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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Time-resolved Observation and Elucidation of Functionally-important Molecular Flexibility

Planned Research

Project AreaScience on Function of Soft Molecular Systems by Cooperation of Theory and Experiment
Project/Area Number 25104006
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

水谷 泰久  大阪大学, 理学研究科, 教授 (60270469)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 水野 操  大阪大学, 理学研究科, 助教 (10464257)
石川 春人  大阪大学, 理学研究科, 講師 (40551338)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywordsラマン分光学 / アロステリー / 時間分解分光学
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、主に時間分解共鳴ラマン分光法を用いて、機能部位間の連動的な構造変化を可能にするタンパク質の構造変化と、構造変化を駆動する分子内のエネルギーフローを明らかにした。
1.光駆動イオン輸送タンパク質の構造変化と機能発現機構の研究  光駆動塩化物イオン輸送タンパク質ハロロドプシンについて、光励起に伴う発色団の構造ダイナミクスを、時間分解共鳴ラマン分光法を用いて調べた。光サイクルにおける発色団構造の遷移、特にシッフ塩基が形成する水素結合の変化をスペクトルに基づいて明らかにした。さらにハロゲン化物イオン依存性を調べ、水素結合パートナーのスイッチングを伴うイオン輸送のモデルを提案した。
2.ガス分子輸送タンパク質の構造変化と機能発現機構の研究  ヒトヘモグロビンに関して、サブユニット間相互作用が三次構造変化の速度に及ぼす影響を調べた。四次構造を保ったもとでの三次構造ダイナミクスを観測し、三次構造変化が四次構造に強く依存することを明らかにした。ヘムとサブユニット間相互作用部位との間で、EFヘリックス(ヘムを保持しているヘリックス)を介した双方向的な原子変位の伝播が起きていると結論した。
3.アロステリー発現の新概念の創出  機能を生み出す構造変化および構造変化を駆動するエネルギーフローについて、ファンデルワールス接触の重要性を明らかにした。タンパク質構造においては原子が密にパックされているがゆえに異方性をもった構造変化が生じ長距離の部位間が相関するという、アロステリー発現の新概念(functional compactness)を提案した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2018 2017 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Tertiary Dynamics of Human Adult Hemoglobin Fixed in R and T Quaternary Structures2018

    • Author(s)
      Shanyan Chang , Misao Mizuno , Haruto Ishikawa and Yasuhisa Mizutani
    • Journal Title

      Phys. Chem. Chem. Phys.

      Volume: 20 Pages: 3363-3372

    • DOI

      10.1039/C7CP06287G

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Evolution of a Retinal Chromophore in the Photocycle of Halorhodopsin from Natronobacterium pharaonis2018

    • Author(s)
      Mizuno Misao、Nakajima Ayumi、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • Journal Title

      J. Phys. Chem. A

      Volume: 122 Pages: 2411~2423

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.7b12332

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Opn5L1 is a retinal receptor that behaves as a reverse and self-regenerating photoreceptor2018

    • Author(s)
      Sato Keita、Yamashita Takahiro、Ohuchi Hideyo、Takeuchi Atsuko、Gotoh Hitoshi、Ono Katsuhiko、Mizuno Misao、Mizutani Yasuhisa、Tomonari Sayuri、Sakai Kazumi、Imamoto Yasushi、Wada Akimori、Shichida Yoshinori
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1255

    • DOI

      10.1038/s41467-018-03603-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-Resolved Resonance Raman Spectroscopy and Application to Studies on Ultrafast Protein Dynamics2017

    • Author(s)
      Mizutani Yasuhisa
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 90 Pages: 1344~1371

    • DOI

      10.1246/bcsj.20170218

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] ナトリウムイオン結合に伴う光駆動型ナトリウムイオンポンプKR2の構造変化観測2018

    • Author(s)
      大友 章裕、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
  • [Presentation] 好熱菌由来光駆動プロトンポンプの発色団構造および多量体安定性に膜環境が与える効果2018

    • Author(s)
      塩谷智巳、水野操、塚本卓、須藤雄気、水谷泰久
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
  • [Presentation] 原子間接触を介したタンパク質内振動エネルギー移動経路2018

    • Author(s)
      山下聡、水野操、水谷泰久
    • Organizer
      日本化学会第97春季年会
  • [Presentation] 時間分解共鳴ラマン分光法を研ぐ2018

    • Author(s)
      水谷泰久
    • Organizer
      レーザー学会学術講演会第38回年次大会
    • Invited
  • [Presentation] Importance of Atomic Contacts in Vibrational Energy Flow in Protein2017

    • Author(s)
      Masato Kondoh, Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, and Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      Eighteenth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Measurements of Temperature Dependence on Anti-Stokes Raman Spectra for Quantitative Analysis of Energy Transfer in Heme Proteins2017

    • Author(s)
      Satoshi Yamashita, Misao Mizuno, and Yasuhisa
    • Organizer
      The 6th Asian Spectroscopy Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Subunit-subunit interaction in a light-driven proton pump from a thermophilic bacterium: Effects on hydrogen bond of the chromophore2017

    • Author(s)
      Tomomi Shionoya, Misao Mizuno, Takashi Tsukamoto, Yuki Sudo, and Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      The 6th Asian Spectroscopy Conference
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ナトリウムイオンポンプの発色団構造と光駆動カチオン輸送機構2017

    • Author(s)
      水野 操、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] 光駆動型ナトリウムイオン輸送タンパク質KR2のイオンに依存した立体構造の違い2017

    • Author(s)
      大友 章裕、水野 操、井上 圭一、神取 秀樹、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] 好熱菌由来光駆動プロトンポンプTRのタンパク質環境が発色団構造に及ぼす影響2017

    • Author(s)
      塩谷 智巳、水野 操、塚本 卓、須藤 雄気、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] タンパク質における振動エネルギーの移動経路2017

    • Author(s)
      山下 聡、水野 操、水谷 泰久
    • Organizer
      第11回分子科学討論会
  • [Presentation] Determining factors for ion pumping mechanism in microbial rhodopsins2017

    • Author(s)
      Misao Mizuno
    • Organizer
      Eighteenth International Conference on Time-Resolved Vibrational Spectroscopy
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Importance of atomic contacts to propagations in protein: functional compactness2017

    • Author(s)
      Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Time-resolved resonance Raman study on roles of hydrogen bonds in light-driven ion-pumping proteins2017

    • Author(s)
      Yasuhisa Mizutani
    • Organizer
      The 6th Asian Spectroscopy Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 大阪大学 大学院理学研究科 化学専攻 生物物理化学研究室

    • URL

      http://www.chem.sci.osaka-u.ac.jp/lab/mizutani/index-jp.html

URL: 

Published: 2018-12-17  

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