoto Yoneya, Seiji Tsuzuki, Tomohiko Yamaguchi, Sota Sato, Makoto Fujita
    • Journal Title

      ACS Nano

      Volume: 8 Pages: 1290-1296

    • DOI

      10.1021/nn404595j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A conformational search method for protein systems using genetic crossover and metropolis criterion2014

    • Author(s)
      Yoshitake Sakae, Tomoyuki Hiroyasu, Mitsunori Miki, Katsuya Ishii, Yuko Okamoto
    • Journal Title

      J. Phys.: Conf. Ser.

      Volume: 487 Pages: 012003

    • DOI

      10.1088/1742-6596/487/1/012003

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ero1-α and PDIs constitute a hierarchical electron transfer network of endoplasmic reticulum oxidoreductases2013

    • Author(s)
      Kazutaka Araki, Shun-ichiro Iemura, Yukiko Kamiya, David Ron, Koichi Kato, Tohru Natsume and Kazuhiro Nagata
    • Journal Title

      J. Cell. Biol

      Volume: 202 Pages: 861-874

    • DOI

      10.1083/jcb.201303027

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Unfolded Protein Response Transducer ATF6 Represents a Novel Transmembrane-type Endoplasmic Reticulum-associated Degradation Substrate Requiring Both Mannose Trimming and SEL1L Protein2013

    • Author(s)
      Satoshi Horimoto, Satoshi Ninagawa, Tetsuya Okada, Hibiki Koba, Takehiro Sugimoto, Yukiko Kamiya, Koichi Kato, Shunichi Takeda and Kazutoshi Mor
    • Journal Title

      J. Biol. Chem

      Volume: 288 Pages: 31517-31527

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.476010

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] AGO61-dependent GlcNAc modification primes the formation of functional glycans on α-dystroglyca2013

    • Author(s)
      Hirokazu Yagi, Naoki Nakagawa, Takuya Saito, Hiroshi Kiyonari, Takaya Abe, Tatsushi Toda, Sz-Wei Wu, Kay-Hhoo Khoo, Shogo Oka, and Koichi Kato
    • Journal Title

      Sci. Rep

      Volume: 3 Pages: 3288

    • DOI

      10.1038/srep03288

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New NMR tools for characterizing the dynamic conformations and interactions of oligosaccharides2013

    • Author(s)
      Ying Zhang, Takumi Yamaguchi, and Koichi Kato
    • Journal Title

      Chem. Lett

      Volume: 42 Pages: 1455-1462

    • DOI

      10.1246/cl.130789

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis of α-Catenin Recognition by EspB from Enterohaemorrhagic E. coli Based on Hybrid Strategy Using Low-Resolution Structural and Protein Dissection2013

    • Author(s)
      Mitsuhide Hamaguchi, Hironari Kamikubo, Kayo N. Suzuki, Yoshihisa Hagihara, Itaru Yanagihara, Ikuhiro Sakata, Mikio Kataoka, Daizo Hamada
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e71618

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0071618.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Excited-State Proton Transfer in Fluorescent Photoactive Yellow Protein Containing 7-Hydroxycoumarin2013

    • Author(s)
      Dian Novitasari, Hironari Kamikubo, Yoichi Yamazaki, Mariko Yamaguchi, Mikio Kataoka
    • Journal Title

      Advanced Materials Reserch

      Volume: 896 Pages: 85-88

    • DOI

      10.4028/www.scientific.net/AMR.896.85

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Excitation Wavelength Dependence of Excited State Intramolecular Proton Transfer Reaction of 4´-N,N-diethylamino-3-hydroxyflavone in Room Temperature Ionic Liquids Studied by Optical Kerr Gate Fluorescence2013

    • Author(s)
      Kayo Suda, Masahide Terazima, Hirofumi Sato, Yoshifumi Kimura
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B

