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2023 Fiscal Year Annual Research Report

オートファジーシステムの構造学的解明

Planned Research

Project AreaMultimode autophagy: Diverse pathways and selectivity
Project/Area Number 19H05707
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

野田 展生  北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 教授 (40396297)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 福田 善之  東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 特任講師 (60571099)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywordsオートファジー
Outline of Annual Research Achievements

非選択的オートファジーにおいて、オートファゴソームの成形機構はよくわかっていなかった。全て全長のE1, E2, E3酵素を使ってAtg8を偏長巨大リポソーム(GUV)に結合させる実験を行うことで、オートファゴソームの成形過程を再構成することに成功した。そしてNMRおよび高速AFMによる解析により、脂質化Atg8とE1, E2, E3酵素および脂質膜は弱い多価相互作用を互いに形成すること、その結果脂質膜上で動的な網目状構造を形成することが明らかとなった。
マイトファジーではオートファゴソーム内に収まるサイズにミトコンドリアが分断化されるが、そのメカニズムは不明であった。出芽酵母および分裂酵母においてマイトファジーに必須な新規因子Atg44を同定し、Atg44がミトコンドリアの断片化に関わること、Atg44単独でin vitroにおいて脂質膜チューブを切断する活性を持つを明らかにした。さらにAtg44の結晶構造を決定してその両親媒性構造を明らかにするとともに、高速AFMを用いた解析によりAtg44は曲率の高い膜に結合し、膜の不安定化を引き起こすことを明らかにした。
哺乳類細胞における代表的なオートファジー分解基質であるp62ボディにULK1およびVault粒子が濃縮することを見出した。濃縮したULK1はp62をリン酸化し、KEAP1をp62ボディ内に蓄積させること、その結果転写因子NRF2が活性化し、レドックス非依存性ストレス応答を引き起こすことが明らかとなった。一方Vault粒子はNBR1依存的にp62ボディに取り込まれること、その結果Vault粒子は選択的オートファジーにより分解されることを明らかにした。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (18 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 10 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Michigan(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Michigan
  • [Journal Article] The UFM1 system: Working principles, cellular functions, and pathophysiology2024

    • Author(s)
      Komatsu Masaaki、Inada Toshifumi、Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 84 Pages: 156~169

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2023.11.034

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Complete set of the Atg8?E1?E2?E3 conjugation machinery forms an interaction web that mediates membrane shaping2023

    • Author(s)
      Alam Jahangir Md.、Maruyama Tatsuro、Noshiro Daisuke、Kakuta Chika、Kotani Tetsuya、Nakatogawa Hitoshi、Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      Nature Structural & Molecular Biology

      Volume: 31 Pages: 170~178

    • DOI

      10.1038/s41594-023-01132-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Immobilization of lipid nanorods onto two-dimensional crystals of protein tamavidin 2 for high-speed atomic force microscopy2023

    • Author(s)
      Noshiro Daisuke、Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 4 Pages: 102633~102633

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2023.102633

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Protocol for real-time imaging of membrane fission by mitofissin2023

    • Author(s)
      Maruyama Tatsuro、Noda. Nobuo N.
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 4 Pages: 102590~102590

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2023.102590

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Mechanistic insights into the roles of the UFM1 E3 ligase complex in ufmylation and ribosome-associated protein quality control2023

    • Author(s)
      Ishimura Ryosuke、Ito Sota、Mao Gaoxin、Komatsu-Hirota Satoko、Inada Toshifumi、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Pages: eadh3635

    • DOI

      10.1126/sciadv.adh3635

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The Atg1 complex, Atg9, and Vac8 recruit PI3K complex I to the pre-autophagosomal structure2023

    • Author(s)
      Hitomi Kanae、Kotani Tetsuya、Noda Nobuo N.、Kimura Yayoi、Nakatogawa Hitoshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 222 Pages: e202210017

    • DOI

      10.1083/jcb.202210017

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Phosphorylation of phase‐separated p62 bodies by <scp>ULK1</scp> activates a redox‐independent stress response2023

