2010 Fiscal Year Annual Research Report
パーソナルゲノム解析に基づくALSの疾患関連遺伝子探索と病態解明
| Project Area | Personal genome-based initiatives toward understanding bran diseases |
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| Project/Area Number |
22129005
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
田中 章景 名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (30378012)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
熱田 直樹 名古屋大学, 医学部附属病院, 助教 (90547457)
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| Keywords | 次世代シーケンサー / 病因遺伝子 / 家族性ALS |
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| Research Abstract |
我々は、Japanese Consortium for Amyotrophic Lateral Sclerosis(JaCALS)を立ち上げ、ALS患者のDNAと臨床情報をリンクさせながらデータ収集を行い、ゲノムワイド関連解析(GWAS)による疾患感受性遺伝子の同定を図ってきた。一方、ALSにおいては、近年、特に家族性ALSの原因遺伝子が次々と明らかになってきている。そこで、我々が集積してきた家族性ALSのDNAサンプルを用い、新規病因遺伝子の同定に向けた研究を推進した。患者、健常者を含め6家系11名について、次世代シーケンサーを用いてエクソーム解析を行った。このうち、2世代4名(患者2名、健常者2名)のシーケンスを行った家系では、common variantsである既報告SNPsを除外したrare variantsのうち、患者に共通するものとして、single nucleotide variations(SNVs)136個、indel4個を同定した。これらのうち、健常者でも認められるvariantsを除外することにより、疾患原因候補変異をSNV61個、indel4個まで絞ることができた。他の家系については、家系内で集積できているサンプル数が少ないこともあり、候補変異の絞り込みにはさらなるサンプル集積が必要であると考えられた。一方、新規の遺伝子変異を持つ家族性ALS家系を新たに同定していくためには既知の遺伝子変異を効率的にスクリーニングするシステムの構築が必須である。そこで、我々は次世代シーケンサーを用い、マルチプレックスPCRを経てアンプリコンシーケンスを行いこれらをスクリーニングするシステムの構築に着手した。
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