• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2015 Fiscal Year Annual Research Report

生体リズムの少数性生物学-生命システムにおけるターンオーバー制御と分子少数性-

Planned Research

Project AreaSpying minority in biological phenomena -Toward bridging dynamics between individual and ensemble processes-
Project/Area Number 23115006
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

上田 泰己  東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (20373277)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 大出 晃士  東京大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (40612122)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
Keywords概日時計 / 質量分析 / 絶対定量 / ターンオーバーレート / 分子少数性
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、比較的低コピーで機能していると考えられている哺乳類概日時計振動体を構成する転写因子について、その分子少数性を評価し、それらのターンオーバーレートが概日周期長に与える影響について、分子・細胞・個体の各階層で調べることを目指している。
昨年度までに、概日時計振動体を構成すると考えられている全てのクラスの転写制御因子の絶対定量に成功し、具体的な1細胞あたりの分子コピー数として描出することに成功していた。本年度は、そこで検出された分子数変動が真に概日時計依存的なものであることを、概日時計機能を欠くノックアウトマウスを用いて、それらの変動が消失していることを確認することで示した。さらに、絶対定量の感度・正確性を示すために、限られたサンプリングポイントの概日時計タンパク質定量値から、概日時計の位相を正確に予測可能であることを示した。
ターンオーバーレートと概日時計周期長の関係については、網羅的変異体解析から、CRY1タンパク質の安定性と概日周期長が相関することを細胞・個体レベルで示すことに成功した。さらに、より興味深いことに、特定のCRY1領域への変異導入は、CRY1の安定性に大きな影響を与えることなく、概日周期長を顕著に変化させることを見出した。また、2000分子/細胞を下回る非常に少ない発現量を経るPER2タンパク質はCRY1タンパク質との相互作用を介して、マウス個体レベルでの安定した周期長維持に重要であることを示した。これらの結果を元に、分子数(量)が少数個で変動する一見すると不安定な概日時計制御に於いて、タンパク質の修飾・構造変化(質)が安定した発振周期長をもたらす機構を議論するに至った。

Research Progress Status

27年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (29 results)

All 2016 2015

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (18 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 18 results)

  • [Journal Article] Involvement of Ca2+-dependent hyperpolarization in sleep duration in mammals2016

    • Author(s)
      Fumiya Tatsuki, Genshiro A. Sunagawa, Shoi Shi, Etsuo A. Susaki, Hiroko Yukinaga, Dimitri Perrin, Kenta Sumiyama, Maki Ukai-Tadenuma, Hiroshi Fujishima, Rei-ichiro Ohno, Daisuke Tone, Koji L. Ode, Katsuhiko Matsumoto, Hiroki R. Ueda
    • Journal Title

      Neuron

      Volume: 印刷中 Pages: 印刷中

    • DOI

      10.1016/j.neuron.2016.02.032

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Whole-body and Whole-Organ Clearing and Imaging Techniques with Single-Cell Resolution: Toward Organism-Level Systems Biology in Mammals2016

    • Author(s)
      Etsuo A. Susaki, Hiroki R. Ueda
    • Journal Title

      Cell Chemical Biology

      Volume: 23 Pages: 137-157

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2015.11.009

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mammalian Reverse Genetics without Crossing Reveals Nr3a as a Short-Sleeper Gene2016

    • Author(s)
      Genshiro A. Sunagawa, Kenta Sumiyama, Maki Ukai-Tadenuma, Dimitri Perrin, Hiroshi Fujishima, Hideki Ukai, Osamu Nishimura, Shoi Shi, Rei-ichiro Ohno, Ryohei Narumi, Yoshihiro Shimizu, Daisuke Tone, Koji L. Ode, Shigehiro Kuraku, Hiroki R. Ueda
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 14 Pages: 662-677

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2015.12.052

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] 個体レベルのシステム生物学2016

    • Author(s)
      張千惠, 洲﨑悦生, 上田泰己
    • Journal Title

      臨床整形外科

      Volume: 51 Pages: 180-183

  • [Journal Article] Advanced CUBIC protocols for whole-brain and whole-body clearing and imaging2015

    • Author(s)
      Etsuo A. Susaki, Kazuki Tainaka, Dimitri Perrin, Hiroko Yukinaga, Akihiro Kuno, Hiroki R. Ueda
    • Journal Title

      Nature protocols

      Volume: 10 Pages: 1709-1727

    • DOI

      10.1038/nprot.2015.085

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Seeing the forest and trees: whole-body and whole-brain imaging for circadian biology2015

    • Author(s)
      Koji L. Ode, Hiroki R. Ueda
    • Journal Title

      Diabetes, Obesity and Metabolism

      Volume: 17 Sup. 1 Pages: 47-54

    • DOI

      10.1111/dom.12511.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] マウス全脳・全身を透明化し1細胞解像度で観察する新技術を開発2015

    • Author(s)
      久野朗広, 洲崎悦生, 田井中一貴, 上田泰己
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 53 Pages: 737-740

