1991 Fiscal Year Annual Research Report
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03680135
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
岡田 典弘 筑波大学, 生物科学学系, 助教授 (60132982)
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| Keywords | レトロポゾン / サケ科魚類 / SINE / 反復配列 / 転移RNA / 系統関係 / 分子生物学 / 塩基配列 |
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| Research Abstract |
我々は、サケ科魚類に存在する三種のレトロポゾンを単離し、そのそれぞれが、進化の異なる段階で増幅を行なっていることを明らかにした。すなわち、SmaIファミリ-はシロサケ、カラフトマスのみに存在するところから、この二種の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。又、FokIファミリ-は、イナワ属のみに存在するところから、イワナ属が他のサケ科の魚類から分岐した後に、イワナ属の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。第三のファミリ-であるHpaIファミリ-は、サケ科魚類のすべてに存在するので、サケ科魚類の共通祖先で増幅を行なったと考えられる。更に、私は、サケ科のすべての魚類のゲノムに存在するHpaIファミリ-が、サケ科の共通祖先ばかりではなく、進化の様々な段階で増幅を行なったサブファミリ-の検出を試みた。HpaIファミリ-のメンバ-をヒメマス、サクラマス、シロサケ、スチ-ルヘッドから単離し、塩基配列を決定し、ユニットをはさむように3'と5'側でプライマ-を合成し、サケ科各種のゲノムを鋳型としてPCRを行なったところ、全部で5種の進化の異なる段階で増幅を行なったようなHpaIファミリ-のサブファミリ-の検出に成功した。この結果サクラマスを除く6種のサケ属の系統関係が明らかになった。
更に、SmaIファミリ-の起源と増幅のメカニズムを明らかにする目的で、SmaIファミリ-と相同性をもつ配列をサケ科魚類ゲノムで検索したところ、サケ科の魚類のうちで最も古い属と考えられるコルゴヌス属で、SmaIファミリ-と非常によく似たファミリ-が、増巾していることが明らかとなった。以上の事実により、サケ科の共通祖先でSmaIファミリ-及びコルゴヌス属で増幅しているファミリ-の原配列というべきものが存在し、それぞれの時期に少し配列が変化したファミリ-が増幅してきたものと想定される。
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[Publications] Kido,Y.,Aono,M.,Matsumoto,K.,Yamaki,T.,Saneyoshi,M.,Okada,N.: "Shaping and reshaping of salmonid genomes by amplification of tRNAーderived retroposons during evolution." Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 88. 2326-2330 (1991)
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[Publications] Koishi,R.,Okada,N.: "In vitro runーoff transcription assay of total genomic genocic DNA:A procedure to estimate repetitive frequency and sequence divergence of a certain repetitive family with a few known sequences." J. Mol. Evol.32. 43-52 (1991)
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[Publications] Nagahashi,S.,Endoh,H.,Suzuki,Y. Okada,K.: "Characterization of a tandemly repeated DNA sequence family originally derived by retroposition of tRNA^<Glu> in the newt." J.Mol.Biol.222. 391-404 (1991)
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[Publications] Okada,N.: "SINEs:Short interspersed repeated elements of the eukaryotic genome." Trends in Ecology & Evolution.6. 358-361 (1991)
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[Publications] Okada,N.: "SINEs." Current Opinion in Genetics & Development. 1. 498-504 (1991)
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[Publications] Okada,N.: "Transfer RNAーderived retroposons New Aspect of the Genetics of Molecular Evolution(eds M.Kimura and N.Takahata)" Japan Scientific Societies Press, 14 (1991)
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[Publications] Okada,N.,Aono,M.,Endoh,H.,Kido,Y.,Koishi.R.Matsumoto,K.,Matsuo,M.,Murata,S.,Naoahashi.S.Yamaki,T.: "Evolution of repetitive sequences. Evolution of Life(eds. S.Osawa and T.Honjo)" SpringerーVerlag, 11 (1991)
