2009 Fiscal Year Annual Research Report
計算科学による核内タンパク質天然変性状態の構造多型解析
| Project Area | Target recognition and expression mechanism of intrinsically disordered protein |
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| Project/Area Number |
21113006
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
肥後 順一 大阪大学, 蛋白質研究所, 特任研究員 (80265719)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
菊池 誠 大阪大学, サイバーメディアセンター, 教授 (50195210)
高野 光則 早稲田大学, 先進理工学研究科, 准教授 (40313168)
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| Keywords | フォールディング / ドッキング / 自由エネルギー地形 |
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| Research Abstract |
昨年度(平成21年度)の繰越金により、以下の研究成果を得た。
1)粗視化モデルを用いて、天然変性蛋白質NRSFの立体構造サンプリングを行う計算機プログラムを作成した。手法としては、ワンランダウ法を用いた(これは肥後がこれまで行って来たマルチカノニカルMD法と類似しているが、粗視化モデルにはより適した計算法である)。結果、NRSFの様々な立体構造がサンプリングされた。今後全原子モデルからの自由エネルギー地形と比較する上で、粗視化モデル側の土台が出来た。
2)全原子モデルのマルチカノニカル法のサンプリング効率を更に向上させるための、「軌道単純和マルチカノニカルMD法」を完成させた。これにより、さらに大きくて複雑な蛋白質複合体の計算が可能になる。研究結果を欧米の科学雑誌Journal Computational Chemistryに投稿し、現在印刷段階(in press)にある。また、日本の学術誌にも紹介記事を発表した。
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