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2018 Fiscal Year Annual Research Report

Chemical taxonomy of ncRNA

Planned Research

Project AreaNeo-taxonomy of noncoding RNAs
Project/Area Number 26113003
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

鈴木 勉  東京大学, 大学院工学系研究科(工学部), 教授 (20292782)

Project Period (FY) 2014-07-10 – 2019-03-31
KeywordsRNA修飾
Outline of Annual Research Achievements

本研究ではRNA修飾などRNAの化学特性に基づいたncRNAケミカルタクソノミを確立することを目的とする。
ヒトを含む哺乳動物のmRNAにおける主要なメチル化酵素の発見とその機能の解明に関する研究が、Science誌のResearch articleとして掲載された(Science, 2019)。修飾構造の発見から40年以上その機能が不明であったmRNAのメチル化修飾の生合成と機能を解明した画期的な研究成果であり、生命科学全体で大きなインパクトがあった。すでにNature姉妹紙を含むいくつかの総説で解析記事が掲載された。生物医学論文の中から注目論文を選出するFaculty of 1000より、インパクトの高い論文として選出された。またAltmetricによればこの論文は、全論文の中で上位3%以内にランクされている。
ヒトミトコンドリアにおいて、tRNA修飾の生合成を研究する過程で、細胞内の炭酸ガス濃度によって、tRNA修飾がダイナミックに変動する現象を捉えた。この知見はがん細胞が低酸素環境下でミトコンドリアの活性を低下させ、嫌気的解糖系を更新させるワールブルク効果の一端を説明するメカニズムである(Nature Commun.,2018)。また、細胞内のSAM濃度を感知して、ダイナミックに変動するrRNAのメチル化修飾を見出した(Nucleic Acid Res., 2019)。これらの現象は、細胞内メタボライト濃度を感知し、RNA修飾を変動させることにより、タンパク合成を調節する機構であると考えられる。
酢酸イオンを基質としてtRNAをアセチル化する新規酵素を同定した。この知見は、RNA修飾と代謝研究を結びつけるものであるとともに、遺伝暗号の正確な解読にtRNA修飾が重要な役割を担っていることを示す画期的な成果である(Nature Chem Biol.,2018)。

Research Progress Status

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成30年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (30 results)

All 2019 2018 Other

All Int'l Joint Research (6 results) Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 9 results) Book (3 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] IMB Mainz/Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      IMB Mainz/Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn
  • [Int'l Joint Research] 浙江大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      浙江大学
  • [Int'l Joint Research] Thomas Jefferson Univ(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Thomas Jefferson Univ
  • [Int'l Joint Research] Lomonosov Moscow State University(ロシア連邦)

    • Country Name
      RUSSIA FEDERATION
    • Counterpart Institution
      Lomonosov Moscow State University
  • [Int'l Joint Research] Australian National University(オーストラリア)

    • Country Name
      AUSTRALIA
    • Counterpart Institution
      Australian National University
  • [Int'l Joint Research]

    • # of Other Countries
      1
  • [Journal Article] Impact of intron removal from tRNA genes on Saccharomyces cerevisiae2019

    • Author(s)
      Hayashi Sachiko、Mori Shunsuke、Suzuki Takeo、Suzuki Tsutomu、Yoshihisa Tohru
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gkz270

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Depletion of S-adenosylmethionine impacts on ribosome biogenesis through hypomodification of a single rRNA methylation2019

    • Author(s)
      Ishiguro Kensuke、Arai Taiga、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 47 Pages: 4226~4239

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gkz111

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Random mutagenesis of a hyperthermophilic archaeon identified tRNA modifications associated with cellular hyperthermotolerance2019

    • Author(s)
      Orita Izumi、Futatsuishi Ryohei、Adachi Kyoko、Ohira Takayuki、Kaneko Akira、Minowa Keiichi、Suzuki Miho、Tamura Takeshi、Nakamura Satoshi、Imanaka Tadayuki、Suzuki Tsutomu、Fukui Toshiaki
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 47 Pages: 1964~1976

    • DOI

      doi: 10.1093/nar/gky1313

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Transcriptome-wide identification of A-to-I RNA editing sites using ICE-seq2019

    • Author(s)
      Okada Shunpei、Ueda Hiroki、Noda Yuta、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Methods

      Volume: 156 Pages: 66~78

    • DOI

      doi: 10.1016/j.ymeth.2018.12.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cap-specific terminal N6-methylation of RNA by an RNA polymerase II?associated methyltransferase2018

    • Author(s)
      Akichika Shinichiro、Hirano Seiichi、Shichino Yuichi、Suzuki Takeo、Nishimasu Hiroshi、Ishitani Ryuichiro、Sugita Ai、Hirose Yutaka、Iwasaki Shintaro、Nureki Osamu、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Science

