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2011 Fiscal Year Annual Research Report

ATP駆動蛋白質の機能発現における水の役割:統計力学理論解析

Planned Research

Project AreaWater plays a key role in ATP hydrolysis and ATP-driven functions of proteins
Project/Area Number 20118004
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

木下 正弘  京都大学, エネルギー理工学研究所, 教授 (90195339)

Keywords水 / ATP / 蛋白質 / 水和 / エントロピー / アクトミオシン / シャペロニン / F1-ATPase
Research Abstract

ATP駆動蛋白質は,ATPの方がADPよりもレセプターとの親和性が高く,ATP濃度が十分高く,ADP濃度が十分低い条件下で機能する。その場合,ATPの結合,ATPの加水分解,ADP・Piの解離のどれも(以下より,これらを一括してATPの作用と呼ぶ)が,システムの自由エネルギー低下に結び付く,すなわち,起こってしまう。アクトミオシンにおけるアクチンフィラメント上のミオシンの一方向移動,シャペロニンの蛋白質折り畳みの援助機能(変性蛋白質を中に取り込み,折り畳みを終えた蛋白質を元へ放出する),F_1-ATPaseにおけるγサブユニットの一方向回転における我々の研究成果を元に,ATP駆動蛋白質の作動原理に対する横断的描像を構築した。水が,ミオシン-アクチンフィラメント,蛋白質-シャペロニン,溶質-トランスポーター,α_3β_3複合体-γサブユニットの各ペア間にポテンシャル場(平均力のポテンシャル)を作る。その場合,アクトミオシンとF_1-ATPaseでは水の並進配置のエントロピーが主導的な役割を果たすが,シャペロニンとトランスポーターではエネルギー的な因子も重要と成る。ポテンシャル場は,ペアの立体構造と性質に強く依存して変化する。ATPの作用により,ペアの立体構造と性質がパーターブされ,ポテンシャル場も変化する。このメカニズムを通して,ミオシンの一方向移動,蛋白質や溶質の挿入/放出,γサブユニットの一方向回転が実現する。ペアの立体構造と性質およびポテンシャル場がATPの作用によって制御されているが,実行部隊は水であるという見方ができる。研究の過程で,3次元積分方程式論および分子性流体用積分方程式論と形態熱力学理論の統合型アプローチという我々の2つ武器の有用性を確認することができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

アクトミオシン、シャペロニン、F_1-ATPaseの機能発現機構の解明と取り組んできた。ABCトランスポーターのそれとは未だ十分に取り組んでいないが、それを待たずして、ATP駆動蛋白質機能発現に共通の横断的描像を得ることができたと考えている。

Strategy for Future Research Activity

残された課題は、ABCトランスポーターの多剤排出機構をスペシフィックに解明することのみであると言ってよい。同じ領域内計画研究代表者の櫻井実教授(分子動力学シミュレーション担当)と密接な共同研究を進める。我々は、3次元積分方程式論や、分子性流体用積分方程式論と形態熱力学的アプローチの統合型方法論を用いた統計力学理論解析を行う。

  • Research Products

    (34 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (25 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Evaluation of Protein-Ligand Binding Free Energy Focused on its Entropic Components2012

    • Author(s)
      S.Chiba, Y.Harano, R.Roth, M.Kinoshita, M.Sakurai
    • Journal Title

      Journal of Computational Chemistry

      Volume: 33 Pages: 550-560

    • DOI

      10.1002/jcc.22891

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 「疎水性」の本当の物理起源:その温度依存性を通しての考察2012

    • Author(s)
      木下正弘
    • Journal Title

      低温生物工学会誌

      Volume: 58 Pages: 19-25

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rotational Mechanism of F_1-ATPase : Crucial Importance of Water-Entropy Effect2011

    • Author(s)
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 133 Pages: 4030-4039

    • DOI

      10.1021/ja109594y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys2011

    • Author(s)
      S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, H.Oshima, K.Oda, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Journal Title

      Proteins-Structure Function and Bioinformatics

      Volume: 79 Pages: 2161-2171

    • DOI

      10.1002/prot.23036

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Morphometric Approach to Thermodynamic Quantities of Solvation of Complex Molecules : Extension to Multicomponent Solvent2011

    • Author(s)
      R.Kodama, R.Roth, Y.Harano, M.Kinoshita
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 135 Pages: 045103(1-8)

