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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of kinetics-controlling molecules for construction of asymmetric structures

Planned Research

Project AreaKinetics-Driven Supramolecular Chemistry
Project/Area Number 21H05096
Research InstitutionTokyo University of Agriculture and Technology

Principal Investigator

村岡 貴博  東京農工大学, 工学(系)研究科(研究院), 教授 (70509132)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 馬渕 拓哉  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (10795610)
Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Keywords遅延制御 / 超分子化学 / タンパク質 / フォールディング / ミスフォールディング
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、生体における非対称形構築の中心的かつ普遍的な速度論支配の制御方法「遅延制御」の化学的再構築を目的とする。細胞におけるタンパク質フォー ルディングに関わる遅延制御分子、遅延制御分子集合体の模倣分子システムを開発し、三次・ 四次構造タンパク質の効率的なフォールディングを実現する。これまでの人工系では、基質となるタンパク質分子に対して、過剰量のフォールディング促進分子が用いられてきた。またチオール化合物とジスルフィド化合物を混合する系が用いられ、複雑な反応系となっていた。それに対して、細胞内では、基質に対して触媒量のシャペロンが作用し、フォールディングが進められている。遅延制御機能を組み込んだ合成分子を用いて、より生体内に近い条件でのフォールディング促進技術の構築に、2022年度は取り組んだ。系統的な物質デザインに基づき、求核性と酸化還元活性の高いジスルフィド化合物を得た。従来の過剰量添加、ジスルフィド、チオール化合物の混合添加条件で、開発した化合物は非常に高いフォールディング促進効果を示すことが確認された。開発したジスルフィド化合物を基質タンパク質が持つジスルフィド結合に対し1当量添加し、またチオール化合物を加えない条件で評価したところ、効率の高いフォールディング促進効果が示された。チオール化合物を添加せず、人工ジスルフィド化合物のみの1当量で効果を実証した初めての例であり、より生体に近い条件での高効率タンパク質フォールディングを可能にする基盤成果が得られた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

基質タンパク質に対し、チオール化合物を添加せず、人工ジスルフィド化合物のみの1当量添加でフォールディングを促進する人工系の構築は当初計画には含まれない発展的な内容であり、その実証に至ったため。

Strategy for Future Research Activity

2021年度に構築した分子連動システムと、2022年度に構築した1当量促進システムを基盤とし、領域内連携を効果的に活用し、生体システムを模倣した効率の高いフォールディング促進材料の開発を目指す。

  • Research Products

    (38 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (31 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 台湾・国立陽明交通大学(その他の国・地域)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      台湾・国立陽明交通大学
  • [Journal Article] Coacervate Formation of Elastin-like Polypeptides in Explicit Aqueous Solution Using Coarse-Grained Molecular Dynamics Simulations2023

    • Author(s)
      Mabuchi Takuya、Kijima Junko、Yamashita Yukino、Miura Erika、Muraoka Takahiro
    • Journal Title

      Macromolecules

      Volume: 56 Pages: 794~805

    • DOI

      10.1021/acs.macromol.2c02195

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ROS‐Triggered Gel‐Sol Transition and Kinetics‐Controlled Cargo Release by Methionine‐Containing Peptides2023

    • Author(s)
      Hara Yoshika、Yaguchi Atsuya、Hiramatsu Hirotsugu、Muraoka Takahiro
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1002/cbic.202200798

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Endocytosis-Like Vesicle Fission Mediated by a Membrane-Expanding Molecular Machine Enables Virus Encapsulation for In Vivo Delivery2023

    • Author(s)
      Uchida Noriyuki、Ryu Yunosuke、Takagi Yuichiro、Yoshizawa Ken、Suzuki Kotono、Anraku Yasutaka、Ajioka Itsuki、Shimokawa Naofumi、Takagi Masahiro、Hoshino Norihisa、Akutagawa Tomoyuki、Matsubara Teruhiko、Sato Toshinori、Higuchi Yuji、Ito Hiroaki、Morita Masamune、Muraoka Takahiro
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 6210~6220

