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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Heuristic algorithm of exploration and exploitation to the space geometry in ciliates and amoebae

Planned Research

Project AreaAdvanced mechanics of cell behavior shapes formal algorithm of protozoan smartness awoken in giorama conditions.
Project/Area Number 21H05310
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

中垣 俊之  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (70300887)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 棟朝 雅晴  北海道大学, 情報基盤センター, 教授 (00281783)
田中 良巳  横浜国立大学, 大学院環境情報研究院, 教授 (10315830)
國田 樹  琉球大学, 工学部, 准教授 (20645478)
佐藤 勝彦  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (90513622)
Project Period (FY) 2021-09-10 – 2026-03-31
Keywords物理行動学 / 原生生物 / ジオラマ環境 / 数理モデリング / 原生知能
Outline of Annual Research Achievements

生物の成す知能情報処理は、単細胞生物に端を発する天与の情報処理手法として情報技術にヒントを与えるいわば宝の山である。真核単細胞生物、いわゆる原生生物に見られる行動知の探究は、その根源を問うものである。本研究では、ほふく性アメーバの集団交通ネットワークと遊泳性繊毛虫の集団移動に焦点を当て、どちらも空間の幾何学的形状に適応的であることから、空間の探査と活用性能について、原生生物の知能のアルゴリズムを定式化し、工学的に利用可能な形まで具体化することを目指す。
以下の成果を得た。
(1) 多彩な空間構造に適応したコロニーと輸送網の共発展について、粘菌とヒトの比較行動学的見地より、集住地の形成とそこをつなぐ輸送網の発達モデルを構成した。ケーススタディとしてイタリアを取り上げ、地形要因の効果を検証し誌上発表した。(2) 粘菌の体内循環輸送網の流体力学的特性、とくに物質の混合性を、体全域の流速度場計測にもとづく仮想粒子混合シミュレーションを実施した。(3) 粘菌のネットワーク最適化から読み解く樹木の力学構造、特に振動エネルギーの巧みな散逸機構に注目して、フィールドにて複数の樹種で揺動実験を実施した。(4) 繊毛虫ラッパムシの狭小空間選好性を実験的に評価し、特定の形状の狭小空間を選択できることを発見し、誌上発表した。(5) 這い回る運動の基本的な力学機構を追求するために、アメーバ運動における細胞膜面の動態を立体的に計測し、膜にシワができたり伸びたりすることを突き止めた。その成果を誌上発表した。(6) 細胞の3次元形態を考慮した細胞シートの集団運動模型を構築し、タイトに結合した細胞同士がどのような力学機構で運動するかを解明し、誌上発表した。
以上の研究成果を、国際学会(GRC)や国内招待講演で発表するとともに、NHKの科学啓蒙番組サイエンスゼロや新聞報道を通じて広報活動にも注力した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

交付申請書に記載した実施計画を概ね実施できたから。

Strategy for Future Research Activity

(1) 多彩な空間構造に適応したコロニーと輸送網の共発展について、粘菌とヒトの比較行動学的見地より、大規模地理データを取り込んだ社会動態モデリングをイタリアとは別地域で実施する。(2) 粘菌の体内循環輸送網と真菌/動物/植物の体内輸送網を比較検討するために、動物血管系で知られるマレーの法則(管の分岐前後太さのスケーリング則)を軸に輸送特性を評価する。(3) 粘菌のネットワーク最適化から読み解く樹木の力学構造、特に振動エネルギーの巧みな散逸機構に注目した実験結果を理論的に考察し、力学模型を構成する。(4) 繊毛虫や精子がしばしば旋回遊泳することに注目して、旋回遊泳による走性発現の力学的な一般的特性について理論的かつ実験的に研究する。(5) 繊毛虫テトラヒメナが行う空間形状依存的な集団運動を実験的に特徴付ける。(6) 多様な生物種の原生知能を探索するために、これまで行動研究が行われていない原生生物を野外から採集し培養方法を試行錯誤する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Oxford(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Oxford
  • [Int'l Joint Research] リヨン クロードベルナール第一大学(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      リヨン クロードベルナール第一大学
  • [Journal Article] Light-sheet microscopy reveals dorsoventral asymmetric membrane dynamics of Amoeba proteus during pressure-driven locomotion2023

