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2011 Fiscal Year Annual Research Report

分子クラスターから細胞に至る分子認識系の光ダイナミクスと素過程解明

Planned Research

Project AreaMolecular Science for Supra Functional Systems ? Development of Advanced Methods for Exploring Elementary Process
Project/Area Number 19056002
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

藤井 正明  東京工業大学, ソリューション研究機構, 教授 (60181319)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 酒井 誠  東京工業大学, 資源化学研究所, 准教授 (60298172)
石内 俊一  東京工業大学, 資源化学研究所, 助教 (40338257)
橋本 健朗  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (40202254)
Keywordsレーザー蒸発法 / 液体噴霧法 / 超音速ジェット / 生体関連分子 / 質量分析 / 発光分析 / レーザー分光
Research Abstract

平成23年度は、生体関連分子のスペクトル測定を進め、アドレナリン受容体タンパク質の基質結合部位のモデルペプチド分子や多くの生体関連難揮発性物質に対し超音速ジェットレーザー分光を実施した。共鳴多光子イオン化スペクトル、ホールバーニング分光、赤外分光法を適用し、理論計算による構造計算の支援を得ることで、これまで極めてフレキシブルと思われていたペプチド分子の構造が実際には水素結合によりほとんど一意に決定され、構造揺らぎがほとんど観測されないことを明らかとした。さらに、レーザーアブレーションのマトリクスの改良により測定データの質が劇的に向上した結果、基本アミノ酸であるチロシンについてもこれまでの研究では測定データの質の問題から見落とされていた異性体を新たに発見し、これまで発見されていたものも含めそのコンフォメーション分布を統一的に解釈することに成功した。
さらに、光励起過程における単一の水分子の溶媒再配向過程を実時間で追跡することに気相水和クラスターのピコ秒時間分解赤外分光法により初めて成功した。これまでの研究では、複数の配位環境の水分子からの信号が重なってしまい、それらを明確に区別することができていなかった。高次分子システムにおける反応制御は周辺の溶媒環境の制御まで含めて行われていると考えられるため、この結果はその過程を分子レベルで理解するために不可欠な情報であるといえる。
また、振動和周波発生赤外顕微分光法の改良も進め、赤外分光で主に対象となる5~10μmの波長領域へその適応領域を拡大した。これを生体試料である毛髪内部の観察に適用し、アミド振動の分布から赤外光の回折限界以下の大きさしかない毛髪内部の蛋白質構造分布を捉えることに初めて成功した。

  • Research Products

    (45 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results) Presentation (27 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Ionisation-induced site switching dynamics in solvated aromatic clusters : phenol-(rare gas)_n clusters as prototypical example2012

    • Author(s)
      Masaaki Fujii, Otto Dopfer
    • Journal Title

      International Reviews in Physical Chemistry

      Volume: 31 Pages: 131-173

    • DOI

      10.1080/0144235X.2012.656013

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gas phase IR spectra of tri-peptide Z-Pro-Leu-Gly : Effect of C-terminal amide capping on secondary structure2012

    • Author(s)
      Shamik Chakraborty, Kohei Yamada, Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 531 Pages: 41-45

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2012.01.086

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Face-to-Face Arranged Dimeric Tetrathiafulvalenes in 1,8-Bis(tetrathiafulvalenyl)naphthalenes as a Model of Mixed Valence and π-Dimer States2012

    • Author(s)
      Masashi Hasegawa, Kota Daigoku, Kenro Hashimoto, Haruyuki Nishikawa, Masahiko Iyoda
    • Journal Title

      Bull.Chem.Soc.Jpn.

      Volume: 85 Pages: 51-60

    • DOI

      10.1246/bcsj.20110224

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Desorption Dynamics of Tetracene Ion from Tetracene-doped Anthracene Crystals Studied by Femtosecond Time-Resolved Mass Spectrometry2012

    • Author(s)
      Yuuki Minegishi, Daisuke Morimoto, Jun Matsumoto, Haruo Shiromaru, Kenro Hashimoto, Tatsuya Fujino
    • Journal Title

      J.Phys.Chem.C

      Volume: 116 Pages: 3059-3064

    • DOI

      10.1021/jp210884p

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 液体ナトリウム表面における水分子の反応性2012

    • Author(s)
      菊地晋, 栗原成計, 大島宏之, 橋本健朗
    • Journal Title

      日本原子力学会和文論文誌

      Volume: (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Study of Sodium-Water Surface Reaction Mechanism2012

    • Author(s)
      Shin Kikuchi, Akikazu Kurihara, Hiroyuki Ohshima, Kenro Hashimoto
    • Journal Title

