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2015 Fiscal Year Annual Research Report

知能分子ロボット実現に向けた化学反応回路の設計と構築

Planned Research

Project AreaDevelopment of Molecular Robots equipped with sensors and intelligence
Project/Area Number 24104003
Research InstitutionThe University of Electro-Communications

Principal Investigator

小林 聡  電気通信大学, 情報理工学(系)研究科, 教授 (50251707)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 山下 雅史  九州大学, システム情報科学研究科(研究院, 教授 (00135419)
小宮 健  東京工業大学, 総合理工学研究科(研究院), 助教 (20396790)
藤本 健造  北陸先端科学技術大学院大学, マテリアルサイエンス研究科, 教授 (90293894)
鈴木 泰博  名古屋大学, 情報科学研究科, 准教授 (50292983)
Project Period (FY) 2012-06-28 – 2017-03-31
Keywords分子ロボット / DNAコンピュータ / 自己組織化 / 知能ロボティクス / 生体生命情報学
Outline of Annual Research Achievements

回路素子の高性能化と新しい計算モデルに関する研究の進展と同時に,開発した素子を他班と連携しながら統合化・システム化することを試みた.
DNA鎖置換反応の高速化に関しては,異なる加速効果を有する3種類の光応答性塩基の作成に成功した.またこれらの人工塩基とそれに結合する相補鎖の水素結合様式に応じて異なる加速効果が得られることを見出した.例えばシトシンへの光操作において通常相補塩基はグアニンであるが、イノシンやアミノプリンに変換することでDNA鎖置換反応を3倍から5倍程度高速化させることに成功した.Time-responsive なアナログ回路の設計方法については,一般の化学反応系に一般化して議論し,加算・乗算・除算のみからなる回路の「標準形」を導入することにより,その設計が容易になるという見通しを得た.スライム班との連携により,反応回路のハイブリッド性も重要であるとの知見も得た.
また,感覚班との連携により,感覚と知能の機能要素を統合した分子ロボットのプロトタイプを設計した.具体的には,センサーとしてのDNAナノ構造体をロボット躯体であるベシクル表面に提示し,外部環境の刺激をセンサーが受け取ると,ベシクル内部に情報を伝達して化学反応回路が駆動し,ロボットプロトタイプが動作する設計である.
新しい計算モデルを探求するために,反応中間体を介した分子反応系の安定性を数理的に示し,この性質を有する自己維持的な反応系を作成した.またノイズ条件下の環境に適応し分子を選択して反応を続けることが可能な系の予備実験を行った.また,自律分散システム論の立場から,分子ロボット群の理論解析も行った.自己組織化を実現するためには,匿名性,無記憶性,ランダム性が重要であることを示した.また,感覚班の瀧ノ上のビーズの抽象モデルとみなせる個体群プロトコルを用いて,自励振動の発現について興味深い理論的成果を得た.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

回路の高性能化に関しては,3種類の新しい光応答性塩基を開発することに成功しているだけでなく,相補鎖の塩基との水素結合様式により,様々な加速効果が得られることを見出している.これは,加速効果の多様性を利用した計算モデルの可能性も示唆しており,重要な研究の進展である.また,Time-responsive なアナログ回路の設計に関しても,従来の化学反応ネットワークの設計で必要となる難しい反応パラメータの調整の問題に関して,回路の標準形を考えることにより設計が容易になるという見通しを得ており,十分な研究の進展が得られている.
また,他班との連携による回路素子のシステム化に関しては,分子ロボットが外部刺激を受容してマクロな応答動作をする上で必須となる,機能要素間での分子濃度のギャップを克服するDNAシグナル等温増幅回路について,非特異反応の抑制を実現した.この成果により,センサーと化学反応回路を統合したプロトタイプを設計通り動作させる目処がつき,おおむね当初の計画通りに研究が進展している.
新しい計算モデルの探求については,感覚班から異動した鈴木の貢献により,鎖置換反応を利用した自己維持的な化学反応系の設計と実装に着手できており,自律分散システム論の立場からも,山下らにより理論的に極めて興味深い成果を得ている.また,スライム班との連携により,化学反応回路のハイブリッド性が重要であるとの知見も得ており,新しい計算モデルや理論への展開が大いに期待できる状況になっている.
以上を総合して,2015年度の研究計画はおおむね順調に進展していると考える.

Strategy for Future Research Activity

本年度は最終年度ということで、回路の高性能化や計算モデルの構築、センサーやアクチュエータとのインタフェースの開発などの研究を班内の連携で進展させるだけでなく,分子ロボットの設計論の構築と実装に向けて,他班との連携を一層強く推進することを目指す.
回路の高速化に関しては,これまで開発した人工光応答性塩基群と相補鎖塩基の組み合わせで,50種類以上の異なったDNA鎖交換加速性能を有するライブラリーを作成し、各種論理計算を行う.班内の情報系と実験系の研究者の連携により,蛍光測定によるDNA鎖交換反応の実測データと光架橋による高速化DNA鎖交換反応の数値シミュレーションを比較検討することにより,更なる研究の進展を目指す.
分子ロボットの実機作製に関しては,これまでに構築したDNAシグナル等温増幅回路をベシクル内で機能させ,分子ロボットのプロトタイプによる光応答動作を実現する.さらにアメーバ班とも連携して分子モータも導入し,本領域の最終目標である,全機能要素(感覚・知能・アクチュエータ)を統合したアメーバ型分子ロボットの構築に取り組む.
新たな計算モデルの提案とそれによる解析に関しては,自己維持的な化学反応系の設計と構築や,自律分散システム論的な理論解析を進めるだけでなく,スライム班や感覚班等の他班との連携により,学習能力などのより高度な知能を備えた分子ロボットの設計と構築に向けた議論を展開し,領域全体として将来の知的分子ロボット群の計算モデルを提案することを目指す.

  • Research Products

    (23 results)

All 2016 2015 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Acknowledgement Compliant: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 2 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] King's College(United Kingdom)

    • Country Name
      United Kingdom
    • Counterpart Institution
      King's College
  • [Int'l Joint Research] Univ. Ottawa(Canada)

    • Country Name
      Canada
    • Counterpart Institution
      Univ. Ottawa
  • [Journal Article] Molecular computers for molecular robots as hybrid systems2016

    • Author(s)
      Masami Hagiya, Nathanael Aubert-Kato, Shaoyu Wang, Satoshi Kobayashi
    • Journal Title

      Theoretical Computer Science

      Volume: 未定 Pages: 未定

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2015.11.002

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Photo-cross-linking using trifluorothymidine and 3-cyanovinylcarbazole induced large shifted 19F MR signal2015

    • Author(s)
      Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 51 Pages: 11765 - 11768

    • DOI

      10.1039/C5CC02972D

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] DNA Photo-cross-linking using 3-Cyanovinylcarbazole Modified Oligonucleotide with Threoninol Linker2015

    • Author(s)
      Takashi Sakamoto, Yuya Tanaka, Kenzo Fujimoto
    • Journal Title

      Organic Letters

      Volume: 17 Pages: 936 - 939

    • DOI

      10.1021/acs.orglett.5b00035

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Critical Effect of Base Pairing of Target Pyrimidine on the Inter-strand Photo-cross-linking of DNA via 3-Cyanovinylcarbazole Nucleoside2015

    • Author(s)
      Takashi Sakamoto, Minako Ooe, Kenzo Fujimoto
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: 26 Pages: 1475 - 1478

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.5b00352

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Cascading DNA Generation Reaction for Controlling DNA Nanomachines at a Physiological Temperature2015

    • Author(s)
      Ken Komiya, Masayuki Yamamura
    • Journal Title

      New Generation Computing

      Volume: 33 Pages: 213-229

    • DOI

      10.1007/s00354-015-0304-5

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Pattern Formation by Oblivious Asynchronous Mobile Robots2015

    • Author(s)
      Nao Fujinaga, Yukiko Yamauchi, Hirotaka Ono, Shuji Kijima, Masafumi Yamashita
    • Journal Title

      SIAM Journal on Computing

      Volume: 44 Pages: 740-785

    • DOI

      10.1137/140958682

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Constructing Self-stabilizing Oscillators in Population Protocols2015

    • Author(s)
      Colin Cooper, Anissa Lamani, Giovanni Viglietta, Masafumi Yamashita, Yukiko Yamauchi
    • Journal Title

      Proc. of 17th International Symposium on Stabilization, Safety,and Security of Distributed Systems

