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2021 Fiscal Year Annual Research Report

細胞壁の特殊化から読み解く植物の力学的最適化戦略

Planned Research

Project AreaElucidation of the strategies of mechanical optimization in plants toward the establishment of the bases for sustainable structure system
Project/Area Number 18H05489
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

出村 拓  奈良先端科学技術大学院大学, デジタルグリーンイノベーションセンター, 教授 (40272009)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 西谷 和彦  神奈川大学, 理学部, 教授 (60164555)
大谷 美沙都  東京大学, 大学院新領域創成科学研究科, 准教授 (60435633)
Project Period (FY) 2018-06-29 – 2023-03-31
Keywords原子間力顕微鏡 / 細胞壁パターン / 重力屈性 / マイクロフォーカスX線CT / 数理モデル
Outline of Annual Research Achievements

(1)構造力学的アプローチによる細胞壁マイクロドメイン化メカニズムの解明○木部道管細胞の分化誘導系を利用して、分化中の細胞への機械刺激(圧縮、過重力)が二次細胞壁のパターン形成に関与することを明らかにした。この結果は隣接する細胞間での力学的な相互作用のバランスによって成り立っていることを示唆している。また、FMによる植物細胞形状と機械的強度の計測システムの改良を行った。
(2)重力屈性・あて材形成に見る力学的最適化戦略の解明○ユーカリ・ニテンス(Eucalyptus nitens)を材料として、側枝形状や力学的なパラメータ(側枝の長さや角度、曲率)の定量的解析を行った。まず、側枝の角度として定義した「基部角度」と「先端角度」の差をもとに、(1)角度の差が小さく直線に近い側枝、(2)角度の差が小さいが側枝内で大きく変形がある側枝、(3)角度の差が大きい側枝の3つに、側枝形状を分類した。また、力学的な定量パラメータとして、側枝に加わる重力方向の荷重を測定し、荷重と節間の長さの測定結果を元に、各節間の基部にかかる曲げモーメントを算出した。さらに、側枝の内部構造を、マイクロフォーカスX線CTを用いて観察し、曲げモーメントとの比較を行った。その結果、曲げモーメントの値が約100μNm以上の節間で二次木部の発達、約1000μNm以上の節間であて材の形成が確認できた。
(3)植物器官新生における細胞壁の可塑的制御による力学的最適化の解明○概日リズムや光周性にしたがった周期的な葉柄運動について、マイクロフォーカスX線CTを用いた非破壊的な3D形状の可視化技術を確立した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

(1)構造力学的アプローチによる細胞壁マイクロドメイン化メカニズムの解明○分化中の木部道管細胞への機械刺激(圧縮、過重力)が二次細胞壁のパターン形成に関与することに成功した。また、FMによる植物細胞形状と機械的強度の計測システムを改良できた。
(2)重力屈性・あて材形成に見る力学的最適化戦略の解明○ユーカリを材料として、側枝形状や力学的なパラメータ(側枝の長さや角度、曲率)の定量的解析を行い、曲げモーメント、二次木部発達、あて材形成の関連を確認できた。
(3)植物器官新生における細胞壁の可塑的制御による力学的最適化の解明○マイクロフォーカスX線CTを用いた非破壊的な3D形状の可視化技術の確立に成功した。

Strategy for Future Research Activity

引き続き、細胞壁の特殊化を構造力学的に読み解くことで、サステナブル構造システムモデルに投影可能な植物の力学的最適化戦略を抽出する
(1)構造力学的アプローチによる細胞壁マイクロドメイン化メカニズムの解明○道管細胞分化の人為的誘導系を用いて、二次細胞壁沈着過程における細胞の機械的強度や物理的特性変化の詳細解析を継続する。○隣り合った道管が二次細胞壁沈着の位置を同調させる構造力学的プロセスを記述するために、外部からの機械的刺激を与えたときのシミュレーションについて検討する。
(2)重力屈性・あて材形成に見る力学的最適化戦略の解明○引き続き、重力屈性とあて材形成の過程の構造力学的理解のために、ユーカリ側枝などを材料に非接触型3次元画像・組織構造・力学特性データを時系列で取得し、4D構造システムのシミュレーション解析に着手する。さらに組織・細胞レベルの高解像度トランスクリプトーム解析システム(Visium)の利用の検討を継続する。
(3)植物器官新生における細胞壁の可塑的制御による力学的最適化の解明○引き続き、組織培養系のカルスからのシュート再生における、細胞張力測定系の構築に着手する。