      Journal of Power and Energy System

      Volume: (in press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mass analyzed threshold ionization spectra of phenol…Ar_2 : ionization energy and cation intermolecular vibrational frequencies2011

    • Author(s)
      Antonio Armentano, Xin Tong, Mikko Riese, Simon M.Pimblott, Klaus Muller-Dethlefs, Masaaki Fujii, Otto Dopfer
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 13 Pages: 6071-6076

    • DOI

      10.1039/C004497K

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conformational reduction of DOPA in the gas phase studied by laser desorption supersonic jet laser spectroscopy2011

    • Author(s)
      Shun-ichi Ishiuchi, Haruhiko Mitsuda, Toshiro Asakawa, Mitsuhiko Miyazaki, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 13 Pages: 7812-7820

    • DOI

      10.1039/C0CP02695F

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hole-Burning Spectra of m-Fluorophenol/Ammonia (1:3) Clusters and Their Excited State Hydrogen Transfer Dynamics2011

    • Author(s)
      Norihiro Tsuji, Shun-ichi Ishiuchi, Christophe Jouvet, Claude Dedonder-Lardeux, Mitsuhiko Miyazaki, Makoto Sakai, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      ChemPhysChem

      Volume: 12 Pages: 1928-19341

    • DOI

      10.1002/cphc.201100102

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures and IR/UV spectra of neutral and ionic phenol-Ar_n cluster isomers (n≦4) : competition between hydrogen bonding and stacking2011

    • Author(s)
      Matthias Schmies, Alexander Patzer, Masaaki Fujii, Otto Dopfer
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 13 Pages: 13926-13941

    • DOI

      10.1039/C1CP20676A

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isomer selective IR-UV depletion spectroscopy of 4-fluorotoluene-NH_3 : evidence for π-proton-acceptor and linear hydrogen-bonded complexes2011

    • Author(s)
      Martin C.R.Cockett, Mitsuhiko Miyazaki, Kohei Tanabe, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 13 Pages: 15633-15638

    • DOI

      10.1039/C1CP21545K

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isomerization reaction in high-n Rydberg states of phenol-Ar/Kr clusters measured by autoionization detected infrared spectroscopy2011

    • Author(s)
      Mitsuhiko Miyazaki, Shinya Tanaka, Shun-ichi Ishiuchi, Otto Dopfer, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 513 Pages: 208-211

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2011.08.001

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gas-Phase Spectroscopy of Synephrine by Laser Desorption Supersonic Jet Technique2011

    • Author(s)
      Shun-ichi Ishiuchi, Toshiro Asakawa, Haruhiko Mitsuda, Mitsuhiko Miyazaki, Shamik Chakraborty, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 115 Pages: 10363-10369

    • DOI

      10.1021/jp205267c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gas-phase Infrared Spectroscopy of Monopeptides from 10 to 3μm2011

    • Author(s)
      Mitsuhiko Miyazaki, Koji Makara, Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 40 Pages: 1157-1158

    • DOI

      10.1246/cl.2011.1157

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microhydration of the methylene blue cation in an electrospray ion source2011

    • Author(s)
      T.Sato, T.Majima, Kenro Hashimoto, Kohei Hashimoto, Y.Zama, J.Matsumoto, H.Shiromaru, K.Okuno, H.Tamura, T.Azuma
    • Journal Title

      Euro.Phys.J.D

      Volume: 63 Pages: 189-194

    • DOI

      10.1140/epjd/e2010-10526-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The H_2O-O_2 water vapour complex in the Earth's atmosphere2011

    • Author(s)
      Y.Kasai, E.Dupy, R.Saito, K.Hashimoto, A.Sabu, S.Kondo, Y.Sumiyoshi, Y.Endo
    • Journal Title

      Atmos.Chem.Phys.

      Volume: 11 Pages: 8607-8612

    • DOI

      10.5194/acp-11-8607-2011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reaction Path Analysis of Sodium-Water Reaction Phenomena in support of Chemical Reaction Model Development2011

    • Author(s)
      Shin Kikuchi, Hiroyuki Ohshima, Kenro Hashimoto
    • Journal Title

      Proceedings of 19th International Conference on Nuclear Engineering

      Volume: ICONE19 Pages: 43782

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 4-アミノベンゾニトリル水1:1クラスターの光イオン化誘起水分子マイグレーション2012

    • Author(s)
      中村崇志、宮崎充彦、築山光一、藤井正明
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学、日吉キャンパス、神奈川県横浜市港北区
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] レーザー脱離・超音速ジェット法によるチロシンの気相分光-最安定コンフォマーの特異性-2012

    • Author(s)
      下薗遥子、山田浩平、石内俊一、藤井正明
    • Organizer
      日本化学会第92春季年会
    • Place of Presentation
      慶應義塾大学、日吉キャンパス、神奈川県横浜市港北区
    • Year and Date
      2012-03-26
  • [Presentation] Water migration dynamics in ionic clusters2012

    • Author(s)
      Masaaki Fujii
    • Organizer
      Gordon Research Conferences : Molecular and Ionic Clusters 2012
    • Place of Presentation
      Four Points Sheraton/Holiday Inn Express, Ventura, CA, USA(Invied)
    • Year and Date
      2012-02-02
  • [Presentation] Spectroscopic study of endocrine disruptors to determine the molecular conformation2012

    • Author(s)
      Kentaro Misawa, Masaaki Fujii
    • Organizer
      Gordon Research Conferences : Molecular and Ionic Clusters 2012
    • Place of Presentation
      Four Points Sheraton/Holiday Inn Express, Ventura, CA, USA
    • Year and Date
      2012-02-01
  • [Presentation] Hydration reorientation dynamics in 4-aminobenzonitrile-water cluster cation2012

    • Author(s)
      Mitsuhiko Miyazaki, Takashi Nakamura, Shun-ichi Ishiuchi, Otto Dopfer, Masaaki Fujii
    • Organizer
      Gordon Research Conferences : Molecular and Ionic Clusters 2012
    • Place of Presentation
      Four Points Sheraton/Holiday Inn Express, Ventura, CA, USA
    • Year and Date
      2012-02-01
  • [Presentation] Laser desorption supersonic jet spectroscopy of partial peptide of adrenaline receptor and its complex with catecholamines2012

    • Author(s)
      Shun-ichi Ishiuchi, Kohei Yamada, Masaaki Fujii
    • Organizer
      Gordon Research Conferences : Molecular and Ionic Clusters 2012
    • Place of Presentation
      Four Points Sheraton/Holiday Inn Express, Ventura, CA, USA
    • Year and Date
      2012-02-01
  • [Presentation] Development of a super-resolving IR micro-spectroscope and its application to biological cells2012

    • Author(s)
      Makoto Sakai
    • Organizer
      Isolated Biomolecules and Biomolecular Interactions 2012
    • Place of Presentation
      conference center, Les Diablerets, Switzerland(Invited)
    • Year and Date
      2012-01-24
  • [Presentation] Structural Fiexibility of Catecholamines Studied by Laser Desorption Supersonic Jet Laser Spectroscopy2012

    • Author(s)
      Shun-ichi Ishiuchi, Masaaki Fujii
    • Organizer
      Isolated Biomolecules and Biomolecular Interactions 2012
    • Place of Presentation
      conference center, Les Diablerets, Switzerland
    • Year and Date
      2012-01-24
  • [Presentation] Chirality control of single-wall carbon nanotubes by binary alloy catalyst system2011

    • Author(s)
      Yohji Achiba, Akihito Inoue, Takuya Kodama, Kakashi Kodama, Kenro Hashimoto, Toshiya Okazaki
    • Organizer
      2011-CNT20 (Workshop on Carbon Nanotube in Commemoration of The 20th Anniversary of its Discovery)
    • Place of Presentation
      The International House of Japan, Minato-ku, Tokyo
    • Year and Date
      20111212-20111213
  • [Presentation] Formation mechanism of (5, 5) and (6, 5) chiral carbon nanotubes2011

    • Author(s)
      Kenro Hashimoto, Takashi Omachi, Takeshi Kodama, Yohji Achiba
    • Organizer
      International Symposium on Nano Science and Functional Materials
    • Place of Presentation
      Tokyo metropolitan university, Hachioji, Tokyo
    • Year and Date
      2011-12-10
  • [Presentation] Formation mechanism of (5, 5)- and (6, 5)- chiral carbon nanotubes2011

    • Author(s)
      Kenro Hashimoto, Takashi Omachi, Takeshi Kodama, Yohji Achiba
    • Organizer
      Gordon Research Conferences : Molecular and Ionic Clusters 2012
    • Place of Presentation
      Four Points Sheraton/Holiday Inn Express, Ventura, CA, USA
    • Year and Date
      2011-12-10
  • [Presentation] Gas-phase spectroscopy of neurotransmitters and partial peptides of their receptors by laser desorption supersonic jet technique2011

    • Author(s)
      Shun-ichi Ishiuchi
    • Organizer
      平成23年度日本分光学会年次講演会
    • Place of Presentation
      理化学研究所横浜研究所、神奈川県横浜市鶴見区(招待講演)
    • Year and Date
      2011-12-01
  • [Presentation] 神経伝達物質のレーザー蒸発気相分光-コンフォーメーションと分子認識2011

