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2016 Fiscal Year Annual Research Report

細胞分化にともなうクロマチン変動メカニズムの解明

Planned Research

Project AreaDynamic chromatin structure and function
Project/Area Number 25116010
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

大川 恭行  九州大学, 生体防御医学研究所, 教授 (80448430)

Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywordsエピゲノム / クロマチン / ヒストンバリアント
Outline of Annual Research Achievements

2015年に,コンピュータを用いた新規手法により未知ヒストンバリアント遺伝子の網羅的探索に成功し,マウスゲノムに存在する未知のヒストンH3様のバリアント遺伝子を14種同定した.本年度も継続的に,新たに同定したヒストンH3バリアントが構成するクロマチン構造が,遺伝子発現をどのように制御しているのか解明を進めた.特に,本年度では精巣特異的ヒストンバリアントH3tの解析を展開した.ヒストンH3tを破壊したノックアウトマウスは、見かけ上正常に発育する一方で,雄が無精子症となり,完全に不妊になることが明らかとなった(Ueda et al, Cell Reports 2017).組織特異的に発現する他のヒストンH3バリアントについても、トランスクリプトーム、エピゲノム解析を用いて解析を進めている.また、これらヒストンバリアントを認識する分子の解析も進めた.従来我々はChd2が転写因子やヒストンH3バリアントH3.3と結合し転写制御を行うことで,骨格筋分化を制御することを明らかにした.そこで様々な分化系での機能を明らかにするため,初期発生におけるChd2の機能を解析した.本年度はマウスES細胞株を用いてChd2 遺伝子破壊株(Chd2KO)を樹立し表現型を解析した.結果,Chd2KO細胞では,増殖段階では野生型と比較してトランスクリプトームと形態に大きな差異がないにも関わらず,分化能を失っていた.エピゲノム解析の結果,Chd2が分化後発現する遺伝子周囲において転写因子Oct3/4と結合し,クロマチン構造を特定のパターンに変化させることを明らかにした.このことから,マウスES細胞株においてChd2が転写誘導前からクロマチン構造を支配することで細胞分化を制御していることが示唆された.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

研究計画にあった細胞、生化学レベルでの解析を既に終え、本年度はノックアウトマウスを用いた生体内での機能解析に着手し進めた。

Strategy for Future Research Activity

今後はノックアウトマウスの表現型解析を重点的に進め、すでに蓄積している細胞レベルや分子構造レベルの知見を横断的に繋ぐ研究成果としての発表を目指していく。

  • Research Products

    (27 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (15 results) (of which Peer Reviewed: 15 results,  Open Access: 14 results,  Acknowledgement Compliant: 15 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Remarks (2 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] GWAS of clinically defined gout and subtypes identifies multiple susceptibility loci that include urate transporter genes.2017

    • Author(s)
      Nakayama A, Nakaoka H, Yamamoto K, Sakiyama M, Shaukat A, Toyoda Y, Okada Y, Ohkawa Y,他39名
    • Journal Title

      Ann Rheum Dis.

      Volume: 76 Pages: 869-877

    • DOI

      10.1136/annrheumdis-2016-209632.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Role of Ad4-binding protein/steroidogenic factor 1 in regulating NADPH production in adrenocortical Y-1cells.2017

    • Author(s)
      Li B, Baba T, Miyabayashi K, Sato T, Shima Y, Ichinose T, Miura D, Ohkawa Y, Suyama M, Morohashi KI.
    • Journal Title

      Endocr J.