    • DOI

      10.1063/1.3617247

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crucial Importance of Water-Entropy Effect for Predicting Hot Spots in Protein-Protein Complexes2011

    • Author(s)
      H.Oshima, S.Yasuda, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 13 Pages: 16236-16246

    • DOI

      10.1039/clcp21597c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Simple Theory for Entropic Interaction Induced between Large Spheres in a Binary Mixture of Small and Medium Spheres2011

    • Author(s)
      Y.Karino, R.Akiyama, M.Kinoshita
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 80 Pages: 114802(1-8)

    • DOI

      10.1143/JPSJ.80.114802

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Potential of Mean Force between a Large Solute and a Biomolecular Complex : A Model Analysis on Protein Flux through Chaperonin System2011

    • Author(s)
      K.Amano, H.Oshima, M.Kinoshita
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 135 Pages: 185101(1-14)

    • DOI

      10.1063/1.3657856

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] γ-サブユニットの16度回転前後におけるイーストF_1-ATPaseの構造特性:水のエントロピー効果に焦点をあてた理論解析2012

    • Author(s)
      吉留崇, 伊藤祐子, 松林伸幸, 池口満徳, 木下正弘
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋,仙台
    • Year and Date
      20120308-20120309
  • [Presentation] シャペロニンの蛋白質折り畳み援助機能に関する基礎解析2012

    • Author(s)
      天野健一, 尾嶋拓, 木下正弘
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋,仙台
    • Year and Date
      20120308-20120309
  • [Presentation] 蛋白質複合体におけるホットスポットの理論的予測2012

    • Author(s)
      尾嶋拓, 安田賢司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議
    • Place of Presentation
      岩沼屋,仙台
    • Year and Date
      20120308-20120309
  • [Presentation] 粒子が狭い空間に入るときの溶媒の効果2012

    • Author(s)
      原諒平, 天野健一, 木下正弘, 吉森明
    • Organizer
      日本物理学会第67回年次大会
    • Place of Presentation
      関西学院大学
    • Year and Date
      2012-03-24
  • [Presentation] 埋もれた界面の理論的研究:固体表面近傍における液体の構造について2012

    • Author(s)
      木下正弘
    • Organizer
      2012年(平成24年)春季第59回応用物理学関係連合講演会シンポジウム「中性子・X線のコラボレーションによる薄膜・多層膜の埋もれた界面の解析の新しい展開」
    • Place of Presentation
      早稲田大学早稲田キャンパス(招待講演)
    • Year and Date
      2012-03-15
  • [Presentation] シャペロニンの蛋白質折り畳み援助機能に関する基礎解析2012

    • Author(s)
      天野健一, 尾嶋拓, 木下正弘
    • Organizer
      次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      ニチイ学館,神戸ポートアイランドセンター
    • Year and Date
      2012-03-06
  • [Presentation] A Novel Rotation Mechanism of F_1-ATPase Based on the Water-Entropy Effect2012

    • Author(s)
      T.Yoshidome, Y.Ito, N.Matubayasi, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Organizer
      Biophysical Society 56th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      San Diego Convention Center, USA
    • Year and Date
      2012-02-27
  • [Presentation] Prediction of Hot Spots in Protein-Protein Complexes Focused on Water Entropy2012

    • Author(s)
      S.Yasuda, H.Oshima, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Organizer
      京都大学グローバルCOEプログラム「地球温暖化時代のエネルギー科学拠点」平成23年度年次報告会
    • Place of Presentation
      きはだホール,京都大学宇治キャンパス
    • Year and Date
      2012-01-30
  • [Presentation] 実験で得られた蛋白質天然構造モデルのキャラクタリゼーション2011

    • Author(s)
      三嶋浩和, 安田哲司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
    • Organizer
      第34回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学ES総合館ESホール
    • Year and Date
      20111115-20111117
  • [Presentation] 生命現象発現における水分子並進移動の役割2011

    • Author(s)
      木下正弘
    • Organizer
      新世代研究所第6回合同研究会
    • Place of Presentation
      明治大学紫紺館(招待講演)
    • Year and Date
      2011-11-29
  • [Presentation] 分子認識などの生命現象における水の並進エントロピーの重要性2011

