2002 Fiscal Year Annual Research Report
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01J60093
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Research Institution | National Institute of Genetics |
Principal Investigator |
肥田 宗友 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 特別研究員(PD)
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Keywords | カニクイザル / チンパンジー / 完全長cDNAライブラリー / mRNAの相同性 / ヒトと他の霊長類の類似点・相違点 |
Research Abstract |
これまで、オリゴキャッピング法を用いて霊長類の完全長cDNAライブラリーを作製し、配列データ蓄積の第一段階としてインサートの5'側からのシークエンシングを行ってきた。現在までにカニクイザルの脳各領域(新皮質側頭、小脳皮質、新皮質頭頂、新皮質前頭、脳幹、延髄)、心臓、腎臓、肝臓、精巣、皮膚皮下組織のcDNAライブラリーより、本年度は17,000を越えるESTを得た。このうち、95%以上がヒト以外の霊長類としては初めての配列であった。特に新規性の高いものについては、全長配列解析を国立感染症研究所遺伝子資源室との共同研究で行った。カニクイザルの5'ESTの累計は約9万であり、約6000のクラスターに分類される。一方、チンパンジー脳・皮膚・皮下組織の完全長cDNAライブラリーから、約7000の5'側ESTを得た。累計は約1万であり、約2千のクラスターになる。 今年度も、転写開始部位や翻訳開始領域について、ヒトのオーソロガス遺伝子と比較を行った。735遺伝子についての検討では、その相同性は5'非翻訳領域(5'UTR)で平均94%、コード領域(CDS)とアミノ酸配列で平均98%であった。分布は、5'UTRで広く、CDSおよびアミノ酸配列で狭い。 一方、転写開始点の検討では、発現量の多い404遺伝子について検討した。全体的な傾向として、ヒトでコンパクトな転写開始点の分布を示す遺伝子は、カニクイザルでもコンパクトであり、広い分布を示すものは、広い傾向であった。しかし、約15%の遺伝子で、食い違いが起こっていた。特に、ヒトでコンパクトなのにカニクイザルで広いものが約10%存在し、注目される。
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Research Products
(3 results)
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[Publications] Osada N.: "Search for genes positively selected during primate evolution by 5'-end-sequence screening of cynomolgus monkey cDNAs"Genomics. 79. 657-662 (2002)
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[Publications] Osada N.: "Prediction of unidentified human genes on the basis of sequence similarity to novel cDNAs from cynomolgus monkey brain"Genome Biol.. 3. 1-6 (2002)
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[Publications] Komatsu T.: "Molecular cloning, mRNA expression and chromosomal localization of mouse angiotensin-converting enzyme-related carboxypeptidase (mACE2)"DNA Seq.. 13. 217-220 (2002)