2014 Fiscal Year Annual Research Report
小胞輸送の制御に関わる分子複合体群のＸ線結晶構造解析
| Project Area | Structural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses |
|---|
| Project/Area Number |
22121003
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
深井 周也 東京大学, 放射光連携研究機構, 准教授 (10361792)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
|
| Keywords | 分子認識 / シグナル伝達 / タンパク質複合体 / X線結晶構造解析 / 構造生物学 / 小胞輸送 / 低分子量GTPase |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
小胞輸送によるタンパク質や脂質の適切かつ正確な配置は，細胞の運動や形態変化，極性の形成などの「細胞の形と機能」に関わる多くのプロセスにおいて決定的に重要な役割を果たす．本研究では，「細胞の形と機能」の獲得において重要な役割を担う小胞輸送の制御に関わる分子複合体群のX線結晶構造解析を行い，複雑かつ精密に制御された複合体構築の原理と機能メカニズムの解明を通して小胞輸送制御のメカニズムを原子の精度で明らかにすることを目的とする．今年度は，低分子量GTPase Rabを細胞小器官の膜に固定する役割を担う膜タンパク質GDFについて，リポソームに埋め込んだGDFを抗原とすることで，高分解能結晶の作成に有効な立体構造を特異的に認識する抗体の調製を試みたが、期待した抗体は得られなかった．一方，これまでに試していなかった生物種の結晶化を行うことで微結晶を得た．C末端に一回膜貫通ヘリックスをもつタンパク質（TAタンパク質）を小胞体膜に挿入するGET複合体では，小胞体膜上のGET3受容体であるGET1/2複合体を安定に調製して結晶化を試みたが，結晶は得られなかった．一方，TAタンパク質の品質管理に関わるBag6タンパク質のTAタンパク質結合ドメインを同定し，その結晶構造を決定した．3.0 A分解能で構造決定を行ったM-Sec（Exocyst複合体のSec6サブユニットのホモログ）は， PIP2およびRalとの結合に関する機能解析の結果と合わせて論文を投稿し、現在改訂中である．Exocyst複合体全体については，共発現コンストラクトの改良による試料の改善を検討したが，構造解析に適する質と量の試料調製にはさらなる工夫が必要である．構造未知であるSec10サブユニットについては，セレノメチオニン標識タンパク質を用いた異常分散法による位相決定を試みたが，構造決定には，結晶のさらなる改善が必要である．
|
| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
|
| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
|
-
[Journal Article] Mechanisms of splicing-dependent trans-synaptic adhesion by PTPδ-IL1RAPL1/IL-1RAcP for synaptic differentiation2015
Author(s)
Yamagata A., Yoshida, T., Sato, Y., Goto-Ito, S., Uemura, T., Maeda, A., Shiroshima, T., Iwasawa-Okamoto, S., Mori, H., Mishina, M., Fukai , S.
-
Journal Title
Nature Communications
Volume: 6
Pages: 6926
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
[Journal Article] Structure of Slitrk2-PTPδ complex reveals mechanisms for splicing-dependent trans-synaptic adhesion2015
Author(s)
Yamagata A., Sato, Y., Goto-Ito, S., Uemura, T., Maeda, A., Shiroshima, T., Yoshida, T., Fukai , S.
-
Journal Title
Scientific Reports
Volume: 5
Pages: 9686
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
[Journal Article] Structural basis for ubiquitin recognition by ubiquitin-binding zinc finger of FAAP202015
Author(s)
Toma, A, Takahashi, T. S., Sato, Y., Yamagata, A., Goto-Ito, S., Nakada, S., Fukuto, A., Horikoshi, Y., Tashiro, S., Fukai, S.
-
Journal Title
PLoS One
Volume: 10
Pages: e0120887
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
-
[Journal Article] Structures of CYLD USP with Met1- or Lys63-linked diubiquitin reveal mechanisms for dual specificity2015
Author(s)
Sato, Y., Goto, E., Shibata, Y., Kubota, Y., Yamagata, A., Goto-Ito, S., Kubota, K., Inoue, J., Takekawa, M., Tokunaga, F., Fukai, S.
-
Journal Title
Nature Structural & Molecular Biology
Volume: 22
Pages: 222-229
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
-
[Journal Article] Switching and emergence of CTL epitopes in HIV-1 infection2014
Author(s)
Han, C., Kawana-Tachikawa, A., Shimizu, A., Zhu D., Nakamura, H., Adachi, E., Kikuchi, T., Koga, M., Koibuchi, T., Gao, G.F., Sato, Y., Yamagata, A., Martin, E., Fukai, S., Brumme, Z.L.,Iwamoto, A.
-
Journal Title
Retrovirolgy
Volume: 11
Pages: 38
DOI
Peer Reviewed
-
-
-
