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2015 Fiscal Year Annual Research Report

酵素触媒反応種の状態変化と活性制御に関する理論的研究

Planned Research

Project AreaStimuli-responsive Chemical Species for the Creation of Functional Molecules
Project/Area Number 24109014
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

吉澤 一成  九州大学, 先導物質化学研究所, 教授 (30273486)

Project Period (FY) 2012-06-28 – 2017-03-31
Keywords量子化学 / 酵素反応 / 触媒
Outline of Annual Research Achievements

新学術領域「感応性化学種が拓く新物質科学」のA04班の計画班長として本研究に参画し、酵素触媒反応種の状態変化と活性制御に関する理論的研究を推進した。酵素触媒反応の原動力となる金属活性種の構造と反応性について探索するため、実験研究者との共同研究体制の下に量子化学計算および分子力学計算による理論研究を展開した。理論計算化学は、実験的に観測困難な化学種の構造、反応、物性の研究に極めて有効な手段であり、最近の最先端研究における理論計算の役割は極めて重要である。本研究では理論計算化学の立場から、高周期典型元素と遷移元素を活性中心にもつ酵素反応系を対象として、実在系に生成する感応性化学種の発見に努めた。また、大規模量子化学計算を用いて活性中心の周辺環境や反応過程に応じて状態を変化させる感応性化学種の発見と、それらが受ける摂動メカニズムの解明に寄与した。本研究では、とくに金属酵素と関連するモデル錯体について、酸化反応などの生体模倣反応の機構について理論的研究を行った。密度汎関数法やQM/MM法により現実系の大規模計算を行い、酵素触媒反応種の構造と分光学的研究を行った。反応過程で生成する中間体のスピン状態変化およびタンパク質中での電子移動が、金属の関与する酵素触媒反応を理解するための鍵となることを明らかにした。実験による不安定活性種の観測は困難なため、量子化学計算は有効な研究手段となる。平成27年~28年には27報の原著論文を報告した。その内、複数のグループとの領域内共同研究は14報の論文として発表され、領域内共同研究の推進にとくに貢献した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

領域内外の実験研究者と金属酵素と関連するモデル錯体について、生体模倣反応の機構について理論研究の立場から共同研究を行った。密度汎関数法により現実系の大規模計算を行い、酵素触媒反応種の構造と反応性及び分光学的研究を行った。平成27年~28年には27報の原著論文を報告した。その内、領域内共同研究は14報であり、領域内共同研究の推進にとくに貢献した。理論と実験のインタープレイによって、とくに複雑な酵素触媒反応の機構解明に資する研究が達成できた。

Strategy for Future Research Activity

金属酵素や関連する人工触媒で働く金属活性種は、電子の授受やスピン状態の変化により全く異なる反応性を示す“感応性化学種”である。とくに、反応過程で起こる異なるスピン状態間のスピンクロスオーバーは、鉄や銅などの遷移金属の関与する生体触媒反応において必須の現象である。メタン酸化酵素の解析をヒントに、金属置換ゼオライト(主に鉄と銅の置換型を考える)によるメタン酸化触媒ついての研究も開始する。理論計算化学は、実験的に観測困難な化学種の構造、反応、物性の研究に極めて有効な手段であり、最近の最先端研究における理論計算の役割は極めて重要である。まず、QM計算を実行し、ゼオライトのルイス酸点、細孔の影響を考慮するためのQM/MM計算を実行する。理論化学の立場から領域内外の共同研究の推進にとくに貢献する。

  • Research Products

    (45 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (28 results) (of which Peer Reviewed: 28 results,  Acknowledgement Compliant: 28 results,  Open Access: 18 results) Presentation (16 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 10 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Persistent Four-Coordinate Iron-Centered Radical Stabilized by p-Donation2016

    • Author(s)
      Y. Sunada, S. Ishida, F. Hirakawa, Y. Shiota, K. Yoshizawa, S. Kanegawa, O. Sato, H. Nagashima, and T. Iwamoto
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 7 Pages: 191-198

