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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Evolutionary and molecuar genetic studies to logics in plant development

Planned Research

Project AreaMultidimensional Exploration of Logics of Plant Development
Project/Area Number 25113009
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

河内 孝之  京都大学, 生命科学研究科, 教授 (40202056)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 嶋村 正樹  広島大学, 理学研究科, 准教授 (00432708)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywordsゼニゴケ / オーキシン / 有性生殖 / 陸上植物進化
Outline of Annual Research Achievements

陸上植物進化の基部に位置する苔類ゼニゴケをモデルとして、植物の進化軸を取り入れて植物発生の制御ロジックを抽出することを目的とした。
ゼニゴケ有性生殖プログラム誘導のマスター制御因子として同定したBONOBOに関する研究成果を公表した。配偶体世代が優占的なゼニゴケでは転写因子BONOBOが発現することで、葉状体を作る栄養成長プログラムから造卵器や造精器を作る有性生殖プログラムに切り替わることを見出した。この遺伝子の進化的保存性を被子植物シロイヌナズナで解析したところ、オルソログ遺伝子が花粉の雄原細胞の分化に必須な遺伝子であることがわかった。すなわち、この遺伝子は陸上植物進化を通じて生殖細胞系列の決定に関与する機能を有すると考えられる。また、有性生殖開始について、フィトクロムを介する光質制御とGI/FKF-CDF制御系を介する日長制御系の解析を進め、両者がBONOBO遺伝子の上流に位置することを見出した。この他に、オーキシンと3次元的成長制御、光と細胞分裂・細胞周期制御、光と切断片からの再分化、リン酸化プロテオームやメタボロミスによる光合成シグナリング、ジテルペンシグナリングなどの解析から植物の発生制御の知見を得た。
ゼニゴケ研究基盤の確立については、ゼニゴケのゲノム解読とその解析を国内外のコミュニティの共同研究として公表した。また、先進ゲノム支援プログラムの協力により、遺伝子発現情報を含むゲノムデータベースMarpolBase(http://Marchatia.info)を公開した。この他に、機能解析のために簡便かつ迅速なゲノム編集を可能にするベクターを整備し、大きなDNA領域欠失や誘導欠失可能な相補コンストラクトを用いた条件的変異解析などの系を確立した。また、雌雄の近交系、生活環を通じた閉鎖環境での培養系、系統の凍結保存といった研究基盤も整備した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (20 results)

All 2018 2017 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results) Remarks (2 results)

  • [Int'l Joint Research] モナシュ大学(オーストラリア)

    • Country Name
      AUSTRALIA
    • Counterpart Institution
      モナシュ大学
  • [Int'l Joint Research] メンデル研究所(オーストリア)

    • Country Name
      AUSTRIA
    • Counterpart Institution
      メンデル研究所
  • [Int'l Joint Research] マドリード自治大学(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      マドリード自治大学
  • [Int'l Joint Research] 国立台湾大学(台湾)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      国立台湾大学
  • [Int'l Joint Research] エジンバラ大学/オックスフォード大学/ブリストル大学(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      エジンバラ大学/オックスフォード大学/ブリストル大学
  • [Journal Article] Generative Cell Specification Requires Transcription Factors Evolutionarily Conserved in Land Plants2018

    • Author(s)
      Yamaoka Shohei、Nishihama Ryuichi、Yoshitake Yoshihiro、Ishida Sakiko、Inoue Keisuke、Saito Misaki、Okahashi Keitaro、Bao Haonan、Nishida Hiroyuki、Yamaguchi Katsushi、Shigenobu Shuji、Ishizaki Kimitsune、Yamato Katsuyuki T.、Kohchi Takayuki
    • Journal Title

      Current Biology

      Volume: 28 Pages: 479~486.e5

    • DOI

      10.1016/j.cub.2017.12.053

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ligand-receptor co-evolution shaped the jasmonate pathway in land plants2018