      Volume: No volume number Pages: 187-200

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Forming sequences of geometric patterns with oblivious mobile robots2015

    • Author(s)
      Shantanu Das, Paola Flocchini, Nicola Santoro, Masafumi Yamashita
    • Journal Title

      Distributed Computing

      Volume: 28 Pages: 131-145

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Plane Formation by Synchronous Mobile Robots in the Three Dimensional Euclidean Space2015

    • Author(s)
      Yukiko Yamauchi, Taichi Uehara, Shuji Kijima, Masafumi Yamashita
    • Journal Title

      Proc. of International Symposium on Distributed Computing 2015

      Volume: No volume number Pages: 92-106

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Chemical Reaction Networks by using Strand displacement reactions and its application for Molecular Robotics2016

    • Author(s)
      Yasuhiro Suzuki
    • Organizer
      International Symposium on Artificial Life and Robotics
    • Place of Presentation
      大分県 別府市
    • Year and Date
      2016-01-19 – 2016-01-19
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of a Novel Fluorescence In Situ Hybridization Method Using Photoreactive Oligonuculeotide as a Fluorescent Probe2015

    • Author(s)
      Kei Toyosato, Takashi Sakamoto, Kenzo Fujimoto
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-12-19 – 2015-12-19
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNAシグナル生成反応の展開2015

    • Author(s)
      小宮健
    • Organizer
      第59回分子生物情報研究会(SIG-MBI)
    • Place of Presentation
      神奈川県、横浜市
    • Year and Date
      2015-11-14 – 2015-11-14
    • Invited
  • [Presentation] New insight of Engineering Expression System based on ultrafast DNA and RNA photo-cross-linking2015

    • Author(s)
      Shigetaka Nakamura, Kenzo Fujimoto
    • Organizer
      PEGS Europe 2015
    • Place of Presentation
      Lisbon, Portugal
    • Year and Date
      2015-11-03 – 2015-11-03
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Toward Efficient Computation of Chemical Equilibria of Interacting Nucleic Acid Strands Including Pseudoknots2015

    • Author(s)
      Mizuki Yokoshima, Satoshi Kobayashi
    • Organizer
      Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2015
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2015-10-28 – 2015-10-28
  • [Presentation] Toward Design and Analysis of Analog Computing Chemical Reaction Circuits2015

    • Author(s)
      Daiki Matsuwaki, Satoshi Kobayashi
    • Organizer
      Chem-Bio Informatics Society(CBI) Annual Meeting 2015
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2015-10-28 – 2015-10-28
  • [Presentation] Construction of a DNA Generation Circuit for a Molecular Robot2015

    • Author(s)
      Ken Komiya, Chizuru Noda, Masayuki Yamamura
    • Organizer
      CBI学会2015年大会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2015-10-27 – 2015-10-29
  • [Presentation] Construction of a DNA generation reaction system for autonomous DNA-based computing at a physiological temperature2015

    • Author(s)
      Ken Komiya, Kesu Dong, Toshio Takenaka, Masayuki Yamamura
    • Organizer
      第53回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      石川県、金沢市
    • Year and Date
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [Presentation] Development about 19F chemical shift imaging of DNA conformation change2015

    • Author(s)
      Kenzo Fujimoto
    • Organizer
      World Molecular Imaging Congress (WMIC2015)
    • Place of Presentation
      Hawaii, USA
    • Year and Date
      2015-09-02 – 2015-09-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 抽象化学系による計算とその展開2015

    • Author(s)
      鈴木泰博
    • Organizer
      日本コンピュータ化学会秋期大会
    • Place of Presentation
      北海道、函館市
    • Year and Date
      2015-09-01 – 2015-09-01
    • Invited
  • [Presentation] Some remarks on the Chemical Reaction Networks implemented by using DNA2015

    • Author(s)
      Yasuhiro Suzuki
    • Organizer
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • Place of Presentation
      Harvard Univ., USA
    • Year and Date
      2015-07-17 – 2015-07-17
    • Int'l Joint Research
  • [Book] 自然計算へのいざない2015

    • Author(s)
      編著:小林 聡、萩谷昌己、横森 貴
    • Total Pages
      210
    • Publisher
      近代科学社

URL: 

Published: 2017-01-06  

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