2003 Fiscal Year Annual Research Report
大量ゲノム情報を活用したDNA解析による哺乳類の進化多様性に関する研究
Project/Area Number |
03J01833
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Research Institution | The Institute of Statistical Mathematics |
Principal Investigator |
二階堂 雅人 統計数理研究所, 予測制御系, 特別研究員(PD)
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Keywords | ヒゲ鯨 / 歯鯨 / 放散 / DNA / 系統樹 |
Research Abstract |
本年度は主に、SINEを指標としたヒゲ鯨類の系統関係に関する研究と、歯鯨類の単系統性の再検証に関する実験をおこなった。本研究にて明らかになったことを以下に列挙する。1.ヒゲ鯨類は単系統群を形成する2.ヒゲ鯨類の中でもっとも最初にセミクジラ類が分岐した3.その次にコセミクジラ類が分岐した4.ザトウクジラとナガスクジラが単系統群を形成する5.イワシクジラとニタリクジラが単系統群を形成し、その姉妹群にシロナガスクジラが位置する。6.ヒゲ鯨類は、その進化の過程においてコセミクジラの分岐後に急速な種分化を遂げている。結果6に関しては、我々の研究によって、ヒゲ鯨類の中に祖先多型現象が観察されたことによる考察の結果得られたものである。 また、以前我々の研究によって歯鯨類はマッコウクジラ類を含めて単系統群を形成することを明らかにしたが、この研究にはいくつかの問題点があり、その問題を含めてはクジラ類の単系統性の再検証をおこなう必要性があった。つまりこの問題を最終的に解決するためには、ヒゲクジラ、マッコウクジラ、イルカの3者すべての下のミックライブラリーをスクリーニングしなくてはならなかった。そこで、私はこれら3者に関して、包括的なスクリーニング作業をおこない、ヒゲ鯨類が単系統であり、イルカともマッコウクジラともしまい群を形成せず、マッコウクジラとイルカ類が歯鯨亜目として単系統群を形成するという、伝統的系統仮説が正しいことを証明することに成功した。この研究はSINE法における問題点のひとつであった、スクリーニングにおけるバイアスを取り除いて得られた結果であり、長い間議論されてきた歯鯨類の単系統性の論争に終止符をうつものと予想される。
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Research Products
(7 results)
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[Publications] Nikaido M, Cao Y, Okada N, Hasegawa M: "The Phylogenetic Relationships of Insectivores with special reference to the lesser hedgehog tenrec as Inferred from the Complete Sequence of their Mitochondrial genome."Genes Genet.Syst.. 78. 107-112 (2003)
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[Publications] Piskurek O, Nikaido M, Boeadi, Bada M, Okada N: "Unique mammalian tRNA-derived repetitive elements in dermopterans : the t-SINE family and its retrotransposition through multiple sources."Mol.Biol.Evol.. 20. 1659-1668 (2003)
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[Publications] Nikaido M, Cao Y, Harada M, Okada N, Hasegawa M.: "Mitochondrial phylogeny of hedgehogs and monophyly of Eulipotyphla."Mol.Phylogenet.Evol.. 28. 276-284 (2003)
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[Publications] Kawai K, Nikaido M, Harada M, Matsumura S, Lin L, Wu Y, Hasegawa M, Okada N: "The status of the Japanese and East Asian Bats of the Genus Myotis(Vespertilionidae) in the world based on mitochondrial sequences."Mol.Phylogenet.Evol.. 28. 297-307 (2003)
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[Publications] Murara Y, Nikaido M, Sasaki T, Cao Y, Fukumoto Y, Hasegawa M, Okada N: "Afrotherian Phylogeny as Inferred from Complete Mitochondrial Genomes."Mol.Phylogenet.Evol. 28. 253-260 (2003)
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[Publications] Nikaido M, Nishihara H, Fukumoto Y, Okada N.: "Ancient SINEs from African Endemic Mammals."Mol.Biol.Evol.. 20. 522-527 (2003)
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[Publications] Okada N, Shedlock AM, Nikaido M: "Retroposon Mapping in Molecular Systematics in : P.Capy, ed. Mobile genetic elements : Protocols and Genomic applications."Humana Press. 189-226 (2004)