    • Author(s)
      Monte Isabel、Ishida Sakiko、Zamarreno Angel M.、Hamberg Mats、Franco-Zorrilla Jose M.、Garcia-Casado Gloria、Gouhier-Darimont Caroline、Reymond Philippe、Takahashi Kosaku、Garcia-Mina Jose M.、Nishihama Ryuichi、Kohchi Takayuki、Solano Roberto
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 14 Pages: 480~488

    • DOI

      10.1038/s41589-018-0033-4

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome2017

    • Author(s)
      Bowman John L.、Kohchi Takayuki、Yamato Katsuyuki T.、Jenkins Jerry、Shu Shengqiang、Ishizaki Kimitsune、Yamaoka Shohei、Nishihama Ryuichi、Nakamura Yasukazu、Berger Frederic、Adam Catherine、Aki Shiori Sugamata、Althoff Felix、Araki Takashi et al.
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 171 Pages: 287~304.e15

    • DOI

      10.1016/j.cell.2017.09.030

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Early evolution of the land plant circadian clock2017

    • Author(s)
      Linde Anna-Malin、Eklund D. Magnus、Kubota Akane、Pederson Eric R. A.、Holm Karl、Gyllenstrand Niclas、Nishihama Ryuichi、Cronberg Nils、Muranaka Tomoaki、Oyama Tokitaka、Kohchi Takayuki、Lagercrantz Ulf
    • Journal Title

      New Phytologist

      Volume: 216 Pages: 576~590

    • DOI

      10.1111/nph.14487

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The Roles of the Sole Activator-Type Auxin Response Factor in Pattern Formation of Marchantia polymorpha2017

    • Author(s)
      Kato Hirotaka、Kouno Masaru、Takeda Mayuko、Suzuki Hidemasa、Ishizaki Kimitsune、Nishihama Ryuichi、Kohchi Takayuki
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 58 Pages: 1642~1651

    • DOI

      10.1093/pcp/pcx095

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Gibberellin-independent functional conservation of DELLA protein in the basal land plant Marchantia polymorpha2018

    • Author(s)
      孫ルイ,井上佳祐,楠竜之介,山岡尚平, 西浜竜一,河内孝之
    • Organizer
      第59回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] ゼニゴケ・ゲノムにおける植物ホルモン生合成・シグナル伝達系遺伝子2018

    • Author(s)
      山岡尚平, 西浜 竜一, 石崎公庸, 大和勝幸, 河内孝之
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] The sole auxin receptor gene MpTIR1 is dispensable for cell survival but required for development in the liverwort Marchantia polymorpha2018

    • Author(s)
      鈴木秀政, 加藤大貴, 山岡尚平, 西浜 竜一、河内 孝之
    • Organizer
      日本農芸化学会2017年度大会
  • [Presentation] Light regulated reproduction in Marchantia polymorpha2018

    • Author(s)
      Takayuki Kohchi
    • Organizer
      International Symposium on Plant Photomorphogenesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Evolution of light regulated reproductive growth in plants2017

    • Author(s)
      Takayuki Kohchi
    • Organizer
      Asia and Oceania Conference on Photobiology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 核オーキシンシグナリングによるゼニゴケ幹細胞機能調節2017

    • Author(s)
      鈴木秀政,加藤大貴,片山みなみ,灰庭瑛実,山岡尚平,西浜竜一,河内孝之
    • Organizer
      日本植物学会第81回大会
  • [Presentation] Molecular genetics and genomics of the liverwort Marchantia polymorpha2017

    • Author(s)
      Takayuki Kohchi
    • Organizer
      Taiwan-Japan Plant Biology 2017
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Marchantia polymorpha:a next-generation model for comparative developmental biology with a powerful platform of genome editing2017

    • Author(s)
      Takayuki Kohchi
    • Organizer
      50th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • Invited
  • [Remarks] 京都大学生命科学研究科遺伝子特性学分野

    • URL

      http://www.plantmb.lif.kyoto-u.ac.jp/

  • [Remarks] ゼニゴケゲノムデータベース MarpolBase

    • URL

      http://marchantia.info/

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-05-13  

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