    • DOI

      10.1021/jacs.2c12348

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Self-assembling Molecular Medicine for the Subacute Phase of Ischemic Stroke2022

    • Author(s)
      Muraoka Takahiro、Ajioka Itsuki
    • Journal Title

      Neurochemical Research

      Volume: 47 Pages: 2488~2498

    • DOI

      10.1007/s11064-022-03638-5

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cysteine-based protein folding modulators for trapping intermediates and misfolded forms2022

    • Author(s)
      Nishino Hayato、Kitamura Mai、Okada Shunsuke、Miyake Ryosuke、Okumura Masaki、Muraoka Takahiro
    • Journal Title

      RSC Advances

      Volume: 12 Pages: 26658~26664

    • DOI

      10.1039/D2RA04044A

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Functional assembly of polypeptides for injured brain regeneration2023

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      ZOOMinar series on “Molecular Basis of Proteinopathies”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 速度論効果を利用する多段階蛋白質フォールディング促進2023

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会 第103春季大会(2023)
  • [Presentation] リポソーム膜の融合を誘導する膜収縮分子機械の開発と細胞内送達技術への応用2023

    • Author(s)
      吉澤憲、内田紀之、村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会
  • [Presentation] Photoresponsive Membrane Deformation for Highly Efficient Encapsulation of Biomacromolecules and Its Application to in vivo Phage Display Method2023

    • Author(s)
      内田紀之・笠勇之助・松原輝彦・佐藤智典・安楽泰孝・村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会
  • [Presentation] 自己集合性ペプチドにより誘導されるチューブ状リン脂質膜の作成と膜曲率認識タンパク質の単分子観察への応用2023

    • Author(s)
      石坂龍、河北杏樹、内田紀之、村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会
  • [Presentation] 超分子らせんファイバーを形成するペプチドの開発と生体接着性光制御2023

    • Author(s)
      矢口敦也、内田紀之、味岡逸樹、村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会
  • [Presentation] チオール基近傍の電荷がジスルフィド結合を含むタンパク質の天然構造形成促進へ与える影響2023

    • Author(s)
      喜多村真衣、村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会
  • [Presentation] 酵素匹敵活性を持つタンパク質フォールディング促進剤の開発2023

    • Author(s)
      岡田隼輔、奥村正樹、村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会第103回春季年会
  • [Presentation] Photoresponsive Membrane Deformation for Highly Efficient Encapsulation of Biomacromolecules and Applications to in vivo Phage Display Method2023

    • Author(s)
      内田紀之・笠勇之助・松原輝彦・佐藤智典・安楽泰孝・村岡貴博
    • Organizer
      日本薬学会143回年会
  • [Presentation] Design of Phospholipid Nanosheet Using Self-assembly of Peptide-based Surfactant2023

    • Author(s)
      Noriyuki Uchida, Yuichiro Takagi, Takahiro Muraoka
    • Organizer
      Gordon Research Conference
  • [Presentation] タンパク質フォールディング促進機能を有する液液相分離材料の開発2023

    • Author(s)
      山下 有希乃、三浦恵理香、馬渕拓哉、村岡貴博
    • Organizer
      日本化学会 第103春季大会(2023)
  • [Presentation] 自己集合性ペプチドを用いた神経組織再生2022

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      第3回タタバイオ分子クラブ
    • Invited
  • [Presentation] キネティクス操作に基づく酸化的蛋白質フォールディング制御2022

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      蛋白質科学会「キネティクスから理解する生命システム」ワークショップ
  • [Presentation] Neurochemistry from Supramolecular Chemistry2022

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      Neuro2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Regulated folding and assembly of polypeptides for designing ECM-mimetic biomaterials2022

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      Protein Folding, Aggregation, Misfolding Disease, and Disease Crosstalk
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 高次構造転移特性を有する自己集合性ペプチドの開発と亜急性期脳梗塞治療への応用2022

    • Author(s)
      矢口敦也・平松弘嗣・味岡逸樹・村岡貴博
    • Organizer
      第31回ポリマー材料フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] 多段階反応制御によるタンパク質フォールディング促進2022