      Volume: 363 Pages: eaav0080

    • DOI

      doi: 10.1126/science.aav0080

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Quantification of methylation efficiency at a specific N6-methyladenosine position in rRNA by using BNA probes2018

    • Author(s)
      Oshima Takuya、Ishiguro Kensuke、Suzuki Tsutomu、Kawahara Yukio
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 54 Pages: 9627~9630

    • DOI

      doi: 10.1039/c8cc03713b

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Acetate-dependent tRNA acetylation required for decoding fidelity in protein synthesis2018

    • Author(s)
      Taniguchi Takaaki、Miyauchi Kenjyo、Sakaguchi Yuriko、Yamashita Seisuke、Soma Akiko、Tomita Kozo、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Nature Chemical Biology

      Volume: 14 Pages: 1010~1020

    • DOI

      doi: 10.1038/s41589-018-0119-z

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CO2-sensitive tRNA modification associated with human mitochondrial disease2018

    • Author(s)
      Lin Huan、Miyauchi Kenjyo、Harada Tai、Okita Ryo、Takeshita Eri、Komaki Hirofumi、Fujioka Kaoru、Yagasaki Hideki、Goto Yu-ichi、Yanaka Kaori、Nakagawa Shinichi、Sakaguchi Yuriko、Suzuki Tsutomu
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 9 Pages: 1875

    • DOI

      doi: 10.1038/s41467-018-04250-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Accurate estimation of 5-methylcytosine in mammalian mitochondrial DNA2018

    • Author(s)
      Matsuda Shigeru、Yasukawa Takehiro、Sakaguchi Yuriko、Ichiyanagi Kenji、Unoki Motoko、Gotoh Kazuhito、Fukuda Kei、Sasaki Hiroyuki、Suzuki Tsutomu、Kang Dongchon
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 8 Pages: 5801

    • DOI

      doi: 10.1038/s41598-018-24251-z

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Quality control of protein synthesis by peptidyl-tRNA drop off in the early elongation stage2019

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      Ribosome Structure and Function 2019
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNA modification, a chemical diversity for biological function2019

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      The 20th Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience“RNA Neobiology”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamic regulation of RNA modification in health and disease2019

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      Translation Machinery in Health and Disease (Gordon Research Conference)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Metabolic and Chemical Regulation of RNA Modifications Associated with Various Biological Processes2019

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      RNA Editing, Next-Generation Epitranscriptomics in Health and Disease (Gordon Research Conference)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Metabolic regulation of tRNA modifications associated with mitochondrial diseases2018

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      EMBO workshop on "Molecular Biology of Mitochondrial Gene Expression" in 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] RNA修飾によるエピトランスクリプトーム制御と疾患2018

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      日本筋学会第4回学術集会
    • Invited
  • [Presentation] Dynamic regulation of tRNA modification under physiological and pathological conditions2018

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      27th tRNA conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Metabolic regulation of RNA modification associated with human disease2018

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Organizer
      熊大発生医学研HIGOセミナー
    • Invited
  • [Presentation] RNA modification, a chemical diversity for biological function2018

    • Author(s)
      Tsutomu Suzuki
    • Organizer
      The 2nd Joint Australia-Japan joint RNA meeting 2018
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] RNA修飾の変動と生命現象/実験医学 2018年12月号2018

    • Author(s)
      鈴木 勉
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      羊土社
    • ISBN
      978-4-7581-2514-7
  • [Book] シュードウリジン化/生体の科学2018年10月号 (増大号) タンパク質・核酸の分子修飾2018

    • Author(s)
      北川 翔・鈴木 勉
    • Total Pages
      1
    • Publisher
      医学書院
    • ISBN
      ISSN 0370-9531
  • [Book] ヒドロキシル化/生体の科学2018年10月号 (増大号) タンパク質・核酸の分子修飾2018

    • Author(s)
      鈴木 健夫・鈴木 勉
    • Total Pages
      1
    • Publisher
      医学書院
    • ISBN
      ISSN 0370-9531
  • [Remarks] 意外な小分子がRNAの化学修飾に関与していた-酢酸イオンを基質とするtRNAアセチル化酵素の発見

    • URL

      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/articles/z0508_00075.html

  • [Remarks] 炭酸ガスに敏感なRNAの化学修飾―tRNA修飾とワールブルク効果の関係性

    • URL

      https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/articles/z0508_00026.html

  • [Remarks] メチルは端だが役に立つ? ―mRNA のキャップ構造における m6A 修飾酵素の同定

    • URL

      https://www.t.u-tokyo.ac.jp/shared/press/data/setnws_201811270918295542170205_190437.pdf#search=%27%E3%83%A1%E3%83%81%E3%83%AB%E3%81%AF%E7%AB%AF%27

URL: 

Published: 2019-12-27  

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