      Volume: 64 Pages: 315-324

    • DOI

      10.1507/endocrj.EJ16-0467.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Differential lactate and cholesterol synthetic activities in XY and XX Sertoli cells.2017

    • Author(s)
      Shishido Y, Baba T, Sato T, Shima Y, Miyabayashi K, Inoue M, Akiyama H, Kimura H, Kanai Y, Ishihara Y, Haraguchi S, Miyazaki A, Rozman D, Yamazaki T, Choi MH, Ohkawa Y, Suyama M, Morohashi KI.
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 7 Pages: 41912

    • DOI

      10.1038/srep41912.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Testis-Specific Histone Variant H3t Gene Is Essential for Entry into Spermatogenesis.2017

    • Author(s)
      Ueda J, Harada A, Urahama T, Machida S, Maehara K, Hada M, Makino Y, Nogami J, Horikoshi N, Osakabe A, Taguchi H, Tanaka H, Tachiwana H, Yao T, Yamada M, Iwamoto T, Isotani A, Ikawa M, Tachibana T, Okada Y, Kimura H, Ohkawa Y, Kurumizaka H, Yamagata K.
    • Journal Title

      Cell Rep.

      Volume: 18 Pages: 593-600

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2016.12.065.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Periostin Promotes Scar Formation through the Interaction between Pericytes and InfiltratingMonocytes/Macrophages after Spinal Cord Injury.2017

    • Author(s)
      Yokota K, Kobayakawa K, Saito T, Hara M, Kijima K, Ohkawa Y, Harada A, Okazaki K, Ishihara K, Yoshida S, Kudo A, Iwamoto Y, Okada S.
    • Journal Title

      Am J Pathol.

      Volume: 187 Pages: 639-653

    • DOI

      10.1016/j.ajpath.2016.11.010.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Alterations in Fetal Leydig Cell Gene Expression during Fetal and Adult Development.2016

    • Author(s)
      Miyabayashi K, Shima Y, Inoue M, Sato T, Baba T, Ohkawa Y, Suyama M, Morohashi KI.
    • Journal Title

      Sex Dev.

      Volume: - Pages: -

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] A One-Step Immunostaining Method to Visualize Rodent Muscle Fiber Type within a Single Specimen.2016

    • Author(s)
      Sawano S, Komiya Y, Ichitsubo R, Ohkawa Y, Nakamura M, Tatsumi R, Ikeuchi Y, Mizunoya W.
    • Journal Title

      PLoS One.

      Volume: 11 Pages: e0166080

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0166080.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification of Immunoglobulin Gene Sequences from a Small Read Number of mRNA-Seq Using Hybridomas.2016

    • Author(s)
      Kuniyoshi Y, Maehara K, Iwasaki T, Hayashi M, Semba Y, Fujita M, Sato Y, Kimura H, Harada A, Ohkawa Y.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 11 Pages: e0165473

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0165473.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] CHD8 haploinsufficiency results in autistic-like phenotypes in mice.2016

    • Author(s)
      Katayama Y, Nishiyama M, Shoji H, Ohkawa Y, Kawamura A, Sato T, Suyama M, Takumi T, Miyakawa T, Nakayama KI.
    • Journal Title

      Nature

      Volume: 537 Pages: 675-679

    • DOI

      10.1038/nature19357.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] MRG15 is required for pre-mRNA splicing and spermatogenesis.2016

    • Author(s)
      Iwamori N, Tominaga K, Sato T, Riehle K, Iwamori T, Ohkawa Y, Coarfa C, Ono E, Matzuk MM.
    • Journal Title

      Proc Natl Acad Sci U S A.

      Volume: 113 Pages: E5408-15

    • DOI

      10.1073/pnas.1611995113.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] LATS2 Positively Regulates Polycomb Repressive Complex 2.2016

    • Author(s)
      Torigata K, Daisuke O, Mukai S, Hatanaka A, Ohka F, Motooka D, Nakamura S,Ohkawa Y, Yabuta N, Kondo Y, Nojima H.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 11 Pages: e0158562

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0158562.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] TLR signals posttranscriptionally regulate the cytokine trafficking mediator sortilin.2016

    • Author(s)
      Yabe-Wada T, Matsuba S, Takeda K, Sato T, Suyama M, Ohkawa Y, Takai T, Shi H, Philpott CC, Nakamura A.
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 6 Pages: 26566

    • DOI

      10.1038/srep26566.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] The feasibility of in vivo imaging of infiltrating blood cells for predicting the functional prognosis after spinal cord injury.2016