  • [Journal Article] 脳の見える化―構造編 細胞を見る 脳の透明化と構造情報処理2015

    • Author(s)
      史蕭逸, 洲崎悦生, 上田泰己
    • Journal Title

      Clin Neurosci

      Volume: 33 Pages: 639-642

  • [Journal Article] 1細胞解像度個体全身三次元イメージング2015

    • Author(s)
      久保田晋平, 田井中一貴, 上田泰己
    • Journal Title

      細胞工学

      Volume: 34 Pages: 272-282

  • [Journal Article] CUBICを用いた全身三次元病理解析2015

    • Author(s)
      須山孟, 田井中一貴, 上田泰己
    • Journal Title

      心臓

      Volume: 47 Pages: 227-284

  • [Journal Article] 脳を透明にする2015

    • Author(s)
      岸野文昭, 洲崎悦生, 上田泰己
    • Journal Title

      生物物理

      Volume: 55 Pages: 145-147

  • [Presentation] 体内の「時間」の理解にむけて -全身透明化の先に見えるもの-2016

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      第30回日本がん看護学会学術集会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県千葉市美浜区)
    • Year and Date
      2016-02-20
    • Invited
  • [Presentation] 全身・全脳透明化の先に見えてくるもの ~生命の『時間』の謎の解明に向けて~2016

    • Author(s)
      Hiroki R. Ueda
    • Organizer
      West BIOS 2016
    • Place of Presentation
      San Francisco (USA)
    • Year and Date
      2016-02-13 – 2016-02-18
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Towards Organisms-level Systems Biology2015

    • Author(s)
      Hiroki R. Ueda
    • Organizer
      Pacifichem2015
    • Place of Presentation
      Hawaii (USA)
    • Year and Date
      2015-12-14 – 2015-12-21
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 外部光環境の内部表現機構としての概日時計システム2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] The post-translational landscape of mammalian circadian clock; an MS-based analysis of CRY1 and beyond2015

    • Author(s)
      大出晃士
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] CUBIC: whole-organ, whole-body imaging with single-cell resolution using chemical cocktails2015

    • Author(s)
      田井中一貴
    • Organizer
      第38回日本分子生物学会
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] 全身・全脳透明化の先に見えるもの ―個体レベルの「時間」の理解に向けて―2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      脳心血管抗加齢研究会2015
    • Place of Presentation
      秋葉原UDX(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-11-29
    • Invited
  • [Presentation] 全脳・全身透明化から見えてくるもの -個体システムの合成生物学に向けてー2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      細胞を創る研究会8.0
    • Place of Presentation
      大阪大学(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2015-11-12 – 2015-11-13
    • Invited
  • [Presentation] Towards Organisms-level Systems Biology at Single-cell Resolution2015

    • Author(s)
      Hiroki R. Ueda
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Asia Conferences
    • Place of Presentation
      Suzhou (USA)
    • Year and Date
      2015-10-26 – 2015-10-30
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Whole-body and whole-brain imaging with single-cell resolution by CUBIC2015

    • Author(s)
      Hiroki R. Ueda
    • Organizer
      2015 Society for Neuroscience
    • Place of Presentation
      Chicago (USA)
    • Year and Date
      2015-10-16 – 2015-10-26
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 個体レベルの「時間」の理解に向けて ―全身・全脳透明化の先に見えるもの―2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会
    • Place of Presentation
      金沢大学(石川県金沢市)
    • Year and Date
      2015-09-15
    • Invited
  • [Presentation] Towards System-level Understanding of Mammalian Circadian Clocks2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      Asian Forum on Chronobiology in 2015
    • Place of Presentation
      北海道大学(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2015-09-06 – 2015-09-07
    • Invited
  • [Presentation] Mammalian cryptochrome 1 regulates circadian period through its co-factor pocket2015

    • Author(s)
      Koji L. Ode
    • Organizer
      XIV EBRS and IV WCC
    • Place of Presentation
      Manchester (UK)
    • Year and Date
      2015-08-02 – 2015-08-06
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 全身・全脳透明化の先に見えるもの ―個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      第47回日本動脈硬化学会総会・学術集会
    • Place of Presentation
      仙台国際センター(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2015-07-08 – 2015-07-09
    • Invited
  • [Presentation] CUBIC: Whole-organ, whole-body imaging with single-cell resolution using hydrophilic chemical cocktails2015

    • Author(s)
      Kazuki Tainaka
    • Organizer
      International Conference on Systems Biology of Human Disease 2015
    • Place of Presentation
      Heidelberg (German)
    • Year and Date
      2015-07-06 – 2015-07-08
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 全身・全脳透明化の先に見えるもの ―個体レベルのシステム生物学の実現に向けて―2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      第56回日本心身医学会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京都江戸川区)
    • Year and Date
      2015-06-26
    • Invited
  • [Presentation] 個体レベルのシステム生物学の実現に向けて2015

    • Author(s)
      上田泰己
    • Organizer
      第88回日本内分泌学会学術総会
    • Place of Presentation
      ホテルニューオータニ東京(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2015-04-24
    • Invited
  • [Presentation] Systems biology of circadian clocks2015

    • Author(s)
      Hiroki R. Ueda
    • Organizer
      16th IGIS Symposium
    • Place of Presentation
      Nice (France)
    • Year and Date
      2015-04-09 – 2015-04-12
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2017-01-06  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi