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2010 Fiscal Year Final Research Report

Gene expression Profiling in plant reproductive process

Planned Research

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Project AreaGenome Barriers in Plant Reproduction
Project/Area Number 18075012
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

Allocation TypeSingle-year Grants
Review Section Biological Sciences
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

KURATA Nori  National Institute of Genetics, 系統生物研究センター, 教授 (90178088)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) WATANABE Masao  東北大学, 大学院・生命科学研究科, 教授 (90240522)
TSUTSUMI Nobuhiro  東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (00202185)
ITO Yukihiro  東北大学, 大学院・農学研究科, 准教授 (70280576)
TORIYAMA Kinya  東北大学, 大学院・農学研究科, 教授 (20183882)
MATSUOKA Makoto  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 教授 (00270992)
HATTORI Tsukaho  名古屋大学, 生物機能開発利用研究センター, 教授 (10164865)
KINOSHITA Tetsu  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 准教授 (60342630)
Project Period (FY) 2006 – 2010
Keywords植物生殖 / 発現解析 / マイクロアレイ
Research Abstract

We revealed the gene expression profiles throughout whole reproductive stages/tissues of rice, and found many genes which were expressed in the tissues as a developmental stage-dependent manner. The genes which showed tissue-/stage-specific expression were supposed to have specialized function in plant reproduction steps, such as development of gametophytes (pollen grains and egg cells), pollination, fertilization, and early developmental stages of embryos. We also established methods of the genome-wide gene expression analysis for small amount of tissues. Based on the established methods, the gene expression profiles in developing microspores and egg cells were revealed.

  • Research Products

    (30 results)

All 2011 2010 2009 2008 2007 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (19 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Fatty acid elongase is required for shoot development in rice.2011

    • Author(s)
      Ito Y, Kurata N(8番目), 他6名
    • Journal Title

      Plant J. 66

      Pages: 680-688

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] OryzaExpress : an integrated database of gene expression networks and omics annotations in rice.2011

    • Author(s)
      Hamada K, Watanabe M(17番目), Matsuoka M(18番目), Kurata N(19番目), 他16名
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol. 52

      Pages: 220-229

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rice interspecies hybrids show precocious or delayed developmental transitions in the endosperm without change to the rate of syncytial nuclear division.2011

    • Author(s)
      Ishikawa R, Kurata N(5番目), Kinoshita T(6番目), 他3名
    • Journal Title

      Plant J. 65

      Pages: 798-806

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinct gene expression profiles in egg and synergid cells of rice as revealed by cell type-specific microarrays.2011

    • Author(s)
      Ohnishi T, Kurata N(9番目), Tsutsumi N(10番目), 他7名
    • Journal Title

      Plant Physiol. 155

      Pages: 881-891

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rice expression atlas in reproductive development.2010

    • Author(s)
      Fujita M, Tsutsumi N(17番目), Kurata N(18番目), 他15名
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol. 51

      Pages: 2060-2081

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cytoplasmic-nuclear genomic barriers in rice pollen development revealed by comparison of global gene expression profiles among five independent cytoplasmic male sterile lines.2010

    • Author(s)
      Fujii S, Kurata N(7番目), Toriyama K(8番目), 他5名
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol. 51

      Pages: 610-620

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Various spatiotemporal expression profiles of anther-expressed genes in rice.2008

    • Author(s)
      Hobo T, Tsutsumi N(18番目), Kurata N(20番目), Watanabe M(21番目), Matsuoka M(22番目), 他17名
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol. 49

      Pages: 1417-1428

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Separated transcriptomes of male gametophyte and tapetum in rice : validity of a laser microdissection (LM) microarray.2008

    • Author(s)
      Suwabe K, Tsutsumi N(15番目), Kurata N(16番目), Watanabe M(18番目), 他14名
    • Journal Title

      Plant Cell Physiol. 49

      Pages: 1407-1416

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Analysis of molecular mechanism of self-incompatibility in the Brassicaceae2010

    • Author(s)
      Xintian Lao
    • Organizer
      第51回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      20100318-20100319
  • [Presentation] アブラナ科植物の受粉時におけるアクアポリンの役割2010

    • Author(s)
      小川宣仁
    • Organizer
      第51回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      20100318-20100319
  • [Presentation] イネの遺伝子発現ネットワーク構築2010

    • Author(s)
      濱田和輝
    • Organizer
      第51回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      20100318-20100319
  • [Presentation] Gene expression network analysis from large-scale microarray data in rice.2010