  • Research Products

    (29 results)

All 2021 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 8 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] ブリティッシュコロンビア大学(カナダ)

    • Country Name
      CANADA
    • Counterpart Institution
      ブリティッシュコロンビア大学
  • [Int'l Joint Research] Universite de Picardie Jules Verne(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      Universite de Picardie Jules Verne
  • [Int'l Joint Research] ペンシルバニア州立大学/ジョージア大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ペンシルバニア州立大学/ジョージア大学
  • [Int'l Joint Research] 浙江農林大学/中国林業科学院(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      浙江農林大学/中国林業科学院
  • [Int'l Joint Research] MPI(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      MPI
  • [Journal Article] Long-term single-cell imaging and simulations of microtubules reveal principles behind wall patterning during proto-xylem development2021

    • Author(s)
      Schneider Rene、Klooster Kris van’t、Picard Kelsey L.、van der Gucht Jasper、Demura Taku、Janson Marcel、Sampathkumar Arun、Deinum Eva E.、Ketelaar Tijs、Persson Staffan
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 669

    • DOI

      10.1038/s41467-021-20894-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Reduction in organ-organ friction is critical for corolla elongation in morning glory2021

    • Author(s)
      Shimoki Ayaka、Tsugawa Satoru、Ohashi Keiichiro、Toda Masahito、Maeno Akiteru、Sakamoto Tomoaki、Kimura Seisuke、Nobusawa Takashi、Nagao Mika、Nitasaka Eiji、Demura Taku、Okada Kiyotaka、Takeda Seiji
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 285

    • DOI

      10.1038/s42003-021-01814-x

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Subtilase activity in intrusive cells mediates haustorium maturation in parasitic plants2021

    • Author(s)
      Ogawa Satoshi、Wakatake Takanori、Spallek Thomas、Ishida Juliane K、Sano Ryosuke、Kurata Tetsuya、Demura Taku、Yoshida Satoko、Ichihashi Yasunori、Schaller Andreas、Shirasu Ken
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: 185 Pages: 1381~1394

    • DOI

      10.1093/plphys/kiaa001

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Expression of peat moss VASCULAR RELATED NAC-DOMAIN homologs in Nicotiana benthamiana leaf cells induces ectopic secondary wall formation2021

    • Author(s)
      Terada Shiori、Kubo Minoru、Akiyoshi Nobuhiro、Sano Ryosuke、Nomura Toshihisa、Sawa Shinichiro、Ohtani Misato、Demura Taku
    • Journal Title

      Plant Molecular Biology

      Volume: 106 Pages: 309~317

    • DOI

      10.1007/s11103-021-01148-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Feature selection for RNA cleavage efficiency at specific sites using the LASSO regression model in Arabidopsis thaliana2021

    • Author(s)
      Ueno Daishin、Kawabe Harunori、Yamasaki Shotaro、Demura Taku、Kato Ko
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics

      Volume: 22 Pages: 380

    • DOI

      10.1186/s12859-021-04291-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Galactinol synthase confers salt-stress tolerance by regulating the synthesis of galactinol and raffinose family oligosaccharides in poplar2021

    • Author(s)
      Liu Ling、Wu Xiaolong、Sun Weibo、Yu Xiang、Demura Taku、Li Dawei、Zhuge Qiang
    • Journal Title

      Industrial Crops and Products

      Volume: 165 Pages: 113432~113432

    • DOI

      10.1016/j.indcrop.2021.113432

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Calcium signaling contributes to xylem vessel cell differentiation via post-transcriptional regulation of VND7 downstream events2021

    • Author(s)
      Kamon Eri、Noda Chihiro、Higaki Takumi、Demura Taku、Ohtani Misato
    • Journal Title

      Plant Biotechnology

      Volume: 38 Pages: 331~337

    • DOI

      10.5511/plantbiotechnology.21.0519a

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Mechanics and Biology of Plant Cell Walls: Resilience and Sustainability for Our Future Society2021

    • Author(s)
      Ohtani Misato、Kotake Toshihisa、Mortimer Jenny C、Demura Taku
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 62 Pages: 1787~1790

    • DOI

      10.1093/pcp/pcab168

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] An Arabidopsis NAC domain transcriptional activator VND7 negatively regulates VNI2 expression2021

