2011 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Target recognition and expression mechanism of intrinsically disordered protein |
|---|
| Project/Area Number |
21113003
|
|---|
| Research Institution | Yokohama City University |
|---|
Principal Investigator |
明石 知子 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (10280728)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
水口 峰之 富山大学, 大学院・医学薬学研究部, 教授 (30332662)
菅瀬 謙治 公益財団法人サントリー生命科学財団, 生物有機科学研究所, 主席研究員 (00300822)
西村 善文 横浜市立大学, 生命ナノシステム科学研究科, 教授 (70107390)
|
|---|
| Keywords | 蛋白質 / 生体分子 / NMR / 質量分析 / 天然変性 |
|---|
| Research Abstract |
・ヒストンH2A/H2B2量体、H3/H44量体についてイオンモビリティ質量分析(IM-MS)で分析した結果、観測された衝突断面積の分布と構造の多様性との関係についてMD simulationで解析した。また組換えメディエーターSwi5-sfr1の天然変性領域の振る舞いについて、IM-MSとX線小角散乱を組み合わせて解析したところ、Sfr1のN末端の天然変性領域は、気相で非常にコンパクトになることが示された。
・PQBP1の分子内相互作用を常磁性緩和促進効果によって調べた結果、天然変性蛋白質領域であるC末端ドメインは、遊離の状態で大きく揺らいでいるが、他のドメイン(WWドメイン)と相互作用していることがわかった。また、MKL1のRPEL1モチーフをNMRによって解析すると、RPEL1モチーフはフリーの状態でヘリックスを過渡的に形成する傾向を示した。
・NMR緩和分散実験から、Sox2 HMGドメインは、37℃ではDNA結合状態でも揺らいでいることが分かった。またDNA滴定実験から、Oct3/4POUホメオドメインのN端の天然変性領域は、他の領域よりも先にDNAに結合することが示唆された。これはfly-castingモデルと一致する。また、混みあったスペクトルから緩和分散を出す残基だけを抽出する新規解析法を開発し、網羅的なシミュレーションからその妥当性を検証した。
・組換えヒストンのH2A/H2B2量体中の各2次構造を同定した。ヌクレオソームコア中の構造と比較したところH2AでN末とC末のαヘリックスが2量体中では壊れていて、N末及びC末の各々30アミノ酸領域が天然変性状態であることを示した。またヒストンシャペロンのNAP1とNAP2の各C末の天然変性状態の酸性ドメインとの相互作用をNMRで解析した。NAP1の酸性ドメインとの相互作用が強くH2A/H2B上に相互作用部位をマップする事が出来た。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
NMRと質量分析により、単独、遭遇複合体、中間体、特異的複合体等の動的構造を解析し、認識機構の構造的な普遍性を解明することを目指した研究を進めている。論文および学会等でコンスタントに発表される研究成果が挙げられており、研究は概ね順調に進展している。
|
| Strategy for Future Research Activity |
引き続きNMRと質量分析により、真核生物の核内タンパク質を標的とした動的構造解析を行う。研究期間の最終年度の前年に当たることから、これまで以上に、成果を論文にまとめることを意識して研究を進める。
|
-
[Journal Article] Function of homo- and hetero-oligomers of human nucleoplasmin/nucleophosmin family proteins NPM1, NPM2, and NPM3 during sperm chromatin remodeling2012
Author(s)
Okuwaki, M., Sumi, A., Hisaoka, M., Saotome-Nakamura, A., Akashi, S., Nishimura, Y., Nagata, K.
-
Journal Title
Nuleic Acid Res.
Volume: (印刷中)
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
