Structural analysis of the intracellular proteolytic system

2008 Fiscal Year Self-evaluation Report

• Project Area: Proteolysis in the Regulation of Biological Processes
• Project/Area Number: 18076003
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Biological Sciences
• Research Institution: Kyoto University
• Principal Investigator: TOHCIO Hidehito Kyoto University, 大学院・工学研究科, 准教授 (70336593)
• Project Period (FY): 2006 – 2010
• Keywords: ユビキチン / オートファジー / 構造生物学 / 溶液NMR / X線結晶構造解析

Research Abstract

ユビキチン-プロテアソーム系やオートファジー系におけるタンパク質の分解は、単なるタンパク質の破壊ではなく、複雑に制御された、生命活動の根幹に関わる過程である。本研究では、
(1)ユビキチン受容体、
(2)ユビキチンリガーゼ、
(3)Atgタンパク質群を採り上げ、X線、NMRによる立体構造の決定、生化学的な分子機能の解析を行ない、タンパク質分解の分子機構の解明を行なう。

Research Products

• [Journal Article] High-resolution multi-dimensional NMR spectroscopy of proteins in human cells. (2009)
  • Author(s): Inomata K, Ohno A, Tochio H, Isogai S, Tenno T, Nakase I, Takeuchi T, Futaki S, Ito Y, Hiroaki H, Shirakawa M.
  • Journal Title: Nature 458 Pages: 106-109
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Recognition of hemi-methylated DNA by the SRA protein UHRF1 by a base-flipping mechanism (2008)
  • Author(s): Arita K, Ariyoshi M, Tochio H, Nakamura Y, Shirakawa M.
  • Journal Title: Nature 455 Pages: 818-821
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystal structure of a chaperone complex that contributes to the assembly of yeast 20S proteasomes. (2008)
  • Author(s): Yashiroda H, Mizushima T, Okamoto K, Kameyama T, Hayashi H, Kishimoto T, Niwa S, Kasahara M, Kurimoto E, Sakata E, Takagi K, Suzuki A, Hirano Y, Murata S, Kato K, Yamane T, Tanaka K.
  • Journal Title: Nature Struct. Mol. Biol. 15 Pages: 228-236
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Direct interactions between NEDD8 and ubiquitin E2 conjugating enzymes upregulate cullin-based E3 ligase activity. (2007)
  • Author(s): E.Sakata, Y.Yamaguchi, Y.Miyauchi, K.Iwai, T.Chiba, Y.Saeki, N.Matsuda, K.Tanaka and K.Kato
  • Journal Title: Nature Struct. Mol. Biol. 14 Pages: 167-168
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The structure of Atg4B-LC3 complex reveals the mechanism of LC3 processing and delipidation during autophagy.
  • Author(s): Satoo K, Noda NN, Kumeta H, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F
  • Journal Title: The EMBO Journal in press
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Crystal structure of p62 ubiquitin associated (UBA) domain. (2008)
  • Author(s): Isogai S., Tenno T., Morimoto D., Abe S., Tochio H., Arita K., Ariyoshi M., Tanaka K., Shirakawa M.
  • Organizer: IUCr 2008
  • Place of Presentation: 大阪
  • Year and Date: 20080826-27
• [Presentation] オートファジーに必須な出芽酵母Atg16の多量体ドメインのX 線構造解析 (2008)
  • Author(s): 藤岡優子、野田展生、松下美奈子、大隅良典、稲垣冬彦
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会 第81回日本生化学会合同年会
  • Place of Presentation: 神戸
  • Year and Date: 2008-12-12
• [Presentation] 20SプロテアソームのアッセンブリーシャペロンPAC3の結晶構造 (2007)
  • Author(s): 岡本健太, 栗本英治, 坂田絵理, 鈴木淳巨, 山根隆, 平野祐子, 村田茂穂, 田中啓二, 加藤晃一
  • Organizer: 第7回日本蛋白質科学会年会
  • Year and Date: 2007-05-26
• [Remarks] 京大グループの論文(5)の成果が以下の新聞にて報道された。京都新聞(3月5日26面)、科学新聞(3月13日1面)、日刊工業新聞(3月5日24面)および読売新聞(3月5日3面)および朝日新聞(4月3日13面)