2002 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子発現調節領域におけるSNPの定量的検索とそのデータベース化
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01J60005
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Research Institution | The University of Tokyo |
Principal Investigator |
久木田 洋児 東京大学, 医科学研究所, 特別研究員(PD)
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Keywords | プロモーター / 完全長cDNA / SNP / アレル頻度 / SSCP法 |
Research Abstract |
遺伝子上流領域には遺伝子発現制御に関わる極めて重要な配列が多数散在しており、この領域の多型は遺伝子発現の量的個体差をもたらす可能性がある。そこで本研究では、様々な遺伝子発現制御領域のSNPをゲノムワイドに収集し、同時に特定集団でのアレル頻度を算出することで、量的・多因子性遺伝形質を支配する遺伝的背景の解析に資する情報基盤を確立することを目的としている。第二年度はSSCP法を基にしたSNPのジェノタイピング及びアレル頻度解析法の改良を行い、蛍光ddNTPを用いるPCR産物標識法と既知SNPを含む短いDNA断片の解析に適したHemi-stranded SSCP法を開発した。この新しい標識法では、PCR産物を二種類のDNAポリメラーゼ(Klenow酵素とThermoSequenase)と蛍光ddNTPを含む標識液中で反応させる。蛍光プライマーを用いる場合と異なり、プライマーを再合成することなく複数の蛍光色素でPCR産物を標識することができ、多重解析に適している。Hemi-stranded SSCP法では蛍光標識PCR産物をラムダエキソヌクレアーゼで一本鎖にした後、SSCP法により解析する。相補鎖の再会合による偽ピークを除くことができ、アレルピークによるジェノタイプ判定が容易である。この成果は第25回日本分子生物学会年会及び学術雑誌Bio Techniques(2報)に発表した。また、上記新しく開発した方法とシーケンシングを用いて、ヒト完全長cDNA配列を基に予想された遺伝子転写開始点上流1kb及び下流200bp(東京大学医科学研究所で収集)のSNP解析を行っている。これまでに743領域の解析から968個の候補SNP(60%は新規)を検出した。これらのSNPに対しては日本人及びコーカソイド集団それぞれを別々にプールしたDNAの解析から各集団でのアレル頻度を算出していく予定である。
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Research Products
(4 results)
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[Publications] Kukita Y, Higasa K, Baba S, Nakamura M, Manago S, Suzuki A, Tahira T, Hayashi K: "A single-strand conformation polymorphism method for the large-scale analysis of mutations/polymorphisms using capillary array electrophoresis"Electrophoresis. 23. 2259-2266 (2002)
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[Publications] Kukita Y, Hayashi K: "Multicolor post-PCR labeling of DNA fragments with fluorescent ddNTPs"Biotechniques. 33. 502-506 (2002)
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[Publications] Kukita Y, Manago S, Baba S, Hayashi K: "Hemi-stranded SSCP analysis of SNPs in short sequence-tagged sites"Biotechniques. 33. 1118-1121 (2002)
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[Publications] Higasa K, Kukita Y, Baba S, Hayashi K: "Software for machine-independent quantitative interpretation of SSCP in capillary array electrophoresis (QUISCA)"Biotechniques. 33. 1342-1348 (2002)