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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Understanding of cell signaling with information physics

Planned Research

Project AreaInformation physics of living matters
Project/Area Number 19H05798
Research InstitutionNational Institutes of Natural Sciences

Principal Investigator

青木 一洋  大学共同利用機関法人自然科学研究機構(機構直轄研究施設), 生命創成探究センター, 教授 (80511427)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松岡 里実  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 助教 (00569733)
Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
KeywordsEGF / EGFR / ERK / 情報量 / 1分子イメージング / FRET
Outline of Annual Research Achievements

本研究のテーマは真核生物の細胞内情報伝達系の情報処理特性である。真核生物の細胞内情報伝達系について、情報伝達分子や反応のネットワークの全体像が明らかになりつつある。一方で、既存の研究のフレームワークでは理解できない細胞内情報伝達系の問題も数多く残されており、情報・通信の分野で研究されてきた情報理論を用いたアプローチによる解決が期待されてきた。本研究では、分子から細胞にわたる情報処理特性を情報という視点から解析することで、既存の生物学にはない情報量という物理量を定量化する。このような独自のアプローチにより、情報伝達系の設計原理を明らかにする。
本年度は、(1)CDK活性の可視化と細胞周期進行の分子機構解明と、(2)多様なリガンドの細胞内情報伝達系による符号化原理、の2つのテーマに関しては解析を進めた。(1)に関しては、CDK活性を高感度に検出できるFRETバイオセンサーを開発し、分裂酵母と培養細胞でCDKの活性の可視化に成功した。また分裂酵母の解析から、CDK活性がある閾値を超えることでG2/M期移行が起きることを定量的に示すことができた。本研究はDevelopmental Cell誌に受理された。(2)に関しては、GPCRの下流シグナルであるcAMP, Ca, ERK, RhoAの時系列を効率よく定量化する実験系を樹立した。現在、70種類ものGPCRをリガンド刺激したときの下流シグナルを定量化し、解析を行っている。さらに、ドーパミン状態とセロトニン受容体のシグナル伝達に注目した解析結果をまとめて論文投稿を行った。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (16 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 2 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 8 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Live-cell imaging defines a threshold in CDK activity at the G2/M transition2024

    • Author(s)
      Sugiyama Hironori、Goto Yuhei、Kondo Yohei、Coudreuse Damien、Aoki Kazuhiro
    • Journal Title

      Developmental Cell

      Volume: 59 Pages: 545~557.e4

    • DOI

      10.1016/j.devcel.2023.12.014

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] In vivo expression vector derived from anhydrobiotic tardigrade genome enables live imaging in Eutardigrada2023

    • Author(s)
      Tanaka Sae、Aoki Kazuhiro、Arakawa Kazuharu
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2216739120

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Decoding cellular deformation from pseudo-simultaneously observed Rho GTPase activities2023

    • Author(s)
      Kunida Katsuyuki、Takagi Nobuhiro、Aoki Kazuhiro、Ikeda Kazushi、Nakamura Takeshi、Sakumura Yuichi
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 42 Pages: 112071~112071

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.112071

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Optical Control of Cell Signaling with Red/Far-Red Light-Responsive Optogenetic Tools in Caenorhabditis elegans2023

    • Author(s)
      Oda Shigekazu、Sato-Ebine Emi、Nakamura Akinobu、Kimura Koutarou D.、Aoki Kazuhiro
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 12 Pages: 700~708

    • DOI

      10.1021/acssynbio.2c00461

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Optimal inference of molecular interaction dynamics in FRET microscopy2023

    • Author(s)
      Kamino Keita、Kadakia Nirag、Avgidis Fotios、Liu Zhe-Xuan、Aoki Kazuhiro、Shimizu Thomas、Emonet Thierry
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2211807120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chemogenetic Manipulation of Endogenous Proteins in Fission Yeast Using a Self-Localizing Ligand-Induced Protein Translocation System2023

    • Author(s)
      Nakamura Akinobu、Goto Yuhei、Sugiyama Hironori、Tsukiji Shinya、Aoki Kazuhiro
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology

      Volume: 18 Pages: 2506~2515

    • DOI

      10.1021/acschembio.3c00478

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A transcriptional program underlying the circannual rhythms of gonadal development in medaka2023

    • Author(s)
      Nakayama Tomoya、Tanikawa Miki、Okushi Yuki、Itoh Thoma、Shimmura Tsuyoshi、Maruyama Michiyo、Yamaguchi Taiki、Matsumiya Akiko、Shinomiya Ai、Guh Ying-Jey、Chen Junfeng、Naruse Kiyoshi、Kudoh Hiroshi、Kondo Yohei、Naoki Honda、Aoki Kazuhiro、Nagano Atsushi J.、Yoshimura Takashi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 120 Pages: -

    • DOI

      10.1073/pnas.2313514120

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Quantitative analysis of mechanical properties and their biological functions using live cell imaging and optogenetics2024

    • Author(s)
      Kazuhiro AOKI
    • Organizer
      INFORMATION PHYSICS IN LIVING SYSTEMS
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 蛍光イメージングによる細胞周期の定量解析2024

    • Author(s)
      青木一洋
    • Organizer
      「集え、多分野研究者!」 感染症キャンプin 宮崎
    • Invited
  • [Presentation] 生細胞イメージングによるGPCRシグナルの動的符号化原理の解明2023

    • Author(s)
      青木一洋
    • Organizer
      生体機能と創薬シンポジウム2023
    • Invited
  • [Presentation] 生細胞蛍光イメ―ジングによる可視化と光操作2023

    • Author(s)
      青木一洋
    • Organizer
      イメージングブートキャンプ2023
    • Invited
  • [Presentation] 生細胞イメージングと光遺伝学を使った細胞の力学的特性と生物学的機能の解析2023

    • Author(s)
      青木一洋
    • Organizer
      日本物理学会 第78回年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Genetically encoded phycocyanobilin synthesis, SynPCB, and its application to optogenetics and live-cell imaging.2023

    • Author(s)
      Kazuhiro AOKI
    • Organizer
      15th International Conference on Tetrapyrrole Photoreceptors in Photosynthetic Organisms (ICTPPO2023)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 蛍光イメージングと光遺伝学による細胞周期の定量解析2023

    • Author(s)
      青木一洋
    • Organizer
      第32回日本バイオイメージング学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] Live cell imaging of cell signaling and cell fate decision2023

    • Author(s)
      Kazuhiro AOKI
    • Organizer
      Exploratory Research Center on Life and Living Systems (ExCELLS) and KAIST Sympoisum on Complex Biological Systems (Japan-Korea Collaborative Symposium)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 細胞周期に必要なキナーゼCDK活性をリアルタイムに1細胞レベルで可視化するバイオセンサーを開発

    • URL

      https://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2024/01/23.html

URL: 

Published: 2024-12-25  

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