    • DOI

      10.1039/C5SC02601F

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Heterometallic FeIII/K coordination polymer with a wide thermal hysteretic spin transition around room temperature2016

    • Author(s)
      S. Kang, Y. Shiota, A. Kariyazaki, S. Kanegawa, K. Yoshizawa, and O. Sato
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 22 Pages: 532-538

    • DOI

      10.1002/chem.201680262

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Intraprotein transmethylation via a CH3-Co(III) species in myoglobin reconstituted with a cobalt corrinoid complex2016

    • Author(s)
      K. Morita, K. Ohora, A. Sawada, K. Doitomi, T. Kamachi, K. Yoshizawa, Y. Hisaeda, and T. Hayashi
    • Journal Title

      Dalton Trans.

      Volume: 45 Pages: 3277-3284

    • DOI

      10.1039/C5DT04109K

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A New Family of Anionic FeIII Spin Crossover Complexes Featuring a Weak-field N2O4 Coordination Octahedron2016

    • Author(s)
      K. Takahashi, K. Kawamukai, M. Okai, T. Mochida, T. Sakurai, H. Ohta, T. Yamamoto, Y. Einaga, Y. Shiota, and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 22 Pages: 1253-1257

    • DOI

      10.1002/chem.201504883

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Crystal Structures and Coordination Behavior of Aqua- and Cyano-Co(III) Tetradehydrocorrins in the Heme Pocket of Myoglobin2016

    • Author(s)
      Y. Morita, K. Oohora, E. Mizohata, A. Sawada, T. Kamachi, K. Yoshizawa, T. Inoue, and T. Hayashi
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 55 Pages: 1287-1295

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.5b02598

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The chemistry of benzodisilacyclobutenes and benzobis(disilacyclobutene)s: New development of transition-metal-catalyzed reactions, stereochemistry and theoretical studies2016

    • Author(s)
      M. Ishikawa, A. Naka, and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      Dalton Trans.

      Volume: 45 Pages: 3210-3235

    • DOI

      10.1039/C5DT04569J

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Homogeneous Photocatalytic Water Oxidation with a Dinuclear Co(III)-Pyridylmethylamine Complex2016

    • Author(s)
      T. Ishizuka, A. Watanabe, H. Kotani, K. Satonaka, T. Wada, Y. Shiota, K. Yoshizawa, K. Ohara, K. Yamaguchi, S. Kato, S. Fukuzumi, and T. Kojima
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 55 Pages: 1154-1164

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.5b02336

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Low-mode conformational search method with semiempirical quantum mechanical calculations: application to enantioselective organocatalysis2016

    • Author(s)
      T. Kamachi and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      J. Chem. Inf. Mod.

      Volume: 56 Pages: 347-353

    • DOI

      10.1021/acs.jcim.5b00671

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Possible Peroxo State of the Dicopper Site of Particulate Methane Monooxygenase from Combined Quantum Mechanics and Molecular Mechanics Calculations2016

    • Author(s)
      S. Itoyama, K. Doitomi, T. Kamachi, Y. Shiota, and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 55 Pages: 2771-2775

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.5b02603

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Formation and high reactivity of anti-dioxo form of high-spin μ-oxodioxodiiron(IV) as the active species that cleavages strong C-H bonds2016

    • Author(s)
      M. Kodera, S. Ishiga, Y. Kawahara, T. Tsuji, K. Sakurai, Y. Hitomi, Y. Shiota, P. K. Sajith, K. Yoshizawa, K. Mieda, T. Ogura
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 22 Pages: 5924-5936

    • DOI

      10.1002/chem.201600048

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Synthesis and Structure of a Water-soluble m-h1: h1-N2 Dinuclear RuII Complex with a Polyamine Ligand2016

    • Author(s)
      K. Yoshimoto, T. Yatabe, T. Matsumoto, A. Robertson, H. Nakai, H. Tanaka, T. Kamachi, Y. Shiota, K. Yoshizawa, K. Asazawa, H. Tanaka, and S. Ogo
    • Journal Title

      Chem. Lett.

