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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Heuristic algorithm of exploration and exploitation to the space geometry in ciliates and amoebae

Planned Research

Project AreaAdvanced mechanics of cell behavior shapes formal algorithm of protozoan smartness awoken in giorama conditions.
Project/Area Number 21H05310
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

中垣 俊之  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (70300887)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 棟朝 雅晴  北海道大学, 情報基盤センター, 教授 (00281783)
田中 良巳  金沢学院大学, 経済情報学部, 教授 (10315830)
國田 樹  琉球大学, 工学部, 准教授 (20645478)
佐藤 勝彦  北海道大学, 電子科学研究所, 准教授 (90513622)
Project Period (FY) 2021-09-10 – 2026-03-31
Keywords物理行動学 / 原生生物 / ジオラマ環境 / 数理モデリング / 原生知能
Outline of Annual Research Achievements

生物の成す知能情報処理は、単細胞生物に端を発する天与の情報処理手法として情報技術にヒントを与えるいわば宝の山である。真核単細胞生物、いわゆる原生生物に見られる行動知の探究は、その根源を問うものである。本研究では、ほふく性アメーバの集団交通ネットワークと遊泳性繊毛虫の集団移動に焦点を当て、どちらも空間の幾何学的形状に適応的であることから、空間の探査と活用性能について、原生生物の知能のアルゴリズムを定式化し、工学的に利用可能な形まで具体化することを目指す。
以下の成果を得た。
(1) 多彩な空間構造に適応したコロニーと輸送網の共発展モデルの有効性を、ケーススタディとしてイタリアで検証し、共発展シミュレータとして提案できた。(2) 粘菌の体内循環輸送網の流体力学的特性、とくに物質の輸送性能を流路径の空間分布に注目して特徴づけられた。(3) 粘菌のネットワーク最適化から読み解く樹木の力学構造、特に振動エネルギーの散逸機構に注目して、フィールドでの揺動実験を実施した結果、枝の大きさと初期エネルギー散逸との間に特徴的な関係があることを発見した。(4) 繊毛虫ラッパムシが狭小空間選好性を持つことを前年度までに発見したので、その空間形状認知能力をより詳細に実験的に評価し、あわせてその空間認知の仕組みを検討した。(5) 這い回る運動の基本的な力学機構を追求する一環として、線虫の生息地拡大行動を調べた。昆虫の有する静電気力を巧みに捉えて昆虫に飛び移り遠くまで移動することを発見し、誌上発表した。(6)クラミドモナスの光走性を3次元空間中のらせん遊泳として力学モデル化した。光線のさす方向に対して一定角度の軌道(定常解)のあることを発見し、現実のクラミドモナスでみられる少しの光反応時間の差によって、光への走性が切り替わることがわかった。
以上の研究成果を広めるために、アウトリーチ活動にも注力した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

交付申請書に記載した実施計画項目をおおむね実施できたから。

Strategy for Future Research Activity

(1) 多彩な空間構造に適応したコロニーと輸送網の共発展について、ケーススタディの地域を増やす。(2) 粘菌の体内循環輸送網の流体力学的特性に関する実験的・理論的研究成果をとりまとめて論文発表する。(3) 粘菌のネットワーク最適化から読み解く樹木の力学構造、特に振動エネルギーの巧みな散逸機構にかんするこれまでの成果を取りまとめて露誌上発表する。(4) 鞭毛虫ラッパムシの空間認知能力にかんするこれまでの成果をとりまとめて論文発表する。(5) 繊毛虫や精子の見せる共通の運動様式であるらせん遊泳に注目して、その生理学的な意義や知能アルゴリズムとしての特性を実験的かつ理論的に検討する。(6) 空間形状依存的なテトラヒメナの集団運動について、特に深さの影響について実験的に調べ、流体力学的な対流運動と比較検討する。(7)多様な生物種の原生知能を探索するために、これまで行動研究が行われていない原生生物を野外から採集し培養方法を確立してきた。それを生かして、有殻アメーバの行動について調べる。特に自分自身ですみかを構築する能力に注目する。

  • Research Products

    (30 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 2 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 5 results) Book (1 results) Remarks (1 results) Funded Workshop (4 results)

  • [Int'l Joint Research] リヨン クロードベルナール第1大学(フランス)

    • Country Name
      FRANCE
    • Counterpart Institution
      リヨン クロードベルナール第1大学
  • [Journal Article] Q-learning based vegetation evolution for numerical optimization and wireless sensor network coverage optimization2024

    • Author(s)
      Zhong Rui、Peng Fei、Yu Jun、Munetomo Masaharu
    • Journal Title

      Alexandria Engineering Journal

      Volume: 87 Pages: 148~163

    • DOI

      10.1016/j.aej.2023.12.028

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutionary multi-mode slime mold optimization: a hyper-heuristic algorithm inspired by slime mold foraging behaviors2024

    • Author(s)
      Zhong Rui、Zhang Enzhi、Munetomo Masaharu
    • Journal Title

      The Journal of Supercomputing

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1007/s11227-024-05909-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] SRIME: a strengthened RIME with Latin hypercube sampling and embedded distance-based selection for engineering optimization problems2024

    • Author(s)
      Zhong Rui、Yu Jun、Zhang Chao、Munetomo Masaharu
    • Journal Title

      Neural Computing and Applications

      Volume: 36 Pages: 6721~6740

    • DOI

      10.1007/s00521-024-09424-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behavior2023

    • Author(s)
      Chiba Takuya、Okumura Etsuko、Nishigami Yukinori、Nakagaki Toshiyuki、Sugi Takuma、Sato Katsuhiko
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 33 Pages: 2668~2677.e3

    • DOI

      10.1016/j.cub.2023.05.042

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cellular Ethological Dynamics in Diorama Environments2023

    • Author(s)
      Nishigami Yukinori、Kunita Itsuki、Sato Katsuhiko、Nakagaki Toshiyuki
    • Journal Title

      Journal of the Physical Society of Japan

      Volume: 92 Pages: 1-8

    • DOI

      10.7566/JPSJ.92.121009

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Ethological Dynamics in Diorama Environments -Foraging behavior of slime mold-2024

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki
    • Organizer
      Gordon Research Conference, Robotics - Physical Intelligence -
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 原生生物の遊走と空間探査2024

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      トヨタコンポン研究所 未踏探索における個性と集団の役割 第2回ワークショップ
    • Invited
  • [Presentation] A comprehensive performance investigation of metaheuristic algorithms in the adversarial robustness neural architecture search2024

    • Author(s)
      鐘睿,余俊,張潮,棟朝雅晴
    • Organizer
      第25回進化計算学会研究会
  • [Presentation] Cellular Ethological Dynamics in Diorama Environments2023

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki
    • Organizer
      EXCHANGE DAY -Hokkaido University and University of Bremen- BIologial Physics of adaptive behavior in cells and higher organisms,
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Multiple behaviors of single-celled organism under the experimental conditions.2023

    • Author(s)
      Toshiyuki Nakagaki
    • Organizer
      STATPHYS28 Satellite Meeting on Physics of Open Systems and Beyond
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Evolutionary Multi-mode Slime mold Optimization: A hyper-heuristic algorithm inspired by slime mold foraging behaviors2023

    • Author(s)
      Zhong, R., Zhang, E., Munetomo, M.
    • Organizer
      The 29th International Conference on Parallel & Distributed Processing Techniques & Applications (PDPTA'23)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A cell membrane model that reproduces single and cluster cell migration2023

    • Author(s)
      Katsuhiko Sato
    • Organizer
      International Workshop on Applied Mathematics
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direction dependent contraction forces on cell boundaries drive unidirectional movement of epithelial cells within their sheet2023

    • Author(s)
      Katsuhiko Sato
    • Organizer
      Integrated Science For a Sustainable Society 14th ISAJ Annual Symposium
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 真菌と粘菌の接点ー輸送システムの自律分散構築ー2023

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      第42回関東医真菌懇話会
    • Invited
  • [Presentation] 粘菌変形体における体型変化に伴う体内流路網リモデリングと物質輸送2023

    • Author(s)
      佐藤耀, 西上幸範, 佐藤勝彦, 中垣俊之
    • Organizer
      第35回バイオエンジニアリング講演会
  • [Presentation] 原生生物の生き様を探るー細胞のジオラマ行動力学ー2023

    • Author(s)
      中垣俊之
    • Organizer
      2024年日本農芸化学会大会、産学官学術交流フォーラム
    • Invited
  • [Presentation] 真正粘菌変形体の生体信号と成長サイクルから得る数理モデル2023

    • Author(s)
      宇座恩, 國田樹
    • Organizer
      第23回 計測自動制御学会 システムインテグレーション部門講演会
  • [Presentation] Observation of an end of actin filament with several nanometer accuracies2023

    • Author(s)
      圓福光, 三谷隆大, 國田樹, 本多元
    • Organizer
      第61回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] C. elegansの周りの電場を用いた高速跳躍2023

    • Author(s)
      千葉 拓也 ,奥村 悦子, 西上 幸範, 中垣 俊之, 杉 拓磨, 佐藤 勝彦
    • Organizer
      日本機械学会 第35回バイオエンジニアリング講演会
  • [Presentation] 細胞運動を表す膜モデル2023

    • Author(s)
      佐藤勝彦
    • Organizer
      日本物理学会 第78回 年次会
  • [Presentation] 細胞運動の力学的機構2023

    • Author(s)
      佐藤勝彦
    • Organizer
      日本数理生物学会
  • [Presentation] 細胞がクラスターとなって移動する仕組みを解き明かす膜モデル2023

    • Author(s)
      佐藤勝彦
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会
  • [Presentation] 粘弾性流体の吸引型フィンガリング現象2023

    • Author(s)
      神田華,田中良巳,住野豊
    • Organizer
      第 71 回レオロジー討論会
  • [Book] 考える粘菌 生物の知の根源を探る2023

    • Author(s)
      中垣 俊之
    • Total Pages
      224
    • Publisher
      山と溪谷社
    • ISBN
      978-4635049825
  • [Remarks] ジオラマ行動力学

    • URL

      https://diorama-ethology.jp

  • [Funded Workshop] Biological Physics of adaptive behavior in cells and higher organisms2023

  • [Funded Workshop] The survival strategies of unicellular organisms on a microscale. An organized Symposium in the 61th Annual Meeting of Biophysical Society Japan2023

  • [Funded Workshop] Diorama-Ethology Ciliate Workshop2023

  • [Funded Workshop] International workshop on applied mathematics2023

URL: 

Published: 2024-12-25  

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