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2012 Fiscal Year Annual Research Report

動物・植物細胞のシグナル検知と伝達の構造生物学

Planned Research

Project AreaStructural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses
Project/Area Number 22121002
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

箱嶋 敏雄  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (00164773)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三島 正規  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (70346310)
Project Period (FY) 2010-06-23 – 2015-03-31
Keywords構造生物学 / 分子生物学 / 生化学 / タンパク質 / 相互作用
Research Abstract

1.動物細胞のシグナル検知と伝達制御
昨年度に結果を論文発表(EMBO J. 2011)した運動の方向決定に関与するmyosin-Xの積荷認識ドメイン(MyTH4-FERMドメイン)と積荷の一つであるDCCとの複合体の構造解析に引き続いて,積荷であるintegrinやtubulinとの複合体の調製を試みた.更に,細胞のメカノセンサーとして,張力依存的な特異的相互作用を説明可能な複合体の構造決定に成功したa-cateninとvinculinとの複合体や,メカノセンサー機構を説明可能な閉じた構造のa-cateninについて,変異導入などにより機能解析を進めて,論文作成の準備が整った.
また,細胞骨格・接着装置制御と細胞増殖等の細胞機能制御とのクロストーク接点の解明を目指した新展開研究では,zyxinのLIMドメインの結晶化とSPring-8でのX線強度データ収集や,Hippoシグナル上流のmerlinと種々の蛋白質との相互作用解析を進めた.
2.植物細胞のシグナル検知と伝達制御
昨年度から9ヶ月延長して実験を進めたストリゴラクトン(strigolactone, SL)の受容体候補であるD14と阻害剤との複合体の構造研究決定に成功した.更に,カリキン(karrikin, KAR)の受容体候補であることが最近示されたSL受容体候補類似タンパク質D14Lは,当初イネホモログで実験を進めたが,良好な結果は得られなかった.そこで,シロイヌナズナに切り替えて,平成25年7月までの4ヶ月延長して実験を進めることとした.
高親和性アブシジン酸受容体Pyl9については,以前に決定した構造に基づいて機能解析を購入した熱量計ITC200をフル稼働して進めて,高親和性の新しいメカニズムを発見して論文作成を開始した.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では,1.動物細胞のシグナル検知と伝達制御と,2.植物細胞のシグナル検知と伝達制御の研究を推進してきた.1.では,(i) 細胞運動:RacGEFであるTiam1の自己阻害・接着分子等の認識・活性化の機構(箱嶋・三島),(ii) 運動の方向:ミオシン-Xによる成長円錐端への特異的輸送機構,(iii) 力学的応答:-カテニンの張力センサー機構(箱嶋・平野)をすすめてきたが,(i),(ii),(iii)の全てにおいて構造解析や論文発表が終了しており,(iii)については今後発表していく.2.植物シグナル伝達における構造生物学の新展開では,(i) ジベレリン経路でのDELLAタンパク質のクロストークの構造的基礎と,(ii) 植物ホルモン受容体によるホルモン(ストリゴラクトンやサイトカイニン等)検知機構の解明(箱嶋・平野)を進めており,(i)については構造解析が進んでいる.(ii)については当初予定をほぼ完了しており,新たな展開を目指した展開を進めている.

Strategy for Future Research Activity

概ね順調に進んでいるので,引き続き,これまで通りの体制,本研究の始動期に形成した体制である博士研究員1名,研究員3名,技術補佐員1名,ならびに連携研究者である助教1名と大学院生10名程度で推進していく.

  • Research Products

    (25 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (20 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] NMR assignments of SPOC domain of the human transcriptional corepressor SHARP in complex with a C-terminal SMRT peptide2013

    • Author(s)
      Mikami S, Kanaba T, Ito Y, Mishima M
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign.

      Volume: 7 Pages: 267-270

    • DOI

      10.1007/s12104-012-9424-8. Epub 2012 Sep 18.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures of D14 and D14L in the strigolactone and karrikin signaling pathways2013

    • Author(s)
      Kagiyama M, Hirano Y, Mori T, Kim SY, Kyozuka J, Seto Y, Yamaguchi S, Hakoshima T
    • Journal Title

      Genes Cells.

      Volume: 18 Pages: 147-160

    • DOI

      10.1111/gtc.12025. Epub 2013 Jan 10.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microtubule-binding sites of the CH domain of EB1 and its autoinhibition revealed by NMR2013

    • Author(s)
      Kanaba T, Maesaki R, Mori T, Ito Y, Hakoshima T, Mishima M
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta.

      Volume: 1834 Pages: 499-507

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.10.013. Epub 2012 Nov 2.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Insights into substrate recognition by the Escherichia coli Orf135 protein through its solution structure2012

    • Author(s)
      Kawasaki K, Kanaba T, Yoneyama M, Murata-Kamiya N, Kojima C, Ito Y, Kamiya H, Mishima M
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: 420 Pages: 263-268

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2012.02.146. Epub 2012 Mar 5.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 1H, 13C and 15N NMR assignments of the Escherichia coli Orf135 protein2012

    • Author(s)
      Kawasaki K, Yoneyama M, Murata-Kamiya N, Harashima H, Kojima C, Ito Y, Kamiya H, Mishima M
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign.