      Volume: 45 Pages: 149-151

    • DOI

      10.1246/cl.151004

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Selective Carbon Dioxide Adsorption of ε-Keggin-type Zincomolybdate-based Purely-Inorganic 3D Frameworks2015

    • Author(s)
      Z. Zhang, M. Sadakane, S. Noro, T. Maruyama, T. Kamachi, K. Yoshizawa, and W. Ueda
    • Journal Title

      J. Mater. Chem. A

      Volume: 3 Pages: 746-755

    • DOI

      10.1039/C4TA05496B

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A Ferromagnetically Coupled Fe42 Cyanide-Bridged Nanocage2015

    • Author(s)
      S. Kang, H. Zheng, T. Liu, K. Hamachi, S. Kanegawa, K. Sugimoto, Y. Shiota, Hayami, M. Mito, T. Nakamura, M. L. Baker, H. Nojiri, K. Yoshizawa, C. Duan, and O. Sato
    • Journal Title

      Nature Commun.

      Volume: 6 Pages: 5955/1-6

    • DOI

      10.1038/ncomms6955

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Formation and Characterization of a Reactive Chromium(V)-Oxo Complex: A Mechanistic Insight into Hydrogen-Atom Transfer Reactions2015

    • Author(s)
      H. Kotani, S. Kaida, T. Ishizuka, M. Sakaguchi, T. Ogura, Y. Shiota, K. Yoshizawa, and T. Kojima
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 6 Pages: 945-955

    • DOI

      10.1039/C4SC02285H

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Controlling the Redox Properties of a Pyrroloquinolinequinone (PQQ) Derivative in a Ruthenium(II) Coordination Sphere2015

    • Author(s)
      H. Mitome, T. Ishizuka, Y. Shiota, K. Yoshizawa, and T. Kojima
    • Journal Title

      Dalton Trans.

      Volume: 44 Pages: 3151-3158

    • DOI

      10.1039/C4DT03358B

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mechanistic Study of Methanol Oxidation by RuIV-Oxo complexes2015

    • Author(s)
      Y. Shiota, S. Takahashi, S. Ohzu, T. Ishizuka, T. Kojima, and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      J. Porphyrins Phthalocyanines.

      Volume: 19 Pages: 417-426

    • DOI

      10.1142/S1088424615500285

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Mechanistic Aspects in the Direct Synthesis of Hydrogen Peroxide from First Principles2015

    • Author(s)
      J. Li and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      Catal. Today

      Volume: 248 Pages: 142-148

    • DOI

      10.1016/j.cattod.2014.04.009

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Computational Exploration of the Mechanism of the Hydrogenation Step of the Anthraquinone Process for Hydrogen Peroxide Production2015

    • Author(s)
      T. Kamachi, T. Ogata, E. Mori, K. Iura, N. Okuda, M. Nagata, and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. C

      Volume: 119 Pages: 8748-8754

    • DOI

      10.1021/acs.jpcc.5b01325

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Cobalt-Catalyzed Transformation of Molecular Dinitrogen into Silylamine under Ambient Reaction Conditions2015

    • Author(s)
      R. Imayoshi, H. Tanaka, Y. Matsuo, M. Yuki, K. Nakajima, K. Yoshizawa, and Y. Nishibayashi
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 21 Pages: 8905-8909

    • DOI

      10.1002/chem.201501088

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Catalytic Reduction of Dinitrogen into Ammonia by Use of Molybdenum-Nitride Complexes Bearing Tridentate Triphosphine as Catalysts2015

    • Author(s)
      K. Arashiba, E. Kinoshita, S. Kuriyama, A. Eizawa, K. Nakajima, H. Tanaka, K. Yoshizawa, and Y. Nishibayashi
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 137 Pages: 5666-5669

    • DOI

      110.1021/jacs.5b02579

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nitrogen fixation catalyzed by ferrocene-substituted dinitrogen-bridged dimolybdenum-dinitrogen complexes: unique behavior of ferrocene moiety as redox active site2015

    • Author(s)
      S. Kuriyama, K. Arashiba, K. Nakajima, H. Tanaka, K. Yoshizawa, and Y. Nishibayashi
    • Journal Title

      Chem. Sci.

