2002 Fiscal Year Annual Research Report
Project/Area Number |
01J06517
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
瀬々 潤 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 特別研究員(DC1)
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Keywords | クラスタリング / クラス分類 / 転写因子 / 発現量 / Distillation |
Research Abstract |
本年は,3年間の研究機関の2年目ということで,基礎研究のみならず,応用を見据えた研究も多く行い,3年目の研究で着実に飛躍できる土台を作ることが出来たと確信している. 基礎研究においては,従来転写開始点情報の解析として用いられてきたクラス分類手法と,mRNA発現量情報の解析に用いられているクラスタリングの2つのアルゴリズムを,別々に行うのではなく,同時に行う手法"Distillation"を着想した. 本Distillationによって,当初独立して行われていたために,結果の整合性に疑問のあった,クラスタリングとクラス分類の同時利用を避け,双方に整合性のある結果を得られるようになった. 更に,本手法は,最適解を現実的な計算時間で回答できることに特徴があり,これにより,転写因子と発現量の関係を網羅的に解析することが現実的になったといえる. また,本手法は,当初考えていた転写因子と発現量の解析を超え,様々なアプリケーションへと適用可能であることが分かり,計算機アルゴリズムとしての発展も期待できる. 応用の研究としては,今まで行ってきた成果を,筋ジストロフィの遺伝子発現量解析へと応用,あるいは,ウイルス性肝炎の遺伝子発現量解析への応用を,現在行っている. 更に,一昨年より開発を続けてきている遺伝子ランキング手法が,血液系に特化して遺伝子の発現量を調べたBloodSAGE(http://bloodsage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/)で採用され,その有用性が広く認められる結果となった.
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Research Products
(2 results)
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[Publications] Jun Sese, Shinichi Morishita: "Answering the Most Correlated N Association Rules Efficiently"Proc. of 6th European Conference on Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (PKDD'02). 410-422 (2002)
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[Publications] Shin-ichi Hashimoto, Jun Sese, et al.: "Gene expression profile in human leukocytes"Blood. (To appear). (2003)