      Volume: 117 Pages: 12567-12582

    • DOI

      10.1021/jp405537c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of the Amino-Terminal and Carboxyl-Terminal Helices of Arabidopsis Phototropin 1 LOV2 Studied by the Transient Grating2013

    • Author(s)
      Kimitoshi Takeda, Yusuke Nakasone, Kazunori Zikihara, Satoru Tokutomi, Masahide Terazima
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.B

      Volume: 117 Pages: 15606-15613

    • DOI

      10.1021/jp406109j

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Incorporation of glycosylated amino acid into protein by an in vitro translation system2013

    • Author(s)
      Teruhiko Matsubara, Kazutoshi Iijima, Takayoshi Watanabe, Takahiro Hohsaka, Toshinori Sato
    • Journal Title

      Bioorg. Med. Chem. Lett.

      Volume: 23 Pages: 5634-5636

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2013.08.035

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prediction of protein-ligand binding structures by replica-exchange umbrella sampling simulations: application to kinase systems2013

    • Author(s)
      Hironori Kokubo, Toshimasa Tanaka, Yuko Okamoto
    • Journal Title

      J. Chem. Theory Comput.

      Volume: 9 Pages: 4660-4671

    • DOI

      10.1021/ct4004383

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two-dimensional replica-exchange method for predicting protein-ligand binding structures2013

    • Author(s)
      Hironori Kokubo1, Toshimasa Tanaka, Yuko Okamoto
    • Journal Title

      J. Comput. Chem.

      Volume: 34 Pages: 2601-2614

    • DOI

      10.1002/jcc.23427

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bayesian Cell Force Estimation Considering Force Directions2013

    • Author(s)
      Satoshi Kozawa, Yuichi Sakumura, Michinori Toriyama, Naoyuki Inagaki, Kazushi Ikeda
    • Journal Title

      Neural Process. Lett.

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1007/s11063-013-9320-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] IgG-FcとFc受容体の複合体形成における糖鎖の役割2013

    • Author(s)
      矢木宏和,加藤晃一
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 31 Pages: 1602-1606

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 神経幹細胞の幹細胞性維持における複合糖質の役割2013

    • Author(s)
      矢木宏和,加藤晃一
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 85 Pages: 1012-1016

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Enhanced sampling algorithms for biomolecular simulations2014

    • Author(s)
      岡本祐幸
    • Organizer
      International Workshop on Computational Biomolecular
    • Place of Presentation
      おんたけ休暇村(長野県)
    • Year and Date
      20140331-20140401
    • Invited
  • [Presentation] Reweighting techniques for Monte Carlo and molecular dynamics simulations2014

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      The 13th KIAS Protein Folding Winter School
    • Place of Presentation
      High 1 Resort, Korea
    • Year and Date
      20140119-20140124
    • Invited
  • [Presentation] Exploration of micro-macro relationships in dynamic ordering of biomolecular systems and their underlying design principles2014

    • Author(s)
      Koichi Kato and Tadashi Satoh
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] MOLECULAR THEORIES FOR SELF-ORGANIZATION AND ORDER FORMATION2014

    • Author(s)
      Hirofumi Sato, Takeshi Yamamoto
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Experimental investigation of the formation mechanism of a self-assembled coordination capsule2014

    • Author(s)
      Shuichi Hiraoka
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Development of dynamical ordering of artificial molecules by mimicking biomolecular systems2014

    • Author(s)
      Sota Sato
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Exploring regulatory association and dissociation processes of biological molecules constituting a functional module2014

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Studies on molecular mechanism of dynamic ordering and disassembling of biomolecular systems, and development of time-resolved detection methods2014

    • Author(s)
      Masahide Terazima
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Incorporation of nonnatural amino acids into proteins and its application to regulation and analysis of proteins2014

    • Author(s)
      Takahiro Hohsaka
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Generalized-ensemble simulations of biological molecular assembly and artificial molecular assembly2014

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] Signal-force transduction in axon outgrowth and guidance2014