    • Author(s)
      Ailizati Aili、Nagahage Isura Sumeda Priyadarshana、Miyagi Atsuko、Ishikawa Toshiki、Kawai-Yamada Maki、Demura Taku、Yamaguchi Masatoshi
    • Journal Title

      Plant Biotechnology

      Volume: 38 Pages: 415~420

    • DOI

      10.5511/plantbiotechnology.21.1013a

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functional Analysis of Poplar Sombrero-Type NAC Transcription Factors Yields a Strategy to Modify Woody Cell Wall Properties2021

    • Author(s)
      Akiyoshi Nobuhiro、Ihara Ayumi、Matsumoto Tomoko、Takebayashi Arika、Hiroyama Ryoko、Kikuchi Jun、Demura Taku、Ohtani Misato
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 62 Pages: 1963~1974

    • DOI

      10.1093/pcp/pcab102

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Functional divergence of VNS transcriptional regulators for development of water-conducting and woody cells in land plants, from bryophytes to angiosperms2021

    • Author(s)
      Taku Demura
    • Organizer
      2nd International Symposium on Tree Genomics, Physiology and Molecular Breeding: Tree genetics, genomics and breeding
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Functional and Transcriptional analyses of an Ubiquitin E3 Ligase FLY2 in Arabidopsis Seed Coat and Xylem Vessel Cells2021

    • Author(s)
      Tadashi Kunieda, Mitsuki Jifuku, George W. Haughn, Ikuko Hara-Nishimura, Taku Demura
    • Organizer
      The 7th International Conference on Plant Cell Wall Biology
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechano-morphological study of lateral branches: Toward a four-dimensional model of tree development2021

    • Author(s)
      Miyuki Nakata, Taku Demura
    • Organizer
      Plant Cell Wall Biology 2021 Satellite Symposium “Plant Structure Optimization"
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物シロイヌナズナの道管形成における細胞の力学的強度変化2021

    • Author(s)
      國枝正, 川村純平, 細川陽一郎, 出村拓
    • Organizer
      2021年度日本建築学会大会
  • [Presentation] ユーカリ・グロブルス側枝形状の時系列解析2021

    • Author(s)
      中田未友希, 出村拓
    • Organizer
      2021年度日本建築学会大会
  • [Presentation] シャジクモが有する巨大細胞のAFM弾性率測定による植物細胞の構造に由来する力学特性評価,2021

    • Author(s)
      入口 大修, 岡野 和宣, 津川 暁, 出村 拓, 三村 徹郎, 細川 陽一郎
    • Organizer
      第82回応用物理学会 秋季学術講演会
  • [Presentation] マイクロX線CTを用いた葉柄運動の時空間的変化の解析2021

    • Author(s)
      熊谷凌, 國枝正, 春田牧人, 佐野亮輔, 出村拓
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナ木部道管様細胞の二次細胞壁形成は荷重刺激によって抑制される2021

    • Author(s)
      三谷恭平, 國枝正, 出村拓
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナの葉柄運動を駆動する葉柄の形状変化2021

    • Author(s)
      熊谷凌, 國枝正, 春田牧人, 佐野亮輔, 出村拓
    • Organizer
      第10回近畿植物学会講演会
  • [Presentation] 機械刺激はシロイヌナズナ木部道管細胞の二次細胞壁形成を抑制する2021

    • Author(s)
      三谷恭平, 國枝正, 出村拓
    • Organizer
      第10回近畿植物学会講演会
  • [Presentation] VND6およびVND7転写因子による木部道管細胞の二次細胞壁形成制御機構の解明2021

    • Author(s)
      平彩乃, 國枝正, 出村拓
    • Organizer
      第10回近畿植物学会講演会
  • [Presentation] AFM によるシロイヌナズナ木部道管細胞の力学的強度変化解析2021

    • Author(s)
      別所歩武, 國枝正, 川村純平, 岸田佳祐, 細川陽一郎, 出村拓
    • Organizer
      第10回近畿植物学会講演会
  • [Presentation] ゼニゴケにおけるユビキチンE3リガーゼMpFLYの機能解析2021

    • Author(s)
      松葉千夏, 國枝正, 出村拓
    • Organizer
      第10回近畿植物学会講演会
  • [Presentation] 頂端切除後に生じるユーカリ側枝の屈曲過程の解析2021

    • Author(s)
      勝田亮紀, 中田未友希, 出村拓
    • Organizer
      第10回近畿植物学会講演会

URL: 

Published: 2023-12-25  

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