    • Author(s)
      村岡貴博
    • Organizer
      分子生物学会年会
  • [Presentation] Endocytosis-like Vesicle Fission by Membrane Expanding Molecular Machine2022

    • Author(s)
      Noriyuki Uchida, Yunosuke Ryu, Teruhiko Matsubara, Toshinori Sato, Yasutaka Anraku, Takahiro Muraoka
    • Organizer
      第13回日本生物物理学会 中国四国支部大会
  • [Presentation] Endocytosis-like Vesicle Fission by Membrane Expanding Molecular Machine Enabling Efficient Encapsulation of Huge Biomacromolecules2022

    • Author(s)
      Noriyuki Uchida, Ryu Yunosuke, Teruhiko Matsubara, Toshinori Sato, Yasutaka Anraku, and Takahiro Muraoka
    • Organizer
      第71回高分子討論会
  • [Presentation] 多段階反応システムによるタンパク質フォールディング促進2022

    • Author(s)
      村岡貴博、岡田隼輔、奥村正樹
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 高次構造転移特性を有する自己集合性ペプチドの開発と亜急性期脳梗塞治療への応用2022

    • Author(s)
      矢口敦也、平松弘嗣、味岡逸樹、村岡貴博
    • Organizer
      第71回高分子学会年次大会
  • [Presentation] カチオン性基を有するチオール化合物のタンパク質フォールディング促進効果2022

    • Author(s)
      喜多村真衣・岡田隼輔・村岡貴博
    • Organizer
      第71回高分子学会年次大会
  • [Presentation] 蛋白質の効率的取込と徐放を実現する 超分子ファイバー形成ペプチドの開発と脳梗塞治療応用2022

    • Author(s)
      矢口敦也、朝倉哲郎、内藤晶、平松弘嗣、味岡逸樹、村岡貴博
    • Organizer
      2022年繊維学会年次大会
  • [Presentation] 液液相分離の制御に向けた水溶性ブロックポリマー2022

    • Author(s)
      樋口元気、内田紀之、村岡貴博
    • Organizer
      第71回高分子討論会
  • [Presentation] 酵素模倣型酸化的フォールディング促進剤による濃縮環境での多段階触媒システムの実証2022

    • Author(s)
      岡田隼輔、奥村正樹、村岡貴博
    • Organizer
      第71回高分子討論会
  • [Presentation] チオール化合物への電荷付与が酸化的タンパク質フォールディング促進に与える効果2022

    • Author(s)
      喜多村真衣、村岡貴博
    • Organizer
      第71回高分子討論会
  • [Presentation] 組木型パッキングを構成する両親媒性ペプチドのゲル特性、精密構造解析と脳梗塞治療応用2022

    • Author(s)
      矢口敦也、平松弘嗣、味岡逸樹、村岡貴博
    • Organizer
      第71回高分子討論会
  • [Presentation] 自己集合性ペプチドの親水部変換によるバイオ機能制御2022

    • Author(s)
      原良佳、味岡逸樹、村岡貴博
    • Organizer
      第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [Presentation] 酸化的タンパク質フォールディングを促進するチオール化合物の開発と電荷効果2022

    • Author(s)
      喜多村真衣、村岡貴博
    • Organizer
      第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [Presentation] 膜融合を発現する分子機械を用いた光応答性ベシクルの開発と応用2022

    • Author(s)
      吉澤憲、内田紀之、村岡貴博
    • Organizer
      第12回CSJ化学フェスタ2022
  • [Presentation] Development of a novel gel-forming peptide with helix-to- strand transition capability for injured brain regeneration2022

    • Author(s)
      Atsuya Yaguchi, Hirotsugu Hiramatsu, Itsuki Ajioka, Takahiro Muraoka
    • Organizer
      The 16th Asian Textile Conference (ATC-16)
  • [Remarks] 村岡研究室ホームページ

    • URL

      https://www.muraoka-lab.com

URL: 

Published: 2023-12-25  

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