    • Author(s)
      藤井正明
    • Organizer
      分子アンサンブル2011シンンポジウム
    • Place of Presentation
      理化学研究所RIBF棟2階会議室、埼玉県和光市(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-12
  • [Presentation] 生体分子の気相分光法の開発と分子認識機構へのアプローチ2011

    • Author(s)
      藤井正明
    • Organizer
      共同利用研究分子研研究会「実験と理論による高次分子システムの機能発現の分子論的理解」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター・小会議室、愛知県岡崎市(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-02
  • [Presentation] 中赤外波長領域での超解像赤外分光イメージング-生体試料観察の試み-2011

    • Author(s)
      菊地克也、北次加奈、田島朋樹、藤井正明、酒井誠
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-23
  • [Presentation] 赤外超解像顕微鏡法による酢酸菌の赤外分光イメージング-バイオセルロース生合成メカニズムの解明を目指して-2011

    • Author(s)
      北次加奈、菅野靖史、菊地克也、田島朋樹、藤井正明、酒井誠
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-23
  • [Presentation] PhOH-Ar(1:1)クラスターのピコ秒時間分解赤外分光スペクトル-光イオン化誘起異性化反応の実時間観測とメカニズム-2011

    • Author(s)
      坂田由梨、中村崇志、宮崎充彦、石内俊一、酒井誠、築山光一、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] ピコ秒時間分解赤外分光によるPhenol-(NH_3)_4クラスターの励起状態水素移動反応ダイナミクスの実時間観測2011

    • Author(s)
      小原隆平、宮崎充彦、石内俊一、酒井誠、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] レーザー脱離・超音速ジェット法によるアドレナリンの電子・赤外スペクトル-コンフォマーの再帰属2011

    • Author(s)
      増冨千種、浅川稔朗、曽根浩計、山田浩平、Chakraborty Shamik、石内俊一、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] レーザー脱離・超音速ジェット分光法によるチロシンの気相分光-コンフォマーの再帰属2011

    • Author(s)
      下薗遥子、山田浩平、Chakraborty Shamik、石内俊一、築山光一、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-22
  • [Presentation] Spectroscopic characterization of the conformational landscape of a tri-peptide, Z-Pro-Leu-Gly, in gas phase2011

    • Author(s)
      Chakraborty Shamik、Yamada Kohei、Ishiuchi Shun-ichi、Fujii Masaaki
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] レーザー脱離・超音速ジェット法によるアドレナリン受容体タンパクの結合サイト部分ペプチドの電子・赤外スペクトル2011

    • Author(s)
      山田浩平、石内俊一、Chakraborty Shamik、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] レーザー脱離・超音速ジェット法によるノルアドレナリンの電子・赤外スペクトルーコンフォマーの再帰属2011

    • Author(s)
      曽根浩計、石川純、増冨千種、山田浩平、Chakraborty Shamik、石内俊一、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] ピコ秒時間分解赤外分光によるアセトアニリド-水クラスターのイオン化誘起異性化反応の実時間観測2011

    • Author(s)
      田辺亘平、宮崎充彦、Schmies Matthias、Patzer Alexander、Dopfer Otto、鈴木正、藤井正明
    • Organizer
      第5回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      札幌コンベンションセンター、北海道札幌市白石区
    • Year and Date
      2011-09-21
  • [Presentation] Infrared super-resolution spectromicroscopy of Gluconacetobacter xylinum(赤外超解像顕微鏡法によるセルロース生産菌の赤外分光イメージング)2011

    • Author(s)
      北次加奈、菅野靖史、菊地克也、田島朋樹、藤井正明、酒井誠
    • Organizer
      2011日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス、兵庫県姫路市
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Development of an IR Super-resolution Microscope Visualizing the 6μm Mid-IR region and its Application to Biological Samples(中赤外領域が観察可能な赤外超解像顕微鏡の開発と生体試料への応用)2011

    • Author(s)
      菊地克也、北次加奈、田島朋樹、藤井正明、酒井誠
    • Organizer
      2011日本生物物理学会第49回年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学姫路書写キャンパス、兵庫県姫路市
    • Year and Date
      2011-09-17
  • [Presentation] Development of super-resolving IR micro-spectroscope and its application to cells2011

    • Author(s)
      Makoto Sakai
    • Organizer
      14th Asian Chemical Congress 2011 (14 ACC)
    • Place of Presentation
      Bangkok, Thailand
    • Year and Date
      2011-09-07
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.res.titech.ac.jp/~kiso/koujikei.html

URL: 

Published: 2013-06-26  

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