    • Author(s)
      Taniguchi Atsushi、Nishigami Yukinori、Kajiura-Kobayashi Hiroko、Takao Daisuke、Tamaoki Daisuke、Nakagaki Toshiyuki、Nonaka Shigenori、Sonobe Seiji
    • Journal Title

      Biology Open

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.1242/bio.059671

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A model for simulating emergent patterns of cities and roads on real-world landscapes2022

    • Author(s)
      Aoki Takaaki、Fujiwara Naoya、Fricker Mark、Nakagaki Toshiyuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-022-13758-1

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Switching of behavioral modes and their modulation by a geometrical cue in the ciliate Stentor coeruleus2022

    • Author(s)
      Echigoya Syun、Sato Katsuhiko、Kishida Osamu、Nakagaki Toshiyuki、Nishigami Yukinori
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.3389/fcell.2022.1021469

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polarized interfacial tension induces collective migration of cells, as a cluster, in a 3D tissue2022

    • Author(s)
      Okuda Satoru、Sato Katsuhiko
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 121 Pages: 1856~1867

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.04.018

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Continuum modeling of non-conservative fluid membrane for simulating long-term cell dynamics2022

    • Author(s)
      Okuda Satoru、Sato Katsuhiko、Hiraiwa Tetsuya
    • Journal Title

      The European Physical Journal E

      Volume: 45 Pages: -

    • DOI

      10.1140/epje/s10189-022-00223-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] オープンスペースディスカッション2021実施報告2022

    • Author(s)
      高木 英行, 棟朝 雅晴, 濱田 直希, 西原 慧, 高玉 圭樹, 佐藤 寛之, 桐淵 大貴, 宮川 みなみ
    • Journal Title

      進化計算学会論文誌「進化計算シンポジウム2021」特集号

      Volume: 13 Pages: 1-9

  • [Presentation] Cortical Flow Beneath the Plasma Membrane Induces Cluster Cell Migration2023

    • Author(s)
      佐藤勝彦
    • Organizer
      Workshop on Recent Trends in Microrheology and Microfluidics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evolutionary multi-mode Slime Mode Optimization: A hyper-heuristic algorithm inspired  by slime mode behaviors2023

    • Author(s)
      Rui Zhong, Enzhi Zhang, Masaharu Munetomo
    • Organizer
      第23回進化計算学会研究会
  • [Presentation] Ethological dynamics of primitive organisms under diorama environments2022

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      Gordon Research Conference 「Chemical Oscillations and dynamics instabilities in chemical system」in Stonehill
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Ethological dynamics of plasmodial slime mold in ‘diorama’ environments’2022

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      Anniversary Symposium of German-Japanese Joint Research Project on Nonequilibrium Statistical Physics Perspectives for Future CollaborationYukawa Institute for Theoretical Physics, Kyoto University
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 真核単細胞生物のジオラマ行動力学2022

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      シングルゲノミクス研究会2022 みやこメッセ(京都)
    • Invited
  • [Presentation] 巨大なアメーバである粘菌変形体のジオラマ行動力学2022

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      原生生物学会2022 法政大学小金井キャンパス(東京)
  • [Presentation] 原生生物のジオラマ行動力学 -野外環境での行動を探る-2022

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      生理学研究所研究会極限環境応答プログラム 岡崎カンファレンスセンター(愛知)
  • [Presentation] 対称環境下で現れるクラミドモナスの非対称パターン2022

    • Author(s)
      佐藤勝彦, 飯塚洸介, 神谷律, 若林憲一, 西上幸範, 中垣俊之
    • Organizer
      物理学会2022年秋季大会(物性)
  • [Presentation] 細胞骨格の流れと基盤との摩擦によって誘起する細胞運動2022

    • Author(s)
      佐藤勝彦
    • Organizer
      日本応用数理学会2022年度年会
  • [Remarks] ジオラマ行動力学

    • URL

      https://diorama-ethology.jp/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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