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2015 Fiscal Year Annual Research Report

小さな反応拡散系における秩序形成から生物の機能へ

Planned Research

Project AreaSynergy of Fluctuation and Structure:Foundation of Universal Laws in Nonequilibrium Systems
Project/Area Number 25103008
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

櫻井 建成  千葉大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (60353322)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 石原 秀至  明治大学, 理工学部, 准教授 (10401217)
北畑 裕之  千葉大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (20378532)
澤井 哲  東京大学, 総合文化研究科, 准教授 (20500367)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywords非平衡開放系 / 数理物理 / 生物物理 / 非線形科学
Outline of Annual Research Achievements

真核細胞の形質膜の変形は、多くの場合、ホスファチジルイノシトールとアクチンの協調したダイナミクスによって誘起され、非平衡系のパターン現象とアクティブマター(もしくは自己駆動粒子)としての性質を兼ね備えた系としての特徴づけが待たれている。そこで本研究では、ゆらぎによって対称性が破れることで生まれるアメーバ細胞運動の非自明動態(新規な時空間秩序)の理解と自己組織化を用いた再構成系の実現を行い、アクティブマター(もしくは自己駆動粒子)の相互依存性から生み出される動的秩序形成とそれに由来する生物の普遍的性質の解明を目的とした。本年度は、
(1)リン酸化―脱リン酸化反応の自律的進行とその時間発展の測定系の実現として、人工脂質リポソーム上においてホスファチジルイノシトールの主要な調節機構であるリン酸化―脱リン酸化反応を操作、または自律的に進行させ、その時間発展を測定できる実験系の開発を進め、ガラス基板上に捕捉されたPI(4,5)P2またはPI(3,4,5)P3を含むリポソームに対し選択的に結合することを確認し、測定プローブとしての性能を評価した
(2)細胞集団中での力と個々の細胞の変形と細胞集団の変形の依存性を明らかにすることを目指した。そこでは、真値のわかる数値データで試した所、我々の提案した手法ではモデルで仮定した細胞の力学的な性質によらずに高い精度で推定と真値が一致した。また、実験的検証も行い、他の手法で見積もった値と整合性を得た。
(3)自己駆動粒子の一般的力学系モデルの提案として、静止状態が不安定化する分岐点近傍において回転解と振動解について、解の存在条件とその線形安定性を調べた。また、分岐点から離れたところで回転解が安定に存在する条件についても解析を行った。本研究は、公募A03班義永那津人氏との共同研究である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題は、生物系、非生物系に分かれて実験的、理論的な研究を行っている。研究実績にも書いたように、それぞれ研究成果はおおむね申請時に予定したものであった。班内・班外セミナーなども積極的に行い、他班との共同研究も進行中である。

Strategy for Future Research Activity

これまでに行った研究を発展的に進めるとともに、来年度以降も他班との連携を図り共同研究へと更なる発展を目指す。

  • Research Products

    (21 results)

All 2016 2015 Other

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Acknowledgement Compliant: 6 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Experimental and theoretical approach for the clustering of globally coupled density oscillators based on phase response2016

    • Author(s)
      Masanobu Horie, Tatsunari Sakurai, and Hiroyuki Kitahata
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 93 Pages: 012212/1-9

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.93.012212

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Pulse-density modulation control of chemical oscillation far from equilibrium in a droplet open-reactor system2016

    • Author(s)
      Haruka Sugiura, Manami Ito, Tomoya Okuaki, Yoshihito Mori, Hiroyuki Kitahata, and Masahiro Takinoue
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 7 Pages: 10212/1-9

    • DOI

      10.1038/ncomms10212

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Unified quantitative characterization of epithelial tissue development2015

    • Author(s)
      Boris Guirao, Stephane Rigaud, Floris Bosveld, Anais Bailles, Jesus Lopez-Gay, Shuji Ishihara, Kaoru Sugimura, Francois Graner, Yohanns Bellaiche
    • Journal Title

      Unified quantitative characterization of epithelial tissue development,

      Volume: 4 Pages: e08519/1-52

    • DOI

      10.7554/eLife.08519

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Oscillation of a rotating levitated droplet: Analysis with a mechanical model2015

    • Author(s)
      Hiroyuki Kitahata, Rui Tanaka, Yuki Koyano, Satoshi Matsumoto, Katsuhiro Nishinari, Tadashi Watanabe,Koji Hasegawa, Tetsuya Kanagawa, Akiko Kaneko, and Yutaka Abe
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 92 Pages: 062904/1-8

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.92.062904

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Elimination of a spiral wave pinned at an obstacle by a train of plane waves: Effect of diffusion between obstacles and surrounding media2015

    • Author(s)
      Masanobu Tanaka, Marcel Horning, Hiroyuki Kitahata, and Kenichi Yoshikawa,
    • Journal Title