    • Author(s)
      Hamada k
    • Organizer
      BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド
    • Year and Date
      2010-12-10
  • [Presentation] OryzaExpress:イネの遺伝子発現ネットワーク解析とデータベース構築2010

    • Author(s)
      濱田和輝
    • Organizer
      日本育種学会第118回講演会
    • Place of Presentation
      秋田県立大学
    • Year and Date
      2010-09-24
  • [Presentation] イネ雌性配偶体構成細胞における遺伝子発現プロファイリング2010

    • Author(s)
      高橋秀樹
    • Organizer
      イネ遺伝学・分子生物学ワークショップ2010
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      2010-07-03
  • [Presentation] イネ雌性配偶体構成細胞における遺伝子発現プロファイリング2010

    • Author(s)
      高橋秀樹
    • Organizer
      第51回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      熊本大学
    • Year and Date
      2010-03-20
  • [Presentation] Cytoplasmic-nuclear genomic barriers in pollen development revealed by comparison of global gene expression profiles among five independent cytoplasmic male sterile lines of rice.2010

    • Author(s)
      Fujii S
    • Organizer
      International Symposium of Cell-Cell Communication in Plant Reproduction : from pollination to fertilization
    • Place of Presentation
      奈良県新公会堂
    • Year and Date
      2010-03-11
  • [Presentation] イネ全生殖過程における遺伝子発現解析を用いた多様な因子の捕捉2009

    • Author(s)
      藤田雅丈
    • Organizer
      日本育種学会第115回講演会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20090327-20090328
  • [Presentation] Hwc1, Hwc2 によって生じるイネ雑種弱勢における細胞死2009

    • Author(s)
      沖山友哉
    • Organizer
      日本育種学会第115回講演会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場
    • Year and Date
      20090327-20090328
  • [Presentation] イネの雄性配偶子とタペータム細胞でのトランスクリプトーム解析2009

    • Author(s)
      保浦徳昇
    • Organizer
      第50回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      20090321-20090324
  • [Presentation] イネ全生殖過程における遺伝子発現解析を用いた多様な因子の捕捉2009

    • Author(s)
      藤田雅丈
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2009-12-09
  • [Presentation] イネの大規模な遺伝子発現データに基づく発現制御ネットワーク構築2009

    • Author(s)
      濱田和輝
    • Organizer
      第32回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2009-12-09
  • [Presentation] イネのPIN 遺伝子の同定と発現解析2008

    • Author(s)
      伊藤幸博
    • Organizer
      日本育種学会第114回講演会
    • Place of Presentation
      滋賀県立大学
    • Year and Date
      20081011-20081012
  • [Presentation] Affymetrix マイクロアレイプローブ再定義とイネ生殖過程の遺伝子発現解析2008

    • Author(s)
      藤田雅丈
    • Organizer
      日本育種学会第113回講演会
    • Place of Presentation
      明治大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] イネ卵細胞の遺伝子発現プロファイリング2008

    • Author(s)
      大西孝幸
    • Organizer
      日本育種学会第113回講演会
    • Place of Presentation
      明治大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] OryzaExpress : イネのゲノム・アノテーションとオミックス統合データベース2008

    • Author(s)
      矢野健太郎
    • Organizer
      日本育種学会第113回講演会
    • Place of Presentation
      明治大学
    • Year and Date
      2008-03-28
  • [Presentation] BT型細胞質雄性不稔イネの花粉発達に関与する核遺伝子の発現解析2007

    • Author(s)
      板橋悦子
    • Organizer
      日本育種学会第112回講演会
    • Place of Presentation
      山形大学
    • Year and Date
      2007-09-23
  • [Presentation] イネの生殖過程を通じた遺伝子発現プロファイリング2007

    • Author(s)
      藤田雅丈
    • Organizer
      日本遺伝学会第79回大会
    • Place of Presentation
      岡山大学
    • Year and Date
      2007-09-20
  • [Book] Self-incompatibility in Flowering Plants. Evolution, Diversity, and Mechanisms2008

    • Author(s)
      Watanabe M, Suzuki G, Takayama S
    • Total Pages
      151-172
    • Publisher
      Springer-verlag Berlin Heiderberg
  • [Remarks] イネ生殖ステージの遺伝子発現プロファイルデータベース:OryzaExpress

    • URL

      http://gbarrier.lab.nig.ac.jp/oryza_express/

  • [Remarks] 震災の影響により利用できなくなったため、下記へ移動

    • URL

      http://bioinf.mind.meiji.ac.jp/OryzaExpress/

URL: 

Published: 2012-02-13   Modified: 2016-04-21  

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