    • Author(s)
      木下正弘
    • Organizer
      日本学術振興会回折構造生物第169委員会第36回研究会
    • Place of Presentation
      ゆうぽうと,東京都品川区(招待講演)
    • Year and Date
      2011-10-04
  • [Presentation] ATP駆動蛋白質の機能発現における水とATPの共同効果2011

    • Author(s)
      木下正弘
    • Organizer
      日本生物物理学会第49回年会シンポジウム「水とATPがつくる非対称性」
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] A Theoretical Analysis on Water-Entropy Change in Yeast F_1-ATPase during 16 Degrees Rotation of Gamma Subunit2011

    • Author(s)
      吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] Crucial Importance of Water-Entropy Effect for Predicting Hot Spots in Protein-Protein Complexes2011

    • Author(s)
      尾嶋拓, 安田賢司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県立大学
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] On the Physical Mechanism of Rotation of F_1-ATPase : Crucial Importance of the Water Entropy Effect2011

    • Author(s)
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Organizer
      8th Liquid Matter Conference
    • Place of Presentation
      Universitat Wien, Austria
    • Year and Date
      2011-09-09
  • [Presentation] Theoretical Analysis for Hot Spots in Protein-Protein Complexes : Critical Importance of Water Entropy2011

    • Author(s)
      H.Oshima, S.Yasuda, T.Yoshidome, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Organizer
      8th Liquid Matter Conference
    • Place of Presentation
      Universitat Wien, Austria
    • Year and Date
      2011-09-09
  • [Presentation] Effects of Side-Chain Packing on the Formation of Secondary Structures in Protein Folding2011

    • Author(s)
      S.Yasuda, T.Yoshidome, H.Oshima, R.Kodama, Y.Harano, M.Kinoshita
    • Organizer
      8th Liquid Matter Conference
    • Place of Presentation
      Universitat Wien, Austria
    • Year and Date
      2011-09-09
  • [Presentation] Roles of Water and ATP in Functioning of ATP-Driven Proteins2011

    • Author(s)
      M.Kinoshita
    • Organizer
      The 7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII)
    • Place of Presentation
      Waseda University, Tokyo, Japan(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-02
  • [Presentation] Free-Energy Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys2011

    • Author(s)
      S.Yasuda, T.Yoshidome, Y.Harano, R.Roth, H.Oshima, Y.Sugita, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Organizer
      The Third International Symposium of Kyoto University GCOE of Energy Science
    • Place of Presentation
      Ajou University, Korea
    • Year and Date
      2011-08-19
  • [Presentation] ATP-駆動蛋白質の機能発現における水とATPの役割2011

    • Author(s)
      木下正弘
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期研究成果報告会
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス
    • Year and Date
      2011-08-09
  • [Presentation] Rotation Mechanism of F_1-ATPase : Crucial Importance of Water-Entropy Effect2011

    • Author(s)
      吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘
    • Organizer
      新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」前期研究成果報告会
    • Place of Presentation
      大阪ガーデンパレス
    • Year and Date
      2011-08-09
  • [Presentation] 「疎水性」の本当の物理起源:その温度依存性を通しての考察2011

    • Author(s)
      木下正弘
    • Organizer
      第56回低温生物工学会大会セミナー
    • Place of Presentation
      いわて県民情報交流センター(招待講演)
    • Year and Date
      2011-07-07
  • [Presentation] Importance of Water Entropy in Rotation Mechanism of F_1-ATPase2011

    • Author(s)
      T.Yoshidome, Y.Ito, M.Ikeguchi, M.Kinoshita
    • Organizer
      5th Mini-Symposium on Liquids
    • Place of Presentation
      Okayama University, Japan
    • Year and Date
      2011-06-25
  • [Presentation] 溶媒中におけるポリマーの立体構造特性を解析するための効率的な方法2011

    • Author(s)
      天野健一, 尾嶋拓, 木下正弘
    • Organizer
      日本生物物理学会,第3回中国四国支部学会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      2011-05-14
  • [Presentation] 筒状容器における大球溶質の挿入と放出:単純化モデルを用いたシャペロニンGroELに関する理論解析2011

    • Author(s)
      天野健一, 木下正弘
    • Organizer
      日本生物物理学会,第3回中国四国支部学会
    • Place of Presentation
      広島大学
    • Year and Date
      2011-05-14
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.iae.kyoto-u.ac.jp/centerbunya/kinoshita/

URL: 

Published: 2013-06-26  

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