      Volume: 6 Pages: 3940-3951

    • DOI

      10.1039/C5SC00545K

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Proton-Assisted Mechanism of NO Reduction on a Dinuclear Ruthenium Complex2015

    • Author(s)
      T. Suzuki, H. Tanaka, Y. Shiota, P. K. Sajith, Y. Arikawa, and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 54 Pages: 7181-7191

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.5b00394

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Synergic Catalysis of PdCu Alloy Nanoparticles within a Macroreticular Basic Resin for Hydrogen Production from Formic Acid2015

    • Author(s)
      K. Mori, H. Tanaka, M. Dojo, K. Yoshizawa, and H. Yamashita
    • Journal Title

      Chem. Eur. J.

      Volume: 21 Pages: 12085-12092

    • DOI

      10.1002/chem.201501760

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] cis-1,2-Aminohydroxylation of Alkenes Involving a Catalytic Cycle of Osmium(III) and Osmium(V) Centers: OsV(O)(NHTs) Active Oxidant with a Macrocyclic Tetradentate Ligand2015

    • Author(s)
      H. Sugimoto, A. Mikami, P. K. Sajith, Y. Shiota, K. Yoshizawa, K. Asano, T. Suzuki, and S. Itoh
    • Journal Title

      Inorg. Chem.

      Volume: 54 Pages: 7073-7082

    • DOI

      10.1021/acs.inorgchem.5b01083

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Formation and Nitrile Hydrogenation Performance of Ru Nanoparticles on a K-doped Al2O3 Surface2015

    • Author(s)
      S. Muratsugu, S. Kityakarn, F. Wang, N. Ishiguro, T. Kamachi, K. Yoshizawa, O. Sekizawa, T. Uruga, and M. Tada
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 17 Pages: 24791-24802

    • DOI

      10.1039/C5CP03456F

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Redox Non-Innocent Behavior of Tris(2-Pyridylmethyl)amine Bound to a Lewis Acidic Rh(III) Ion Induced by C-H Deprotonation2015

    • Author(s)
      H. Kotani, T. Sugiyama, T. Ishizuka, Y. Shiota, K. Yoshizawa, and T. Kojima
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 137 Pages: 11222-11225

    • DOI

      10.1021/jacs.5b06237

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Molecular design of electron transport with orbital rule: toward conductance-decay free molecular junctions2015

    • Author(s)
      T. Tada and K. Yoshizawa
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 17 Pages: 32099-32110

    • DOI

      10.1039/C5CP05423K

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Assembling an alkyl rotor to access abrupt and reversible crystalline deformation of a cobalt(II) complex2015

    • Author(s)
      S.-Q. Su, T. Kamachi, Z.-S. Yao, Y.-G. Huang, Y. Shiota, K. Yoshizawa, N. Azuma, Y. Miyazaki, M. Nakano, G. Maruta, S. Takeda, S. Kang, S. Kanegawa, and O. Sato
    • Journal Title

      Nature Commun.

      Volume: 6 Pages: 8810/1-7

    • DOI

      10.1038/ncomms9810

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] アンモニア合成反応における理論と実験のインタープレイ2016

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      分子研研究会「触媒の分子科学:理論と実験のインタープレイ最前線」
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構岡崎コンファレンスセンター会議室(岡崎市)
    • Year and Date
      2016-03-10
    • Invited
  • [Presentation] 計算化学が先導するメタン酸化触媒の開発と触媒設計技術の創成2016

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      CRESTキックオフミーティング
    • Place of Presentation
      TKP市谷カンファレンスルーム6A(東京都新宿区)
    • Year and Date
      2016-03-09
  • [Presentation] 接着現象の分子論2016

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      日本防錆技術学校 技術講演会「接着現象の分子論」
    • Place of Presentation
      大阪市立総合生涯学習センター(大阪市)
    • Year and Date
      2016-02-10
  • [Presentation] 接着の分子論2016

