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2022 Fiscal Year Annual Research Report

オートファジーシステムの構造学的解明

Planned Research

Project AreaMultimode autophagy: Diverse pathways and selectivity
Project/Area Number 19H05707
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

野田 展生  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (40396297)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 福田 善之  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任講師 (60571099)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywordsオートファジー / 構造生物学
Outline of Annual Research Achievements

小胞体選択的オートファジーにおいて受容体として機能するTEX264が複数個所リン酸化されること、これらのリン酸化により哺乳類ATG8であるGABARAPおよびLC3との親和性が劇的に上昇することを見出した。さらにリン酸化TEX264とGABARAPとの複合体の結晶構造を決定し、TEX264のSer271に導入されたリン酸基がGABARAPと計3本の水素結合を形成することで親和性の向上に中心的役割を担うこと、この残基のリン酸化が小胞体選択的オートファジーに必須であることを明らかにした。
オートファジー特異的阻害剤の開発は基礎研究と医学応用の両方の観点から重要である。ATG5-ATG16L1複合体の構造情報に基づき、ATG16L1のATG5結合領域をミミックしたステープル化ペプチドを設計し、ATG5阻害剤としての開発を進めた。ステープル化ペプチドとATG5の複合体の結晶構造を決定するとともに、ITCで親和性を決定し、ペプチド配列の最適化を進めることで、数nMのKd値のペプチドの開発に成功した。培養細胞を用いた解析で膜透過能およびオートファジー阻害活性があることを確認した。
哺乳類は6種類のATG8ホモログが存在するが、その機能分担はそれらを見分けるツールの欠如によりこれまであまり調べられてこなかった。そこで各ホモログとその結合配列の結晶構造解析を行うことで、ホモログ選択性を決める結合配列の法則を明らかにし、それをATG8解析ツールの作成に応用した。
オートファゴソーム形成機構を理解するためには、実際にオートファジーが進行している細胞における膜形態を詳細に明らかにすることが重要である。Cryo-FIB-SEMを用いた急速凍結生物試料ラメラ作製法を活用し、酵母における形成途中のオートファゴソームと小胞体の接触部位のクライオ電子顕微鏡像を取得することに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

酵母における主要オートファジー因子の構造解析はほぼ完了しており、構造情報に基づいた機能解析も順調に進んでいる。選択的オートファジーに関与する受容体や新規制御因子の構造解析も順調に進んでおり、オートファジーシステムの構造基盤の確立が着々と進んでいる。構造情報に基づいたオートファジー特異的阻害剤やオートファジー解析ツールの作成も進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

哺乳類オートファジー始動複合体の構造基盤の解明を進める。様々な選択的オートファジー受容体、特にマイトファジー受容体の構造研究を進める。新規オートファジー制御因子群の構造解析を進める。昨年に引き続き細胞内における隔離膜の構造解析を進める。

  • Research Products

    (17 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 9 results)

  • [Int'l Joint Research] Hannam University/Kyungpook National University(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      Hannam University/Kyungpook National University
  • [Journal Article] The UFM1 system regulates ER-phagy through the ufmylation of CYB5R32022

    • Author(s)
      Ishimura R、El-Gowily Afnan H.、Noshiro D、Komatsu-Hirota S、Ono Y、Shindo M、Hatta T、Abe M、Uemura T、Lee-Okada HC、Mohamed TM.、Yokomizo T、Ueno T、Sakimura K、Natsume T、Sorimachi H、Inada T、Waguri S、Noda NN.、Komatsu M
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 7857

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35501-0

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of new tools to study membrane-anchored mammalian Atg8 proteins2022

    • Author(s)
      Park Sang-Won、Jeon Pureum、Yamasaki Akinori、Lee Hye Eun、Choi Haneul、Mun Ji Young、Jun Yong-Woo、Park Ju-Hui、Lee Seung-Hwan、Lee Soo-Kyeong、Lee You-Kyung、Song Hyun Kyu、Lazarou Michael、Cho Dong-Hyong、Komatsu Masaaki、Noda Nobuo N.、Jang Deok-Jin、Lee Jin-A
    • Journal Title

      Autophagy

      Volume: - Pages: 1~20

    • DOI

      10.1080/15548627.2022.2132040

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Targeting the ATG5-ATG16L1 Protein-Protein Interaction with a Hydrocarbon-Stapled Peptide Derived from ATG16L1 for Autophagy Inhibition2022

    • Author(s)
      Cui Jin、Ogasawara Yuta、Kurata Ikuko、Matoba Kazuaki、Fujioka Yuko、Noda Nobuo N.、Shibasaki Masakatsu、Watanabe Takumi
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Pages: 17671~17679

    • DOI

      10.1021/jacs.2c07648

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phosphorylation by casein kinase 2 enhances the interaction between ER‐phagy receptor TEX264 and ATG8 proteins2022

    • Author(s)
      Chino Haruka、Yamasaki Akinori、Ode Koji L、Ueda Hiroki R、Noda Nobuo N、Mizushima Noboru
    • Journal Title

      EMBO reports

      Volume: 23 Pages: e54801

    • DOI

      10.15252/embr.202254801

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cytoskeleton grows p62 condensates for autophagy2022

    • Author(s)
      Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      Cell Research

      Volume: 32 Pages: 607~608

    • DOI

      10.1038/s41422-022-00671-5

  • [Journal Article] Lipid Transport from Endoplasmic Reticulum to Autophagic Membranes2022

    • Author(s)
      Osawa Takuo、Matoba Kazuaki、Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      Cold Spring Harbor Perspectives in Biology

      Volume: 14 Pages: a041254~a041254

    • DOI

      10.1101/cshperspect.a041254

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] タンパク質の液-液相分離―オートファジーを例に2022

    • Author(s)
      野田展生
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 40 Pages: 237-243

  • [Presentation] オートファゴソーム新生の分子機構2023

    • Author(s)
      野田展生
    • Organizer
      令和4 年度「感染・免疫・がん・炎症」全国共同研究拠点シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] Molecular mechanisms underlying autophagosome biogenesis.2022

    • Author(s)
      Nobuo N. Noda
    • Organizer
      The 17th International Symposium of the Institute Network for B iomedical Sciences
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Mechanisms of autophagy initiation by liquid-liquid phase separation2022

    • Author(s)
      Nobuo N. Noda
    • Organizer
      3rd Frankfurt Conference on Quality Control in Life Processes
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Membrane dynamics regulated by autophagy-related proteins2022

    • Author(s)
      Nobuo N. Noda
    • Organizer
      FASEB The Protein Folding in the Cell Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulation of autophagic membrane dynamics by Atg8 lipidation system2022

    • Author(s)
      Tatsuro Maruyama, Alam Md. Jahangir, Nobuo N. Noda
    • Organizer
      Ubiquitin & Friends Symposium 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] オートファゴソーム膜の伸展・成形機構2022

    • Author(s)
      野田展生
    • Organizer
      タンパク質研究シンポジウム~タンパク質研究はいま新たなステージに入ろうとしている!~
    • Invited
  • [Presentation] 液-液相分離によるオートファジー制御機構の解明2022

    • Author(s)
      野田展生
    • Organizer
      第1回生理学研究所-遺伝子病制御研究所連携シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 蛍光イメージングを駆使したオートファジー膜動態と液-液相分離研究2022

    • Author(s)
      野田展生
    • Organizer
      第74回 日本細胞生物学会大会
    • Invited
  • [Presentation] 液-液相分離によるオートファジー制御2022

    • Author(s)
      野田展生
    • Organizer
      第59回 日本生化学会北海道支部例会
    • Invited

URL: 

Published: 2023-12-25  

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