2004 Fiscal Year Annual Research Report
ゲノムワイド相関解析によるジストニアとそれに見られる強迫的気質の遺伝的要因の解明
Project/Area Number |
03J51001
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Research Institution | Tokai University |
Principal Investigator |
藤本 慶 東海大学, 医学研究科, 特別研究員(DC1)
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Keywords | ゲノムワイド / マイクロサテライトマーカー / ジストニア / pooled DNA typing / データベースシステム |
Research Abstract |
ゲノムワイドな相関解析を行うに当たって、これらの大規模な実験に備えて、全てのマイクロサテライトマーカーの情報を格納したデータベースを作成し、必要な情報を簡単に迅速に得られるデータベース参照システムを設計し構築した。さらに、タイピング結果を格納するデータベースシステムの構築も合わせて行った。これにより、実験結果を簡単に参照することができ、実験進捗も容易に管理できるようになった。また、実験により得られるデータを素早くバッチ処理にて様々な統計的手法を用いて有意差検定を行えるように、独自で統計計算プログラムも作成した。これらのシステムは、フリーウェアを用いて構築し、コストパフォーマンスが大変よく、どのような端末からでも簡便にアクセスできるものとした。一方、ゲノムワイドに設定した合計24,360セットの多型マイクロサテライトマーカーを用いて、1次スクリーニングをpooled DNA typing法によって行った。ジストニア患者および健常者のpooled DNAについてPCR反応を行い、得られたサンプルについて電気泳動を行い、ピークデータを回収した。平行して、引き続きジストニア患者より血液の採取し、それらのサンプルについてDNA抽出を行った。さらにDNA濃度の測定を行い、2次スクリーニング用のpooled DNAの作成に備えた。また、10月26日から10月30日の日程でカナダ国トロントにて行われたアメリカ人類遺伝学会に参加し、ジストニアとその関連疾患の研究についての最新の知見の導入を図った。ジストニアの新しい遺伝子座や原因遺伝子の発見や、これまでとは違った症例に関する研究が発表されており、本研究に大変有用な情報を得ることができた。なお、平成17年1月末日をもって特別研究員を辞退するが、これまでの研究成果は引き継ぎをし、よって本研究は引き続き行われる。
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