    • Author(s)
      Yokota K, Saito T, Kobayakawa K, Kubota K, Hara M, Murata M, Ohkawa Y, Iwamoto Y, Okada S.
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 6 Pages: 25673

    • DOI

      10.1038/srep25673.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Histone H4 lysine 20 acetylation is associated with gene repression in human cells.2016

    • Author(s)
      Kaimori JY, Maehara K, Hayashi-Takanaka Y, Harada A, Fukuda M, Yamamoto S, Ichimaru N, Umehara T, Yokoyama S, Matsuda R, Ikura T, Nagao K, Obuse C, Nozaki N, Takahara S, Takao T, Ohkawa Y, Kimura H, Isaka Y.
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 6 Pages: 24318

    • DOI

      10.1038/srep24318.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Chromatin architecture may dictate the target site for DMC1, but not for RAD51, during homologous pairing.2016

    • Author(s)
      Kobayashi W, Takaku M, Machida S, Tachiwana H, Maehara K, Ohkawa Y, Kurumizaka H.
    • Journal Title

      Sci Rep.

      Volume: 6 Pages: 24228

    • DOI

      10.1038/srep24228.

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] ヒストンH3バリアントの選択による転写基底レベル調節機構2017

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2017-11-30 – 2017-12-02
  • [Presentation] 骨格筋分化のエピゲノム制御を捉える2017

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第5回骨格筋生物学研究会
    • Place of Presentation
      東京大学駒場キャンパス
    • Year and Date
      2017-03-03 – 2017-03-05
  • [Presentation] The baselines of transcription levels are determined by selective incorporation of histone H3 variants2017

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      Transcriptional and Epigenetic Control in Stem Cells (J1)
    • Place of Presentation
      Resort at Squaw Creek,California, USA
    • Year and Date
      2017-01-08 – 2017-01-13
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 次世代スパースタープログラムの4年間2016

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      新学術領域「動的クロマチン構造と機能」の若手の会シンポジウム
    • Place of Presentation
      早稲田大学 西早稲田キャンパス
    • Year and Date
      2016-12-17 – 2016-12-17
    • Invited
  • [Presentation] トランスクリプトミクスで解析する骨格筋形成2016

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第4回若手による骨格筋細胞研究会
    • Place of Presentation
      ウィンクあいち
    • Year and Date
      2016-11-14 – 2016-11-14
  • [Presentation] トランスオミクス研究の新展開―全ての遺伝子をみるー2016

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      藤田保健衛生大学 医学会
    • Place of Presentation
      藤田学園フジタホール
    • Year and Date
      2016-10-06 – 2016-10-06
    • Invited
  • [Presentation] 遺伝子のすがたを全部見る2016

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      新学術領域クロマチン動構造主催の一般公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      早稲田大学 国際会議場 井深大記念ホール
    • Year and Date
      2016-08-21 – 2016-08-21
    • Invited
  • [Presentation] Histone variants and cell differentiation2016

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      Colorado Chromatin Meeting 2016
    • Place of Presentation
      Colorado, USA
    • Year and Date
      2016-08-08 – 2016-08-11
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] トランスクリプトミクスで解析する骨格筋形成2016

    • Author(s)
      大川恭行
    • Organizer
      第2回日本筋学会学術集会
    • Place of Presentation
      国立研究開発法人国立精神・神経医療研究センター
    • Year and Date
      2016-08-05 – 2016-08-06
  • [Remarks] クロマチン動構造

    • URL

      http://nucleosome.kyushu-u.ac.jp/

  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://tx.bioreg.kyushu-u.ac.jp/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] DNA結合タンパク質の結合領域の近傍に所望のDNA断片を挿入する方法2016

    • Inventor(s)
      大川恭行,原田哲仁,胡桃坂仁志,木村宏,半田哲也,他2名
    • Industrial Property Rights Holder
      国立大学法人九州大学,国立大学法人東京工業大学
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2016-167967
    • Filing Date
      2016-08-30

URL: 

Published: 2018-01-16  

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