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      機能性ハイブリッド材料研究会 公開研究会
    • Place of Presentation
      回路会館地下会議室(東京都杉並区)
    • Year and Date
      2016-02-04
    • Invited
  • [Presentation] Molecular Understanding of the Mechanism of Adhesion: From Epoxy Resin to Biological Recognition.2016

    • Author(s)
      Kazunari Yoshizawa
    • Organizer
      第5回統合物質国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念物質科学研究館(名古屋市)
    • Year and Date
      2016-01-29 – 2016-01-30
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Mechanism of NO Reduction on a Dinuclear Metal Complex.2015

    • Author(s)
      Kazunari Yoshizawa
    • Organizer
      PACIFICHEM 2015
    • Place of Presentation
      ハワイコンベンションセンター(アメリカ)
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Participation of Multi-Oxidants in the pH Dependence of the Reactivity of Ferrate(VI).2015

    • Author(s)
      Kazunari Yoshizaw
    • Organizer
      PACIFICHEM 2015
    • Place of Presentation
      ハワイコンベンションセンター(アメリカ)
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ラジカル酵素の理論的考察2015

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      BMB2015
    • Place of Presentation
      神戸ポートピアホテル(神戸市)
    • Year and Date
      2015-12-01 – 2015-12-04
    • Invited
  • [Presentation] Mechanism of Nitrogen Fixation Catalyzed by a Dinitrogen-Bridged Dimolybdenum Complex.2015

    • Author(s)
      Kazunari Yoshizawa
    • Organizer
      Spain-Japan Joint Symposium on Theoretical and Computational Chemistry of Complex Systems
    • Place of Presentation
      ICIQ Auditorium(スペイン)
    • Year and Date
      2015-11-25 – 2015-11-27
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 大規模量子化学計算によるソフトマテリアルの物性と反応解析:酵素反応および界面現象など2015

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      京都市成長産業創造センター創立2周年記念フォーラム
    • Place of Presentation
      京都市成長産業創造センター(京都市)
    • Year and Date
      2015-10-14
    • Invited
  • [Presentation] Quantum Chemical Studies on Dioxygen Activation and Methane Hydroxylation by Diiron and Dicopper Species as well as Related Metal-Oxo Species.2015

    • Author(s)
      Kazunari Yoshizawa
    • Organizer
      北海道大学触媒科学研究所改組記念講演会
    • Place of Presentation
      北海道大学(札幌市)
    • Year and Date
      2015-10-13 – 2015-10-15
    • Invited
  • [Presentation] 量子力学によるエポキシ樹脂の接着理論2015

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      エポキシ樹脂技術協会第43期特別講演会
    • Place of Presentation
      ホテルグランドヒル市ヶ谷(東京都新宿区)
    • Year and Date
      2015-09-28
    • Invited
  • [Presentation] Possible Peroxo State for the Dicopper Site of Particulate MethaneMonooxygenase.2015

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      RIKEN Symposium
    • Place of Presentation
      理化学研究所和光キャンパス(埼玉県和光市)
    • Year and Date
      2015-06-16 – 2015-06-17
  • [Presentation] 一酸化窒素の還元機構について:二核ルテニウム錯体からの考察2015

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      第42回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      高崎シティギャラリーコアホール(群馬県高崎市)
    • Year and Date
      2015-06-12 – 2015-06-13
  • [Presentation] 物質創製化学における計算化学の役割と将来展望2015

    • Author(s)
      吉澤 一成
    • Organizer
      第6回統合物質シンポジウム
    • Place of Presentation
      名古屋大学野依記念物質科学研究館(名古屋市)
    • Year and Date
      2015-04-14
    • Invited
  • [Presentation] Frontier Orbital Rule for Electron Transport in Molecules.2015

    • Author(s)
      Kazunari Yoshizawa
    • Organizer
      CECAM workshop
    • Place of Presentation
      Chimie Paris Tech(フランス)
    • Year and Date
      2015-04-07 – 2015-04-10
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 研究業績

    • URL

      http://trout.scc.kyushu-u.ac.jp/yoshizawaJ/pagesJ/publicationsJ.html

URL: 

Published: 2017-01-06  

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