2003 Fiscal Year Annual Research Report
フグ目魚類を材料とした比較ゲノムによる種多様性についての研究
Project/Area Number |
02J61425
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Research Institution | Tokyo Institute of Technology |
Principal Investigator |
太田 欽也 東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 特別研究員(PD)
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Keywords | Fugu / ゲノム / 多様性 |
Research Abstract |
英国Oxford大学のピーター・ホランド教授の協力を得て、魚類を含めた脊椎動物進化および多様性の研究のため重要となるヌタウナギ(Eptatretus atami)のファージライブラリーの構築およびスクリーニングを行った。米国ロフストランド社にE.atamiのゲノムライブラリー構築を依頼したところ、総タイター数4,300,000pfuという高効率のラ位ブラリーを構築することが出来た。E.atamiのゲノムサイズがヒトとぼぼ同じであることを考えると、得られた総タイター数は十分なものであった。このゲノムライブラリーに対し、形態形成およびゲノム進化と多様性を研究するために重要であると思われる遺伝子のスクリーニングを行うべく、プローブの調整を行った。ホメオボックス遺伝子を候補遺伝子として選び、これらの遺伝子の断片を得るため,ヌタウナギゲノムDNAを鋳型としPCRを行った。その結果、PBX遺伝子のDNA断片を得ることが出来た。このDNA断片をジゴキシニゲンで標識しヌタウナギファージライブラリーに対して一次、二次スクリーニングおよびサザン法によるスクリーニングを行ったところ、4つのクローンが目的とする遺伝子を有すると考えられた。得られた4つのクローンがどの遺伝子を有するかを明らかにするためにはDNA配列を決定することが必要であった。そのため、ピーター・ホランド研究室において、ショットガンシーケンス法確立のための予備実験を行い、ショットガンシーケンス法のための環境および条件を整備した。得られたDNA配列についてはフグ目魚類と比較を行う予定であるため、フグ目魚類に特化したブラストサーチ用サブデータベースを作成中である。
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