    • Author(s)
      Naoyuki Inagaki
    • Organizer
      The 2nd International Symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
    • Place of Presentation
      キャンパスプラザ京都(京都府)
    • Year and Date
      20140111-20140112
    • Invited
  • [Presentation] 拡張アンサンブル法による生体分子の高次構造と機能の解明2013

    • Author(s)
      岡本祐幸
    • Organizer
      物性研スパコン共同利用・CMSI合同研究会(第4回CMSI研究会)
    • Place of Presentation
      東京大学柏キャンパス(千葉県)
    • Year and Date
      20131211-20131213
    • Invited
  • [Presentation] An archaeal homolog of proteasome assembly chaperone forms a homotetramer and functions as proteasome activator2013

    • Author(s)
      Kentaro Kumoi, Tadashi Satoh, Kazuyoshi Murata, Takeshi Hiromoto, Tsunehiro Mizushima, Yukiko Kamiya, Masanori Noda, Susumu Uchiyama, Masaaki Sugiyama, Hirokazu Yagi, and Koichi Kato
    • Organizer
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      20131125-20131127
    • Invited
  • [Presentation] Molecular Theories of Solvation, Fluctuation and Diffusion in Aqueous Solution2013

    • Author(s)
      Hirofumi Sato, Yoshihiro Matsumura, Kento Kasahara
    • Organizer
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      20131125-20131127
    • Invited
  • [Presentation] Functional modification of a protein by using element implantation2013

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      20131125-20131127
    • Invited
  • [Presentation] Signal-force transduction in axon outgrowth and guidance2013

    • Author(s)
      Naoyuki Inagaki
    • Organizer
      Sixth Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      20131125-20131127
    • Invited
  • [Presentation] Spectrally Silent Dynamics of Photo-induced Protein-Protein Interaction2013

    • Author(s)
      Masahide Terazima
    • Organizer
      Korean-Japan Bilateral Symposium on Frontier Photoscience
    • Place of Presentation
      Seoul National University、韓国
    • Year and Date
      20131124-20131127
    • Invited
  • [Presentation] Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      The 3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS 2013)
    • Place of Presentation
      Kobe, Japan
    • Year and Date
      20131118-20131120
    • Invited
  • [Presentation] Computer modeling of complex systems by generalized-ensemble simulations2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      The 2013 Hong Kong Workshop in Computer Modeling of Complex Processes
    • Place of Presentation
      Hong Kong、China
    • Year and Date
      20131117-20131120
    • Invited
  • [Presentation] Enhanced-sampling simulations of spin and biological systems2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      West-Lake International Workshop on Statistical Physics and Complex Systems
    • Place of Presentation
      Hangzhou, China
    • Year and Date
      20131108-20131110
    • Invited
  • [Presentation] Generalized-ensemble algorithms for first-principles electronic structure calculations2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      16th Asian Workshop on First-Principles Electronic Structure Calculations (ASIAN-16)
    • Place of Presentation
      Beijing, China
    • Year and Date
      20131027-20131030
    • Invited
  • [Presentation] 時間分解拡散係数法で見るタンパク質反応ダイナミクス2013

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Organizer
      フォトトロピン 溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      北海道大学学術交流会館(北海道)
    • Year and Date
      20131009-20131012
    • Invited
  • [Presentation] Incorporation of nonnatural amino acids through expansion of the genetic code and its application to fluorescence analysis of proteins2013

    • Author(s)
      Takahiro Hohsaka
    • Organizer
      The 65th Fujihara Seminar; International Symposium on Synthetic Biology of Unnatural Base Pairs and Amino Acids
    • Place of Presentation
      グランドホテルニュー王子(北海道)
    • Year and Date
      20131001-20131004
    • Invited
  • [Presentation] Generalized-ensemble simulations of spin and biological systems2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      The 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences
    • Place of Presentation
      早稲田大学(東京都新宿区)
    • Year and Date
      20130910-20130912
    • Invited
  • [Presentation] X線溶液散乱法を用いたタンパク質構造の解析2013

