2010 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Target recognition and expression mechanism of intrinsically disordered protein |
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| Project/Area Number |
21113003
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
明石 知子 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (10280728)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水口 峰之 富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 教授 (30332662)
菅瀬 謙治 公益財団法人サントリー生命科学財団, 生物有機科学研究所, 主席研究員 (00300822)
西村 善文 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (70107390)
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| Keywords | 蛋白 / 生子 / NMR / 質量分析 / 天然変性 |
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| Research Abstract |
・ヒストンH2A/H2B2量体、H3/H44量体の衝突断面積をイオンモビリティ質量分析法で求めたところ、いずれもヌクレオソームコアの結晶構造から抜き出したH2A/H2B2量体およびH3/H44量体の理論的な衝突断面積よりわずかに大きいという結果となった。また、シトルリン化によりH2A/H2Bは安定化されることがESI-MSの解析から明らかになった。
・基本転写因子TFIIEのαサブユニットのC末酸性ドメインとTFIIHのp62サブユニットが複合体の動的構造を解析するためにNMRを用いてR2分散の測定を行った。また組換えピストンのH2A/H2B2量体中のH2Aの2次構造をNMRで同定し、ヌクレオソームコア中のH2Aの構造と比較したところN末とC末のαヘリックスがH2AH2B2量体中では壊れていて、N末及びC末の各々30アミノ酸領域が天然変性状態であることを示した。
・PQBP1とU5-15kDの相互作用を変異実験で調べた結果、相互作用は疎水性と極性の両方によるものであることがわかった。また、C末端の天然変性領域に存在するTyr245,Val251,Leu252が、結合のホットスポットと予想された。さらに、PQBP1の極性ドメインを5種類のフラグメント(94-176,94-150,94-130,131-160,164-176残基)にしてNMR解析を行った。
・NMR緩和分散実験から、Sox2HMGドメインはDNAと直接結合するヘリックス1が遊離状態で僅かにほどけていることが分かった。またOct3/4に対して行った、NMRを用いたDNA滴定から、N端の天然変性領域に結合中間状態があることが分かった。この滴定データは従来の理論式では解析できないため新たな式の導出を行なった。緩和分散を出す残基だけを残す新規動的構造解析法に関しては、現在測定中である。
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[Journal Article] Deimination stabilizes histone H2A/H2B dimers as revealed by electrospray ionization mass spectrometry2010
Author(s)
Shimoyama, S., Nagadoi, A., Tachiwana, H., Yamada, M., Sato, M., Kurumizaka, H., Nishimura, Y., Akashi, S.
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Journal Title
J.Mass Spectrom.
Volume: 45
Pages: 900-908
Peer Reviewed
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