      Chaos

      Volume: 25 Pages: 103127/1-9

    • DOI

      /10.1063/1.4934561

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Coupling between a chemical wave and motion in a Belousov-Zhabotinsky droplet2015

    • Author(s)
      Shingo Miyazaki, Tatsunari Sakurai, and Hiroyuki Kitahata
    • Journal Title

      Current Physical Chemistry

      Volume: 5 Pages: 82-90

    • DOI

      10.2174/1877946805999150514114700

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Model for calcium-mediated reduction of structural fluctuations in epidermis2015

    • Author(s)
      Yasuaki Kobayashi, Hiroyuki Kitahata, and Masaharu Nagayama
    • Journal Title

      Physical Review E

      Volume: 92 Pages: 022709/1-

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.92.022709

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] General criteria for determining rotation or oscillation in a two-dimensional axisymmetric system2015

    • Author(s)
      Yuki Koyano, Natsuhiko Yoshinaga, and Hiroyuki Kitahata
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 143 Pages: 014117/1-6

    • DOI

      10.1063/1.4923421

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Spontaneous recurrence of deposition and dissolution of a solid layer on a solution surface2015

    • Author(s)
      Tomohiro Sasaki, Nobuhiko J. Suematsu, Tatsunari Sakurai, and Hiroyuki Kitahata
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 119 Pages: 9970-9974

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b03413

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Selective pattern formation control: Spatial spectrum consensus and Turing instability approach2015

    • Author(s)
      Kenji Kashima, Toshiyuki Ogawa, Tatsunari Sakurai
    • Journal Title

      Automatica

      Volume: 56 Pages: 25-35

    • DOI

      10.1016/j.automatica.2015.03.019

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Motion of a Belousov-Zhabotinsky reaction droplet coupled with pattern formation2015

    • Author(s)
      Hiroyuki Kitahata
    • Organizer
      Pacifichem 2015
    • Place of Presentation
      Honolulu, USA
    • Year and Date
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modeling alignment of cilia in apical membrane of multi-ciliated cell2015

    • Author(s)
      Shuji Ishihara
    • Organizer
      Commemorative Symposium for the 31st International Prize for Biology
    • Place of Presentation
      京都国際会議場、八坂クラブ(京都府京都市)
    • Year and Date
      2015-12-05 – 2015-12-06
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cell migration in periodic signal wave2015

    • Author(s)
      Shuji Ishihara
    • Organizer
      Physics of Cells and Tissues 2015
    • Place of Presentation
      Heidelberg, German
    • Year and Date
      2015-09-30 – 2015-10-02
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Spontaneous motion of an elliptic particles induced by surface tension gradient2015

    • Author(s)
      Hiroyuki Kitahata
    • Organizer
      XXXV Dynamics Days Europe 2015
    • Place of Presentation
      Exeter, United Kingdom
    • Year and Date
      2015-09-06 – 2015-09-10
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chemotaxis and Contact-Mediated Ordering of Directionality in Aggregating Cells2015

    • Author(s)
      Satoshi Sawai
    • Organizer
      International Symposium on Fluctuation and Structure out of Equilibrium 2015 (SFS2015)
    • Place of Presentation
      芝蘭会館(京都府京都市)
    • Year and Date
      2015-08-20 – 2015-08-23
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Modeling for droplet motion driven by interfacial tension gradient2015

    • Author(s)
      Hiroyuki Kitahata
    • Organizer
      The 8th International Congress on Industrial and Applied Mathematics
    • Place of Presentation
      Beijing, China
    • Year and Date
      2015-08-10 – 2015-08-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Propagation and aggregation of E. coli pattern2015

    • Author(s)
      Tatsunari Sakurai
    • Organizer
      Symposium “Complexity and Synergetics”
    • Place of Presentation
      Hannover, Germany
    • Year and Date
      2015-06-08 – 2015-06-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Droplet motion coupled with pattern formation in it2015

    • Author(s)
      Hiroyuki Kitahata
    • Organizer
      EMN Meeting on Droplet
    • Place of Presentation
      Phuket, Thailand
    • Year and Date
      2015-05-08 – 2015-05-11
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] 「高校生のための東大授業ライブ 学問からの挑戦」東京大学教養学部編(編) “いきいきとした状態の科学-細胞性粘菌でさぐる自己組織化のメカニズム”2015

    • Author(s)
      澤井 哲
    • Total Pages
      19
    • Publisher
      東京大学出版会
  • [Remarks] 千葉大学 生命情報物理学研究室

    • URL

      http://nonlinear.s.chiba-u.jp

  • [Remarks] 東京大学 生命システムの物理学 澤井研究室

    • URL

      http://sawailab.c.u-tokyo.ac.jp

URL: 

Published: 2017-01-06   Modified: 2023-03-16  

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