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      分子・物質合成プラットフォーム技術研修会-先端施設の利用機会と高度な技術支援の提供
    • Place of Presentation
      ホテル京阪(京都府)
    • Year and Date
      20130822-20130823
    • Invited
  • [Presentation] Simulational physics in generalized ensemble2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      VII Brazilian Meeting on Simulational Physics
    • Place of Presentation
      Joao Pessoa, Brazil
    • Year and Date
      20130806-20130810
    • Invited
  • [Presentation] Generalized-ensemble algorithms for free energy calculations Free Energy Calculations2013

    • Author(s)
      Yuko Okamoto
    • Organizer
      Three Decades of Adventure in Chemistry and Biophysics
    • Place of Presentation
      Snowmass, Colorado, USA
    • Year and Date
      20130715-20130719
    • Invited
  • [Presentation] 立体構造からみた糖鎖の不均一性

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      第32回日本糖質学会年会
    • Place of Presentation
      大阪国際交流センター(大阪府)
    • Invited
  • [Presentation] 「揺らぎと生体機能」概観

    • Author(s)
      寺嶋正秀
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 構造揺らぎと集積化の分子理論

    • Author(s)
      佐藤啓文
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 光センサー蛋白質からみた階層間の連続性

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 非天然アミノ酸導入技術を応用した新規タンパク質合成・解析法の開発

    • Author(s)
      芳坂貴弘
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 多成分からなる巨大球状錯体の動的秩序化

    • Author(s)
      佐藤 宗太
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] ゆらぐシグナルを利用した神経細胞の対称性の破れ

    • Author(s)
      稲垣 直之
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 金属錯体型自己組織化体の形成メカニズム

    • Author(s)
      平岡 秀一
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2013年度第2回研究会プログラム
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 折り畳み機構を踏まえた蛋白質分子設計方の開発

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      NAIST未来開発コロキウム-明日をつくる分子・人材ネットワーク
    • Place of Presentation
      奈良先端科学技術大学院大学(奈良県)
    • Invited
  • [Presentation] NMRを用いた生命分子のダイナミクス解析

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      第2回 立命館大学BKC生体分子ネットワークセミナー
    • Place of Presentation
      立命館大学(滋賀県)
    • Invited
  • [Presentation] Dynamic organization of biomolecular systems for promotion of integrative functions

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      Summer School 2013 "Bioorganization"
    • Place of Presentation
      岡崎統合バイオサイエンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] Mechano-systems biological analysis of neuronal polarity formation and axon guidance

    • Author(s)
      Naoyuki Inagaki
    • Organizer
      Summer School 2013 "Bioorganization"
    • Place of Presentation
      岡崎統合バイオサイエンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] Atomic Anatomy of Antibody as Glycoprotei

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      World Biopharma Week China Focus 2013
    • Place of Presentation
      Shanghai、China
    • Invited
  • [Presentation] バイオ医薬品の構造をみる

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      第22回日本バイオイメージング学会学術集会
    • Place of Presentation
      東京大学薬学部講堂(東京都文京区)
    • Invited
  • [Presentation] 糖鎖が担う タンパク質社会の秩序維持

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      市民公開講座・第99回分子科学フォーラム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 生命分子の動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査と設計原理の探

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 分子集積と秩序形成の分子理論

    • Author(s)
      佐藤啓文、山本武志
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 動的秩序・崩壊のダイナミクスから観る高次機能発現の分子機構解明

    • Author(s)
      寺嶋 正秀
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 機能を生み出す単位生体分子集団

    • Author(s)
      上久保裕生
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 分子表面の精密デザインに基づく人工系における自己組織化制御

    • Author(s)
      平岡 秀一
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 生命分子システムの有機化学的拡張による動的秩序の創出

    • Author(s)
      芳坂貴弘
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子系を模倣した動的秩序をもつ人工分子の開発

    • Author(s)
      佐藤 宗太
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子集団および人工分子集団の相互作用と大規模構造転換