      Volume: 6 Pages: 1-4

    • DOI

      10.1007/s12104-011-9312-7. Epub 2011 May 7.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 酵母の酸化ストレス耐性に関与するN-アセチルトランスフェラーゼMpr1の構造機能解析2012

    • Author(s)
      那須野亮, 平野良憲, 伊藤貴文, 箱嶋敏雄, 日び隆雄, 高木博史
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121214-20121216
  • [Presentation] 植物ホルモン受容体構造研究の最近の進歩2012

    • Author(s)
      箱嶋敏雄
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] 転写抑制因子SHARP/SMRT複合体の溶液構造とCK2によるSMRTのリン酸化2012

    • Author(s)
      三神すずか,金場哲平,小林彩保,伊藤 隆,三島正規
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] 溶液NMR法を用いたEB1の自己阻害及び活性化機構の構造研究2012

    • Author(s)
      金場哲平,前崎綾子,森 智之,伊藤 隆,箱島敏雄,三島正規
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] NMRによるマルチドメインタンパク質Protein kinase C全長の構造解析2012

    • Author(s)
      秋吉克昴,金場哲平,前崎綾子,宮崎健介,伊藤 隆,三島正規
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] 転写抑制補因子複合体SHARP/SMRTの構造解析2012

    • Author(s)
      小林彩保,金場哲平,三神すずか,伊藤 隆,三島正規
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] メチル基選択的プロトン標識を用いたHeLa細胞中の in-cell NMR解析2012

    • Author(s)
      晴柀貴洋,Dambarudhar Shiba Sankar Hembram,濱津順平,池谷鉄兵,三島正規,白川昌宏,伊藤 隆
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Multi-dimentional In-cell NMR Spectroscopy of Proteins in Hela Cells2012

    • Author(s)
      Dambarudhar Shiba Sankar Hembram, 濱津順平, 晴柀貴洋, 大西かおり,白川昌宏,池谷鉄兵,三島正規,伊藤隆
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Structural and dynamic studies of proteins in living cells by in-cell NMR spectroscopy2012

    • Author(s)
      Jumpei Hamatsu, Takahiro Shirai, Daniel Nietlispach, Teppei Ikeya, Massaki Mishima, Masahiro Shirakawa, and Yutaka Ito
    • Organizer
      ISNMR 2011, The international symposium on nuclear magnetic resonance 2011,(第50回NMR討論会)
    • Place of Presentation
      Osanbashi Yokohama (神奈川県横浜市)
    • Year and Date
      20121116-20121118
  • [Presentation] ベイズ法を利用した新規構造計算手法の開発2012

    • Author(s)
      池谷鉄兵, 嶋崎真那人, 三島正規, 伊藤 隆, Peter Guntert
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] NMRによるマルチドメインタンパク質PKCの構造解析2012

    • Author(s)
      秋吉克昂,金場哲平,前崎綾子,宮崎健介,伊藤 隆,三島正規
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] Sf9細胞のin-cell NMR:シグナル帰属と構造解析の試み2012

    • Author(s)
      濱津順平,田中 孝,白井隆弘,池谷鉄兵,三島正規,白川昌宏,伊藤 隆
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] Sf9細胞のin-cell NMRにおける測定条件の最適化2012

    • Author(s)
      田中孝,濱津順平,清和恵美子,池谷鉄兵,三島正規,伊藤 隆
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] Nonlinear Samplingデータに対する複数の信号再構成法の包括的な比較2012

    • Author(s)
      山本晃広,池谷鉄兵,角越和也,三島正規,伊藤 隆
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] 二面角系分子動力学計算を用いたタンパク質立体構造決定における構造最適化計算法の開発2012

    • Author(s)
      嶋崎真那人,池谷鉄兵,三島正規,伊藤 隆,Peter Guntert
    • Organizer
      第51回NMR討論会
    • Place of Presentation
      ウインクあいち (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20121108-20121110
  • [Presentation] Transferred cross-saturation 法を用いたEB1 のCH ドメインの微小管との結合界面の特定2012

    • Author(s)
      Teppei Kanaba, Ryoko Maesaki, Tomoyuki Mori, Yutaka Ito, Toshio Hakoshima, Masaki Mishima
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学 東山キャンパス (愛知県名古屋市)
    • Year and Date
      20120922-20120924
  • [Presentation] Structural and dynamic studies of protein in living cells by in-cell NMR spectroscopy2012

    • Author(s)
      Jumpei Hamatsu, Daniel Nietlispach, Hembram, D.S.S, Massaki Mishima, Teppei Ikeya, Masahiro Shirakawa, and Yutaka Ito
    • Organizer
      XXV ICMRBS
    • Place of Presentation
      Lyon Convention Centre, Lyon, France
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] Crystallographic Studies of Werner Syndrome DNA Helicase2012

    • Author(s)
      Ken Kitano, Sun-Yong Kim, Toshio Hakoshima
    • Organizer
      Meeting of the American Crystallographic Association (ACA2012)
    • Place of Presentation
      Westin Waterfront Hotel, Boston, USA
    • Year and Date
      20120728-20120801
  • [Presentation] RM蛋白質による膜貫通型プロテアーゼMT1-MMP認識の構造的基盤

    • Author(s)
      寺脇慎一,北野健,青山美樹,箱嶋敏雄
    • Organizer
      平成24年度 日本生化学会 関東支部例会
    • Place of Presentation
      群馬大学 昭和キャンパス(群馬県前橋市)
  • [Presentation] 構造細胞生物学への展開「何がわかって、何がわかっていないのか」

    • Author(s)
      箱嶋 敏雄
    • Organizer
      2012年度若手ワークショップ
    • Place of Presentation
      ホテルあかね (神奈川県足柄下郡湯河原町)
    • Invited

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Published: 2015-05-28  

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