    • Author(s)
      Ikeda Ryo、Noshiro Daisuke、Morishita Hideaki、Takada Shuhei、Kageyama Shun、Fujioka Yuko、Funakoshi Tomoko、Komatsu‐Hirota Satoko、Arai Ritsuko、Ryzhii Elena、Abe Manabu、Koga Tomoaki、Motohashi Hozumi、Nakao Mitsuyoshi、Sakimura Kenji、Horii Arata、Waguri Satoshi、Ichimura Yoshinobu、Noda Nobuo N、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 42 Pages: e113349

    • DOI

      10.15252/embj.2022113349

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The mitochondrial intermembrane space protein mitofissin drives mitochondrial fission required for mitophagy2023

    • Author(s)
      Fukuda T、Furukawa K、Maruyama T、Yamashita SI、Noshiro D、Song C、Ogasawara Y、Okuyama KentaAlam Jahangir Md、Hayatsu Manabu、Saigusa Tetsu、Inoue Keiichi、Ikeda Kazuho、Takai Akira、Chen Lin、Lahiri Vikramjit、Okada Yasushi、Shibata Shinsuke、Murata Kazuyoshi、Klionsky Daniel J.、Noda Nobuo N.、Kanki Tomotake
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 83 Pages: 2045~2058.e9

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2023.04.022

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Integrated proteomics identifies p62-dependent selective autophagy of the supramolecular vault complex2023

    • Author(s)
      Kurusu Reo、Fujimoto Yuki、Morishita Hideaki、Noshiro Daisuke、Takada Shuhei、Yamano Koji、Tanaka Hideaki、Arai Ritsuko、Kageyama Shun、Funakoshi Tomoko、Komatsu-Hirota Satoko、Taka Hikari、Kazuno Saiko、Miura Yoshiki、Koike Masato、Wakai Toshifumi、Waguri Satoshi、Noda Nobuo N.、Komatsu Masaaki
    • Journal Title

      Developmental Cell

      Volume: 58 Pages: 1189~1205.e11

    • DOI

      10.1016/j.devcel.2023.04.015

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanisms of mitochondrial reorganization2023

    • Author(s)
      Maruyama Tatsuro、Hama Yutaro、Noda Nobuo N
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 175 Pages: 167~178

    • DOI

      10.1093/jb/mvad098

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural view on autophagosome formation2023

    • Author(s)
      Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 598 Pages: 84~106

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14742

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Autophagy and cancer: Basic mechanisms and inhibitor development2023

    • Author(s)
      Hama Yutaro、Ogasawara Yuta、Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      Cancer Science

      Volume: 114 Pages: 2699~2708

    • DOI

      10.1111/cas.15803

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural biology of the Atg8 and Atg12 conjugation systems2023

    • Author(s)
      Noda Nobuo N.
    • Journal Title

      Autophagy Reports

      Volume: 2 Pages: 2277582

    • DOI

      10.1080/27694127.2023.2277582

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] In vitro reconstitution of autophagosome formation.2024

    • Author(s)
      Nobuo N. Noda
    • Organizer
      Gordon Research Conference: Autophagy in Stress, Development and Disease, Molecular Mechanisms and Physiology, March 13rd, 2024, Renaissance Tuscany Il Ciocco, Lucca, Italy
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Molecular mechanisms of autophagy.2024

    • Author(s)
      Nobuo N. Noda
    • Organizer
      BCSIR Congress-2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Autophagosomal membrane shaping by autophagy-related proteins.2023

    • Author(s)
      Nobuo N. Noda
    • Organizer
      5th EMBO COB Workshop on Membrane Shaping and Remodeling by Proteins, November 11, 2023, Crowne Plaza Kunming Ancient Dian Town, China
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 相分離によるオートファジー制御2023

    • Author(s)
      野田展生
    • Organizer
      千里ライフサイエンスセミナーV1「相分離がもたらす医療・創薬の新展開」
    • Invited

URL: 

Published: 2024-12-25  

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