    • Author(s)
      岡本 祐幸
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 生体分子素子の自己組織化による細胞の動的秩序形成

    • Author(s)
      稲垣直之
    • Organizer
      生命システムにおける動的秩序形成と高次機能発現 第1回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 多次元HPLC法およびNMR法による糖鎖解析技術

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      抗体バイオ分析セミナー-抗体/バイオ医薬品における各種分析手法および解析手法
    • Place of Presentation
      ゆうぽうと(東京都品川区)
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質への非天然アミノ酸導入技術の開発とその応用

    • Author(s)
      芳坂貴弘
    • Organizer
      酵素工学研究会第70回講演会
    • Place of Presentation
      東京大学山上会館(東京都文京区)
    • Invited
  • [Presentation] NMR characterization of dynamic conformational ensembles of oligosaccharides and intermolecular interactions in glycolipid clusters

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      5th Asia-Pacific NMR Symposium in conjunction with ANZMAG 2013
    • Place of Presentation
      Brisbane, Australia
    • Invited
  • [Presentation] 軸索伸長のためのシグナル-力変換機構

    • Author(s)
      稲垣直之
    • Organizer
      第51回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      国立京都国際会館(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 糖鎖の機能解明を目指したNMRアプローチ

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      第52回NMR討論会
    • Place of Presentation
      石川県立音楽堂(石川県)
    • Invited
  • [Presentation] 糖鎖を見る:分子模型からムービーへ

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      平成25年度 生理学研究所研究会「構造の多様性に立脚した糖鎖機能の解明に向けて」
    • Place of Presentation
      生理学研究所(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] 生命分子アッセンブリーにおける分子間相互作用のダイナミクス精密解析

    • Author(s)
      加藤晃一,山口拓実
    • Organizer
      山田研究会・統合バイオサイエンスシンポジウム
    • Place of Presentation
      伊良湖ビューホテル(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] Molecular Level Theories for Chemical Phenomena in Solution Systems

    • Author(s)
      佐藤啓文
    • Organizer
      第5回凝縮系理論セミナー
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県)
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質社会の秩序維持における糖鎖の役割

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      お茶の水女子大学 糖鎖科学教育研究センター 第6回 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      お茶の水大学(東京都文京区)
    • Invited
  • [Presentation] Structural biology of glycoconjugates: Sugar chains as therapeutic targets

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      Yonsei-IMS Seminars on Biomolecular Sciences : Protein Structures and Diseases
    • Place of Presentation
      Busan 韓国
    • Invited
  • [Presentation] Dynamic Assembly of Proteins Involved in the Ubiquitin-/Proteasome-mediated Protein Degradation System

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      Joint IMS-KU Workshop on Molecular Sciences towards Green Sustainability
    • Place of Presentation
      Bangkok タイ
    • Invited
  • [Presentation] Mechanistic Insights into Dynamic Orchestration of Proteasomes

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      Pure and Applied Chemistry International Conference (PACCON) 2014
    • Place of Presentation
      Khon Kaen タイ
    • Invited
  • [Presentation] Conformational Dynamics of Oligosaccharides Characterized by Paramagnetism-assisted NMR Spectroscopy in Conjunction with Molecular Dynamics Simulation

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      The 10th International Symposium on Biochemical roles of Eukaryotic Cell Surface Macromolecules
    • Place of Presentation
      Kolkata インド
    • Invited
  • [Presentation] 遺伝暗号の拡張による非天然アミノ酸導入技術の開発とその応用

    • Author(s)
      芳坂貴弘
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所セミナー「蛋白質の機能デザインに向けた実験と理論のインタープレー」
    • Place of Presentation
      大阪大学蛋白質研究所(大阪府)
    • Invited
  • [Presentation] 拡張アンサンブル法による分子シミュレーション

    • Author(s)
      岡本祐幸
    • Organizer
      第3回産学連携シンポジウム「HPCの利用と成果と人材」
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Invited
  • [Presentation] NMR approaches for elucidating the functional roles of carbohydrate chains

