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2014 Fiscal Year Annual Research Report

蛋白質の翻訳後修飾と細胞内シグナル伝達に関連した因子の構造基盤

Planned Research

Project AreaRegulation of signal transduction by post-translational modifications and its pathogenic dysregulation
Project/Area Number 22117007
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

石谷 隆一郎  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (90361568)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2015-03-31
KeywordsX線結晶構造解析 / タンパク質翻訳後修飾 / 細胞内シグナル伝達 / NF-κBシグナル伝達経路
Outline of Annual Research Achievements

細胞内シグナル伝達ネットワークは,蛋白質のさまざまな翻訳後修飾によって制御されている.そして近年の研究により,これら様々な翻訳後修飾は,癌,心血管疾患,神経変性疾患,自己免疫疾患から感染症に至るまでの,多くの病因・病態に関与していることが分かってきた.特に,これらのシグナル伝達ネットワークを理解するためには,その構築基盤となっている因子の相互作用を立体構造情報に基づいて解明することが必須である.cGASはそのような修飾シグナルに関わる因子の一つであり,ウイルス由来のDNAを認識することで活性化し,ATPとGTPからcyclic GMP-AMPを産生する酵素である.cyclic GMP-AMPはSTINGに結合し,下流へとシグナルを伝えることでI型インターフェロンの産生を促す.このようにcGASはウイルス感染の初期に応答して,宿主の免疫系を活性化する重要な酵素であるにも関わらず,どのようにcGASがウイルスDNAを認識しているかについては不明であった.そこで本研究ではX線結晶構造解析の手法を用いてcGASの立体構造を決定し,cGASによるDNA認識機構を原子分解能レベルで解明した.さらに,解明した構造に基づいた生化学的,細胞生物学的解析を行うことで,cGASはジンクフィンガー,および,正電荷の溝を介してウイルスDNAを認識し,cyclic GMP-AMPを産生することで免疫を活性化することが明らかとなった.他に病原菌が有するcyclic GMP-AMP産生酵素DncVの立体構造解析も行い,ヒトcGASとの構造比較を行うことで,DncVとcGASの基質・産物特性のメカニズムを解明した.

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2015 2014

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 11 results,  Acknowledgement Compliant: 10 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 4 results)

  • [Journal Article] Structural basis for the facilitative diffusion mechanism by SemiSWEET transporter2015

    • Author(s)
      Lee Y, Nishizawa T, Yamashita K, Ishitani R, Nureki O
    • Journal Title

      Nat Commun

      Volume: 6 Pages: 6112

    • DOI

      doi: 10.1038/ncomms7112

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structure of Escherichia coli YidC, a membrane protein chaperone and insertase2014

    • Author(s)
      Kumazaki K, Kishimoto T, Furukawa A, Mori H, Tanaka Y, Dohmae N, Ishitani R, Tsukazaki T, Nureki O
    • Journal Title

      Sci Rep

      Volume: 4 Pages: 7299

    • DOI

      doi: 10.1038/srep07299

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structural basis for ion selectivity revealed by high-resolution crystal structure of Mg(2+) channel MgtE2014

    • Author(s)
      Takeda H, Hattori M, Nishizawa T, Yamashita K, Shah ST, Caffrey M, Maturana AD, Ishitani R, Nureki O
    • Journal Title

      Nat Commun

      Volume: 5 Pages: 5374

    • DOI

      doi: 10.1038/ncomms6374

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The non-canonical hydroxylase structure of YfcM reveals a metal ion-coordination motif required for EF-P hydroxylation2014

    • Author(s)
      Kobayashi K, Katz A, Rajkovic A, Ishii R, Branson OE, Freitas MA, Ishitani R, Ibba M, Nureki O
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res

      Volume: 42 Pages: 12295-12305

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gku898

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of YfcM: an important factor for EF-P hydroxylation2014

    • Author(s)
      Kobayashi K, Suzuki T, Dohmae N, Ishitani R, Nureki O
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun

      Volume: 70 Pages: 1236-1239

    • DOI

      doi: 10.1107/S2053230X14015726

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of YidC, a membrane-protein chaperone and insertase from Bacillus halodurans2014

    • Author(s)
      Kumazaki K, Tsukazaki T, Nishizawa T, Tanaka Y, Kato HE, Nakada-Nakura Y, Hirata K, Mori Y, Suga H, Dohmae N, Ishitani R, Nureki O
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun

      Volume: 70 Pages: 1056-1060

    • DOI

      doi: 10.1107/S2053230X14012540

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structure of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial Qri7 in complex with AMP2014

    • Author(s)
      Tominaga T, Kobayashi K, Ishii R, Ishitani R, Nureki O
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun

      Volume: 70 Pages: 1009-1014

    • DOI

      doi: 10.1107/S2053230X14014046

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of Enpp62014

    • Author(s)
      Morita J, Kato K, Mihara E, Ishitani R, Takagi J, Nishimasu H, Aoki J, Nureki O
    • Journal Title

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun

      Volume: 70 Pages: 794-799

    • DOI

      doi: 10.1107/S2053230X14008929

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structure of a claudin provides insight into the architecture of tight junctions2014

    • Author(s)
      Suzuki H, Nishizawa T, Tani K, Yamazaki Y, Tamura A, Ishitani R, Dohmae N, Tsukita S, Nureki O, Fujiyoshi Y
    • Journal Title

      Science

      Volume: 344 Pages: 304-307

    • DOI

      doi: 10.1126/science.1248571

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Structural basis of Sec-independent membrane protein insertion by YidC2014

    • Author(s)
      Kumazaki K, Chiba S, Takemoto M, Furukawa A, Nishiyama K, Sugano Y, Mori T, Dohmae N, Hirata K, Nakada-Nakura Y, Maturana AD, Tanaka Y, Mori H, Sugita Y, Arisaka F, Ito K, Ishitani R, Tsukazaki T, Nureki O
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 509 Pages: 516-520

    • DOI

      doi: 10.1038/nature13167

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae mitochondrial GatFAB reveals a novel subunit assembly in tRNA-dependent amidotransferases2014

    • Author(s)
      Araiso Y, Huot JL, Sekiguchi T, Frechin M, Fischer F, Enkler L, Senger B, Ishitani R, Becker HD, Nureki O
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res

      Volume: 42 Pages: 6052-6063

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gku234

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 先端放射光を用いたチャネル・トランスポーターの高分解能構造解析と分子機構の解明2015

    • Author(s)
      石谷隆一郎
    • Organizer
      日本放射光学会
    • Place of Presentation
      草津市,滋賀
    • Year and Date
      2015-01-11 – 2015-01-11
    • Invited
  • [Presentation] 炎症応答に関わる因子とその機能をモデュレートする化合物の構造生物学 ― Cyclic GMP-AMP合成酵素の結晶構造 ―2014

    • Author(s)
      石谷隆一郎
    • Organizer
      第37回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜市,神奈川
    • Year and Date
      2014-11-25 – 2014-11-25
    • Invited
  • [Presentation] 炎症応答に関わる因子の構造生物学 Cyclic GMP-AMP合成酵素の結晶構造2014

    • Author(s)
      石谷隆一郎
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都市左京区,京都
    • Year and Date
      2014-10-16 – 2014-10-16
    • Invited
  • [Presentation] Crystal structure of channelrhodopsin ― a light-gated cation channel ―2014

    • Author(s)
      石谷隆一郎
    • Organizer
      16th International Congress on Photobiology
    • Place of Presentation
      Universidad Nacional de Cordoba,Argentina
    • Year and Date
      2014-09-08 – 2014-09-08
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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