2014 Fiscal Year Annual Research Report
細胞モデルに基づく臓器モデル記述系と並列実行系に関する研究
| Project Area | Establishment of Integrative Multi-level Systems Biology and its Applications |
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22136004
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| Research Institution | Ritsumeikan University |
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Principal Investigator |
天野 晃 立命館大学, 生命科学部, 教授 (60252491)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
嶋吉 隆夫 京都大学, 情報学研究科, 助教 (60373510)
国枝 義敏 立命館大学, 情報理工学部, 教授 (90153311)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 生体生命情報学 / 細胞モデル / モデル記述言語 / 心臓モデル / 自動並列化 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成26年度は，今までに開発したシステムについて，特に非情報系研究者にも使いやすいシステムとなるように，インタフェースや公開方法の整備を行った．具体的には，本システムの最大の特徴である連成計算スキームと，計算対象である細胞モデルの関係を記述するファイルである関係記述ファイルのオーサリングツールを構築した．このツールでは，どの変数を時間と共に変化する変数，あるいは時間によって変化しない定数とするか等の境界条件を設定できる．生成されたファイルを用いて，グラフィカルインタフェースのボタンにより，自動的に計算プログラムが生成され，さらに，自動的に計算を実行し，結果をグラフとして表示できるシステムを実現した．このシステムは，自由にダウンロードして使用できるようにウエブで公開しており，また，連成計算スキーム記述言語である TecML に関しても，ウェブで情報を公開している．また，システムそのものに関しては，生成される並列計算プログラムの効率を上げるシステムを追加し，実際に実行した際に生じるロードバランスの不均衡を解消するように，並列計算の要素分割を修正するシステムを実現した．このシステムにより，適当に設定した初期要素分割に比べて，かなり安定して高速化が図れる要素分割を実現することができるようになった．
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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