    • Author(s)
      Koichi Kato
    • Organizer
      20th Symposium of National Magnetic Resonance Society (NMRS-2014)
    • Place of Presentation
      Assam インド
    • Invited
  • [Presentation] 生命分子の揺らぎと秩序形成

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      独)日本学術振興会 分子系の複合電子機能第181委員会
    • Place of Presentation
      国際高等研究所(京都府)
    • Invited
  • [Presentation] 超高磁場NMR分光法を中心としたタンパク質の高次構造・相互作用解析

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      第2回 ISITナノ・バイオフォーラム
    • Place of Presentation
      福岡市産業連携交流センター(福岡県)
    • Invited
  • [Presentation] NMRを応用した糖鎖の動的構造解析

    • Author(s)
      加藤晃一
    • Organizer
      よこはまNMR構造生物学研究会 第49回ワークショップ
    • Place of Presentation
      理化学研究所横浜研究所交流棟(神奈川県)
    • Invited
  • [Presentation] Synthesis and Biological Applications of Self-Assembled Huge Molecules

    • Author(s)
      Sota Sato
    • Organizer
      Asian International Symposium (Inorganic Chemistry) “Emerging Science in Inorganic Porous Materials”
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Invited
  • [Book] "Optimizations of protein force fields" in Computational Methods to Study the Structure and Dynamics of Biomolecules and Biomolecular Processes-; from Bioinformatics to Molecular Quantum Mechanics2014

    • Author(s)
      Y. Sakae and Y. Okamoto, (A. Liwo ed.)
    • Total Pages
      810 (195-247)
    • Publisher
      Springer-Verlag
  • [Book] 計算科学講座 第9巻「超多自由度系の最適化」 第2章 拡張アンサンブル法2013

    • Author(s)
      岡本祐幸(古橋 武、笹井理生 編)
    • Total Pages
      248 (119-241)
    • Publisher
      共立出版
  • [Book] "Ligand docking simulations by generalized-ensemble algorithms" in Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Vol. 922013

    • Author(s)
      H. Kokubo, T. Tanaka, and Y. Okamoto (T. Karabencheva-Christova ed.)
    • Total Pages
      357 (63-91)
    • Publisher
      Academic Press
  • [Book] "Salt effect on folding of villin headpiece subdomain HP36 studied by generalized-ensemble simulations" in Proceedings of the 5th Japan-Russia International Workshop MSSMBS'12 "Molecular Simulations Studies in Material and Biological Sciences"2013

    • Author(s)
      T. Yoda, Y. Sugita, and Y. Okamoto (K. Kholmurodov ed.)
    • Total Pages
      219 (35-47)
    • Publisher
      Nova Science
  • [Book] 揺らぎ・ダイナミクスと生体機能2013

    • Author(s)
      寺嶋正秀、加藤晃一、芳坂貴弘、佐藤啓文、岡本祐幸(寺嶋正秀編)
    • Total Pages
      368(3-27,69-79,91-102,116-121,159-169,194-203)
    • Publisher
      化学同人
  • [Remarks] 生命分子システムにおける動的秩序形成と高次機能発現

    • URL

      http://seimei.ims.ac.jp

  • [Remarks] 先天性筋ジストロフィーの原因遺伝子の機能を解明

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/news/2013/11/post.html

  • [Remarks] 細胞の中の「タンパク質分解装置」が出来上がる新たな仕組みを解明

    • URL

      http://www.ims.ac.jp/news/2014/03/140328.html

  • [Patent(Industrial Property Rights)] ヘキサフェニルベンゼン骨格の位置選択的交互修飾方法2014

    • Inventor(s)
      平岡秀一,小島達央
    • Industrial Property Rights Holder
      平岡秀一,小島達央
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2014-45233
    • Filing Date
      2014-03-07

URL: 

Published: 2015-05-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi