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2011 Fiscal Year Annual Research Report

動物・植物細胞のシグナル検知と伝達の構造生物学

Planned Research

Project AreaStructural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses
Project/Area Number 22121002
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

箱嶋 敏雄  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (00164773)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三島 正規  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (70346310)
Keywords構造生物学 / 分子生物学 / 生化学 / タンパク質 / 相互作用
Research Abstract

1.動物細胞のシグナル検知と伝達制御
運動の方向決定に関与するmyosin-Xについて,積荷認識ドメイン(MyTH4-FERMドメイン)と積荷の一つであるDCCとの複合体の構造解析に成功し,結果を論文発表(EMBO J. 2011)した.又,細胞のメカノセンサーとしてのα-cateninとvinculinとの張力依存的な特異的相互作用を説明可能な複合体の構造決定に成功した.
2.植物細胞のシグナル検知と伝達制御
ストリゴラクトン(SL)の受容体候補であるD14の構造研究では,平成23年11月の結晶データ収集の結果,期待していたデータが得られなかったので,再度,高分解能結晶作成を行う必要が生じ,平成24年12月まで延長して実験を進めた.又,SL受容体候補類似タンパク質D14Lはカリキン(KAR)の受容体候補であることが最近示されたが,その構造解析に向けて調製を試みた.又,結晶化条件の改善の為,ホルモンと受容体の相互作用を解析した.熱量計ITC200をフル稼働で使用し,SLのアゴニスト化合物であるGR24とGR5,またKARのKAR1との定量的な結合の強さを測定すると共に,複合体結晶作成を試みた. これらの実験で得た有望結晶で,SPring-8でのX線強度データ収集を平成24年の春から夏に試みた.その結果,高分解能(1.5Å~1.2Å)のX線強度データを複数の結晶から収集できた.
そのデータの構造解析を試みた結果,D14とD14-PMSF(阻害剤),D14Lの構造決定に成功し,その基本構造や活性部位の詳細を解明できた.一方,D14とGR24やGR5,D14LとKAR1との複合体と期待された結晶では,これらのホルモンアゴニストに相当する電子密度を同定することはできなかった.これらは,D14やD14Lの酵素としての活性によって分解した可能性が考えられた.この点は今後の課題となった.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では,1.動物細胞のシグナル検知と伝達制御と,2.植物細胞のシグナル検知と伝達制御の研究を推進してきた.両研究課題おいても,平成22年度と平成23年度の2年間で,約半数の構造決定の成功しており,予定よりも速いペースで研究が進んでいる.

Strategy for Future Research Activity

概ね順調に進んでいるので,引き続き,これまで通りの体制,本研究の始動期に形成した体制である博士研究員1名,研究員3名,技術補佐員1名,ならびに連携研究者である助教1名と大学院生14名(博士課程3名,修士課程9名),で推進していく.

  • Research Products

    (30 results)

All 2012 2011 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (24 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Insights into substrate recognition by the E. coli orf135 protein through its solution structure2012

    • Author(s)
      Kumiko Kawasaki
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 420 Pages: 263-268

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2012.02.146. Epub 2012 Mar 5.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ¹H, ¹³C and ¹⁵N NMR assignments of the Escherichia coli Orf135 protein.2012

    • Author(s)
      Kumiko Kawasaki
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign.

      Volume: 6 Pages: 1-4

    • DOI

      10.1007/s12104-011-9312-7. Epub 2011 May 7.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of cargo recognition by the myosin-X MyTH4–FERM domain2011

    • Author(s)
      Yoshinori Hirano
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 30 Pages: 2734-2747

    • DOI

      10.1038/emboj.2011.177.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins2011

    • Author(s)
      Teppei Ikeya
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 50 Pages: 137-146

    • DOI

      10.1007/s10858-011-9502-8. Epub 2011 Mar 30.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A mechanism for single-stranded DNA-binding protein (SSB) displacement from single-stranded DNA upon SSB-RecO interaction2011

    • Author(s)
      Jin Inoue
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 286 Pages: 6720-6732

    • DOI

      10.1074/jbc.M110.164210. Epub 2010 Dec 17.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structural basis of cargo recognition by the myosin-X MyTH4-FERM domain

    • Author(s)
      平野 良憲
    • Organizer
      XXII Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      スペイン マドリッド
  • [Presentation] Structural study of Werner syndrome DNA helicase.

    • Author(s)
      Ken Kitano
    • Organizer
      The EMBO meeting 2011
    • Place of Presentation
      オーストリア ウィーン
  • [Presentation] 微小管+端集積因子、EB1-CLASPの複合体結晶構造解析/ The crystal structure of EB1-CLASP complex

    • Author(s)
      森 智行
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] Myosin-XのMyTH4-FERMドメインによる積み荷認識機構の構造的基盤/ Structural basis of cargo recognition by the myosin-X MyTH4-FERM domain

    • Author(s)
      平野 良憲
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] 微小管ダイナミクスを制御する蛋白質群についての構造研究/ Structural studies of regulatory proteins for microtubule dynamics

    • Author(s)
      金場 哲平
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] PCNAのリングの内側に存在する酸性アミノ酸残基の機能解析/ Molecular analysis of acidic amino acid residues in the center hole of PCNA

    • Author(s)
      箱嶋 敏雄
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] タンパク質を加工する/ Modification of proteins for structural determination

    • Author(s)
      箱嶋 敏雄
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] NMR法によるマルチドメインタンパク質Protein kinase Cの構場造解析の試み

    • Author(s)
      秋吉克昂
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] 蛋白質間相互作用により生じる単鎖DNA 結合蛋白質(SSB/ RPA)のssDNA からの解離の一般的機構

    • Author(s)
      井上 仁
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] Molecular recognition of the C-terminal region of SMRT by SHARP and its dynamical aspect in transcriptional regulation

    • Author(s)
      三島正規
    • Organizer
      第49回 日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府 吹田市
  • [Presentation] Structural basis for the transcriptional regulation by SHARP

    • Author(s)
      Masaki Mishima
    • Organizer
      The 4th Asia-Pacific NMR Symposium
    • Place of Presentation
      中国 北京
  • [Presentation] Weak and transient interaction underlying the transcriptional corepressor SHARP/SMRT complex

    • Author(s)
      Masaki Mishima
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Autoinhibition and activation of end-binding 1 revealed by NMR

    • Author(s)
      Teppei Kanaba
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] An attempt to obtain the structural insight of the multidomain protein PKC by solution NMR

    • Author(s)
      Katsutaka Akiyoshi
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Structural and dynamical studies of transcriptional corepressor SHARP/SMRT complex

    • Author(s)
      Ayaho Kobayashi
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Structural study of ternary complex formation of IRF4 using NMR

    • Author(s)
      Kouhei Sakaki1
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Structural studies of tubulin tyrosine ligase 1

    • Author(s)
      Kunimichi Saeki
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Structural and dynamic studies of proteins in living cells by in-cell NMR spectroscopy

    • Author(s)
      Jumpei Hamatsu
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Structure determination of the protein G B1 domain in living cells by in-cell NMR spectroscopy

    • Author(s)
      Saori Hosoya
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Heteronuclear multidimensional NMR spectroscopy of proteins in human cultured cells

    • Author(s)
      Kaori Onishi
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] NMR structure refinement by torsion angle molecular dynamics simulation using a physical force field in CYANA

    • Author(s)
      Teppei Ikeya
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] In-cell NMR による細胞内蛋白質の分子動態解析

    • Author(s)
      濱津 順平
    • Organizer
      第34回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] Structure determination of protein G B1 domain in living cells by in-cell NMR spectroscopy

    • Author(s)
      Saori Hosoya
    • Organizer
      第34回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Presentation] 溶液NMR法を用いた全長Protein kinase Cの構造決定の試み

    • Author(s)
      Katsutaka Akiyoshi
    • Organizer
      第34回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県 横浜市
  • [Remarks] (新学術領域研究)構造細胞生物学ー細胞シグナリング複合体によるシグナル検知・伝達・応答の構造的基礎

    • URL

      http://convallaria.pharm.hokudai.ac.jp/scb/

URL: 

Published: 2015-05-28  

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